Da PDB frigiver data til det offentlige område, er disse data blevet anvendt i forskellige andre proteinstrukturdatabaser.

Eksempler på proteinstrukturdatabaser omfatter (i alfabetisk rækkefølge);

Database of Macromolecular Movements beskriver de bevægelser, der forekommer i proteiner og andre makromolekyler, især ved hjælp af film Dynameomics et datavarehus af molekylærdynamiske simuleringer og analyser af proteiner, der repræsenterer alle kendte proteinfoldfamilier JenaLib the Jena Library of Biological Macromolecules har til formål at sikre en bedre formidling af oplysninger om tredimensionelle biopolymerstrukturer med vægt på visualisering og analyse. ModBase en database over tredimensionelle proteinmodeller beregnet ved komparativ modellering OCA en browser-database for proteinstruktur/funktion – OCA integrerer oplysninger fra KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt og andre. OPM giver rumlige positioner af tredimensionelle proteinstrukturer i forhold til lipidbilaget. PDB Lite er afledt af OCA, PDB Lite blev tilvejebragt for at gøre det så let som muligt at finde og se et makromolekyle i PDB PDB PDBsum giver en oversigt over makromolekylære strukturer i PDB med skematiske diagrammer af molekylerne i hver struktur og af interaktionerne mellem dem PDBTM Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – et udvalg af PDB. PDBWiki en kommenteret vidensbase af biologiske molekylære strukturer ProtCID The Protein Common Interface Database (ProtCID) er en database over lignende protein-protein grænseflader i krystalstrukturer af homologe proteiner. Protein NIH’s proteindatabase, en samling sekvenser fra flere kilder, herunder oversættelser fra annoterede kodningsregioner i GenBank, RefSeq og Third Party Annotation, samt poster fra SwissProt, PIR, PRF og PDB Proteopedia det fælles 3D-leksikon over proteiner og andre molekyler. En wiki, der indeholder en side for hver post i PDB (>100.000 sider), med en Jmol-visning, der fremhæver funktionelle steder og ligander. Tilbyder et brugervenligt scene-authoring-værktøj, så du ikke behøver at lære Jmol scriptsprog for at skabe tilpassede molekylære scener. Brugerdefinerede scener er let knyttet til “grønne links” i beskrivende tekst, der viser disse scener i Jmol. ProteinLounge en proteindatabase, der indeholder visualiseringer af proteinstruktur. Indeholder også proteinveje og gensekvenser, herunder andre værktøjer. SCOP the Structural Classification of Proteins en detaljeret og omfattende beskrivelse af de strukturelle og evolutionære relationer mellem alle proteiner, hvis struktur er kendt. SWISS-MODEL Repository en database med annoterede proteinmodeller beregnet ved homologimodellering TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – en wiki designet til at indsamle, dele og distribuere information om tredimensionelle strukturer af proteiner.