I NarutoEdit
Orochimaru fungerer som den primære antagonist i den første del af serien. Efter at hans forældre blev dræbt, da han var ung, var Orochimaru’s eneste kilde til hengivenhed hans lærer-Hiruzen Sarutobi, den tredje Hokage, og hans to holdkammerater. Da de blev ældre, blev Orochimaru, Jiraiya og Tsunade kollektivt kendt som de legendariske Sannin (伝説の三忍, Densetsu no Sannin) på grund af deres eksemplariske ninjaevner i den anden store ninjakrig mod Hanzo. Mange af Orochimarus evner handler om slanger, som han tilkalder for at bekæmpe flere modstandere, mens han samtidig holder sig selv ude af fare. Gennem sine eksperimenter har han været i stand til at tilføje nogle slange-lignende egenskaber til sin egen krop. I sit ønske om at opnå udødelighed for at lære alle jutsu (lit. ‘teknik’), udviklede Orochimaru en forbudt jutsu til at stjæle sit offers krop. Selvom han i bund og grund er udødelig, lærer Orochimaru, at processen ikke kan udføres mere end en gang hvert tredje år.
Orochimaru længtes efter mere magt end den, der kunne opnås ved at træne med sin mester og begyndte at bortføre Konohagakure-landsbyboere til forskellige eksperimenter, med Yamato blandt sine overlevende ofre. Da Hiruzen ikke ønskede at gøre Orochimaru fortræd, da han hørte om hans handlinger, lod Hiruzen sin tidligere elev flygte fra landsbyen. Orochimaru sluttede sig til sidst til den kriminelle organisation Akatsuki og blev partner med en anden slyngelagtig ninja ved navn Sasori. Men efter at han forsøgte at stjæle Itachi Uchihas krop ved hjælp af en forbudt jutsu for at få Sharingan (写輪眼, lit. “Copy Wheel Eye”, engelsk manga: “Mirror Wheel Eye”) mislykkedes, blev Orochimaru tvunget til at forlade organisationen. Orochimaru grundlagde derefter sin egen ninjalandsby, Otogakure, befolket med ninjaer, der var loyale over for ham. De tjener mest som forsøgspersoner i hans eksperimenter for at blive et ultimativt væsen og som bønder til at udføre hans beskidte arbejde.
Under Chunin-eksamen planlægger Orochimaru invasionen af Konoha sammen med ninjaerne fra Sunagakure for ikke kun at dræbe Hiruzen, men også for at kræve liget af Itachis bror Sasuke Uchiha. Til det formål infiltrerer Orochimaru Chunin-eksamen under Dødens Skov-delen ved at dræbe en Kusagakure-ninja ved navn Shiore, antager hendes identitet og tester personligt Sasuke, før han mærker ham med et forbandelsesmærke. Han står også over for Naruto Uzumaki, som effektivt modstår Orochimaru’s jutsu med kæmpeslange ved hjælp af nihaletræets chakra. Ved hjælp af Five Elements Seal blokerer Orochimaru adgangen til Nine-Tails chakra ved at forstyrre balancen i det oprindelige segl. Under eksamenerne ligger Orochimaru på lur og myrder i hemmelighed den fjerde Kazekage for at påtage sig hans identitet og komme tæt på sin mentor, mens invasionen begynder. Orochimaru er dog tvunget til at trække sig tilbage, da Hiruzen ofrer sig selv gennem Reaper Death Seal for at fjerne Orochimarus evne til at udføre jutsu, og hans styrker trækker sig tilbage, mens Sunagakure senere får kendskab til Orochimarus forræderi. Orochimaru forsøger at få hjælp fra Tsunade, før han søger en anden måde at helbrede sig selv på i et forsøg på at blive i stand til at bruge jutsu igen. Da alle hans anstrengelser viser sig at være forgæves, sender Orochimaru sin Sound Four ud for at hente Sasuke i håb om, at en kropsoverførsel vil gøre det muligt for ham at bruge sine arme igen. Da Sasuke er for længe om at ankomme, er Orochimaru tvunget til at skifte til kroppen af en af sine fanger i stedet, og beslutter sig for at træne ham indtil den dag, hvor han vil være i stand til at tage Sasukes krop for sig selv.
