El Nilo, con una longitud de 6.695 km, es uno de los grandes ríos del mundo, que alimenta a millones de personas y ha dado origen a civilizaciones enteras.
La fuente más lejana del Nilo es el río Ruvyironza, que desemboca en el lago Victoria a través de los ríos Ruvubu y Kagera. Otros ríos que confluyen en el lago Victoria -el mayor de los lagos ecuatoriales del Nilo- son el Simiyu-Duma, el Grumati-Rwana, el Mara, el Gucha-Migori, el Sondu, el Yala, el Nzoia, el Sio, el Katonga y el Ruizi.
Desde Jinja, en Uganda, el Nilo Blanco emerge del lago Victoria como el Nilo Victoria y viaja hacia el norte, pasando por otros dos lagos ecuatoriales: el Kyoga y el Alberto. A través de estos dos lagos, el Nilo capta la escorrentía de dos zonas montañosas y de gran pluviosidad (los montes Rwenzori y Elgon) en las periferias suroeste y sureste de la cuenca.
El río vuelve a emerger del lago Alberto como el Nilo Alberto y viaja hacia el norte hasta Nimule, cerca de la frontera entre Sudán del Sur y Uganda. Desde este punto, el río, ahora conocido como Bahr el Jebel (que significa río de las montañas), fluye sobre los rápidos de Fula y a través del Sudd antes de encontrarse con el Bahr el Ghazal (que significa río de las gacelas) en el lago No. Desde el lago No, el río gira hacia el este para unirse con el río Sobat, que transporta caudales elevados, estacionalmente variables, que se originan en las tierras altas de Etiopía.
Los ríos Bahr el Jebel y Sobat combinados forman el Nilo Blanco, que continúa su descenso hacia el norte y se reúne con el Nilo Azul en Jartum, Sudán. El Nilo Azul (también conocido como Abbai o Abay) nace en el lago Tana, en Etiopía, y es la segunda corriente principal del Nilo. Antes de encontrarse con el Nilo Blanco, al Nilo Azul se le unen varios ríos, siendo los principales el Rahad y el Dinder, ambos originados en las tierras altas de Etiopía. Desde Jartum, los ríos combinados del Nilo fluyen hacia el norte y se les une el Atbara (Tekezze), también originario de las tierras altas etíopes. El Nilo principal sigue avanzando hacia el norte y desemboca en el lago Nasser/Nubia, un importante embalse artificial situado en la frontera entre Sudán y Egipto que sirve de regulación interanual para este último país. El Nilo acaba desembocando en el mar Mediterráneo a través de su delta.