Plesiomorphie und Symplesiomorphie entsprechen Apomorphie und Synapomorphie, die abgeleitete Merkmale (“evolutionäre Neuheit”) und gemeinsame abgeleitete Merkmale sind.

Alle diese Begriffe sind per Definition relativ, da ein Merkmal in einem Kontext eine Plesiomorphie und in einem anderen eine Apomorphie sein kann (siehe Beispiel in Abbildung 2).

Apomorphe und synapomorphe Merkmale vermitteln viele Informationen über die evolutionären Kladen und können zur Definition von Taxa verwendet werden. Plesiomorphe und symplesiomorphe Merkmale hingegen nicht. Arten sollten nicht allein nach morphologischer oder genetischer Ähnlichkeit gruppiert werden. Da ein plesiomorphes Merkmal, das von einem gemeinsamen Vorfahren vererbt wurde, überall in einem phylogenetischen Baum auftreten kann, sagt sein Vorhandensein nichts über die Beziehungen innerhalb des Baums aus. Die Gruppierung von Arten erfordert daher die Unterscheidung zwischen angestammten und abgeleiteten Merkmalen.

Ein Beispiel zur Veranschaulichung ist die Kiemenatmung bei Knochenfischen und Knorpelfischen. Sie haben sie gemeinsam, weil sie bei ihrem gemeinsamen Vorfahren vorhanden war. Aber Knochenfische, die durch ihre Haut oder Lungen atmen, haben sich zu lebenden Wirbeltieren entwickelt und sind enger mit Landwirbeltieren verwandt als mit Haien und anderen Knorpelfischen.

Ein weiteres Beispiel ist die Wärmeregulation bei Reptilien und Vögeln. Reptilien sind ektotherm (kaltblütig) und Vögel sind endotherm (warmblütig). Dies ist bei Vögeln plesiomorph und bei Reptilien plesiomorph. Kaltblüter sind symplesiomorph für Eidechsen, Schildkröten und Krokodile, aber sie bilden keine Klade ohne Vögel, da Krokodile mehr mit Vögeln als mit Eidechsen und Schildkröten verwandt sind.