To og et halvt år senere, i anden del af serien, konfronterer Orochimaru Naruto og hans venner, da de forsøger at opspore Sasuke. Da Sasuke forsøger at dræbe Naruto, afholder Orochimaru ham fra at dræbe ham ved at påpege Narutos brug for at nedlægge Akatsuki og dermed reducere antallet af fjender, han har. Sasuke bruger til sidst sin Sharingan til at annullere Orochimarus teknik og beholder kontrollen over sin krop, mens han fanger Orochimarus sjæl i sig, hvilket giver Sasuke adgang til mange af Orochimarus evner i processen. Under Sasukes senere kamp mod Itachi bliver Sasuke for svag til at fortsætte med at undertrykke Orochimarus sjæl, hvilket giver Orochimaru mulighed for at flygte og forsøge at tage hans krop igen. Før han kan gøre det, forsegler Itachi ham.
Efter Kabutos nederlag får Sasuke kendskab til Orochimarus overlevelse, da de forbandede segl afsløres at indeholde kopier af Orochimarus bevidsthed i dem, sammen med Orochimarus celler, som Kabuto injicerede i sig selv og underlagde sig. Ved hjælp af det forbandede segl, som Orochimaru anbragte på sin tidligere elev Anko Mitarashi, frigør Sasuke Orochimaru og giver ham en ny krop, som Jugo forsyner ham med en absorberet del af Kabutos kød. Selv om han ikke udtrykker nogen interesse i den igangværende krig og stadig ønsker at kræve Sasukes krop, slutter Orochimaru sig til Sasuke i hans søgen efter svar på ninjaens natur og tager ham og Taka med til Nara-helligdommen, hvor han ophæver Reaper Death Seal og genvinder brugen af ninjutsu, før han overfører sit væsen til en White Zetsu-klon, der er placeret på Sasuke. I sin nye krop bringer Orochimaru de fire første Hokage tilbage til livet med Reanimation Jutsu’en for at give Sasuke de svar, han ønsker. Af nysgerrighed efter at observere sin tidligere lærlinges nye vej, mens Madara og Obito bringer hans laboratorier i fare, tilbyder Orochimaru at hjælpe de allierede Shinobi-styrker ved at hjælpe Tsunade og Kage, og hjælpe med at undertrykke Shinju’erne. Efter afslutningen af den fjerde store Ninja-krig, blandt dem, der blev fanget under Madaras Infinite Tsukuyomi, før de blev befriet, genoptager Orochimaru sine eksperimenter med Sasukes Taka-holdkammerater, der støtter ham som laboratorieassistenter, selvom Konoha fortsat er mistænksom over for ham og holder øje med ham, hvis han skulle genoptage sine tidligere eksperimenter med mennesker.
I BorutoEdit
I fortsættelsesserien Boruto: Naruto Next Generations, som foregår 15 år efter Naruto, skabte Orochimaru to kunstige mennesker baseret på sit DNA og navngav den yngste Mitsuki, som han betragter som en søn og sender til Konoha for at bo i Konoha for at finde sin egen vej i livet. Han optræder også i sidehistorien Naruto: The Seventh Hokage and the Scarlet Spring, hvor hans yngre udseende bemærkes af de forvirrede hovedpersoner. I post-credits-scenen i Boruto: Naruto the Movie ses Orochimaru se Mitsuki sammen med sine holdkammerater.
Optrædener i andre medierRediger
Ud af de fem film i serien har Orochimaru indtil videre kun optrådt i den femte Naruto-film, Naruto Shippūden 2: Bonds. Han optræder kortvarigt i den femte OVA “The Cross Roads”. Orochimaru er en spilbar figur i næsten alle Naruto-videospil, herunder Clash of Ninja-serien og Ultimate Ninja-serien. I nogle spil bruger han variationer af sine teknikker, som ikke er set i anime eller manga, og i den anden del af Ultimate Ninja-serien, Sealed Arms, er Orochimaru tilgængelig som en separat karakter. Gekitō Ninja Taisen! EX 2 markerer Orochimarus første optræden i et videospil, der foregår i del II, og det andet er Ultimate Ninja 5.
Orochimaru optræder også i to light novels fra serien: i Sasuke’s Story hjælper han Sasuke i en mission ved at give ham oplysninger om hans mål, og i Konoha Hiden har han en cameo, hvor han lykønsker Naruto Uzumaki og Hinata Hyuga med deres bryllup.