Nilen er med en længde på 6 695 km en af verdens store floder, som brødføder millioner af mennesker og har givet liv til hele civilisationer.

Nilens fjerneste kilde er Ruvyironza-floden, som løber ud i Victoriasøen gennem Ruvubu- og Kagera-floderne. Andre floder, der løber ud i Victoriasøen – den største af Nilens ækvatoriale søer – omfatter Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga og Ruizi.

Fra Jinja i Uganda kommer den hvide Nil ud af Victoriasøen som Victoriasøen og bevæger sig nordpå og passerer gennem to andre ækvatoriale søer – Kyoga og Albert. Gennem disse to søer opfanger Nilen afstrømningen fra to bjergrige områder med store nedbørsmængder (Rwenzori og Elgon) i den sydvestlige og sydøstlige periferi af bækkenet.

Floden udspringer igen fra Albert-søen som Albert-nilen og rejser nordpå til Nimule nær grænsen mellem Sydsudan og Uganda. Fra dette punkt flyder floden, der nu er kendt som Bahr el Jebel (som betyder bjergenes flod), over Fula-fortet og gennem Sudd, inden den møder Bahr el Ghazal (som betyder gazellernes flod) ved Lake No. Bahr el Ghazal afvander områder med meget nedbør i det vestlige Sydsudan. Fra Lake No drejer floden mod øst for at slutte sig til Sobat-floden, som fører høje, sæsonbestemt varierende strømme med oprindelse i det etiopiske højland.

Den kombinerede Bahr el Jebel- og Sobat-floder danner den Hvide Nil, som fortsætter sin nedtur mod nord og mødes med den Blå Nil ved Khartoum i Sudan. Den blå Nil (også kendt som Abbai eller Abay) har sit udspring i Tana-søen i Etiopien og er Nilens anden hovedstrøm. Før den Blå Nil mødes med den Hvide Nil, mødes den af en række floder, hvoraf de vigtigste er Rahad og Dinder, der begge har deres udspring i det etiopiske højland. Fra Khartoum løber Nilens samlede floder mod nord og forenes med Atbara (Tekezze), som også har sin oprindelse i det etiopiske højland. Hovednilen fortsætter sin vandring mod nord og løber ud i Nasser/Nubiasøen, et stort menneskeskabt reservoir på grænsen mellem Sudan og Egypten, som er et mellemårligt reguleringsområde for Egypten. Nilen udmunder til sidst i Middelhavet via sit delta.