Este oli antanut nimensä Este-kulttuurille, protohistorialliselle kulttuurille, joka oli olemassa Italian myöhäisimmältä pronssikaudelta (10./9. vuosisadalta eaa., protoveneettinen vaihe) roomalaiselle ajalle (1. vuosisata eaa.) ja joka sijaitsi nykyisen Veneton alueella.
Giovanni Battista Tiepolo, Pyhä Thecla vapauttamassa Esten kaupunkia rutosta, 1758-59, Santa Teclan kirkossa
Rautakaudella Este oli tärkeä keskus venetsialaisille, jotka jättivät useita merkintöjä hautajais- ja votiiviesineisiin.
Kolmannen vuosisadan loppupuolella eaa. Este joutui rauhanomaisesti Rooman vallan alle ja siitä tuli roomalainen siirtokunta nimellä Ateste. Kun suuri osa Pohjois-Italiasta sai Rooman kansalaisuuden vuonna 49 eaa., Esten kansalaiset kirjattiin roomalaiseen Romilia-heimoon. Actiumin taistelun jälkeen keisari Augustus asetti Legio V Alaudaen ja Legio XI Claudian sotilaita Esten alueelle, johon kuuluivat Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice ja Cinto Euganeo.
Vähemmän antiikin aikana Este joutui barbaarihyökkäyksien, erityisesti Attilan hyökkäysten, vuoksi tuhonalaiseksi ja maalaiskyläksi. Se nousi uudelleen esiin vasta 10. vuosisadan jälkeen, kun Azzo II d’Este rakensi sinne linnan ja nimesi itsensä ja perheensä sen mukaan perustamalla Esteen talon. Esten suku piti kaupunkia hallussaan vuoteen 1240 asti, jolloin se siirsi pääkaupunkinsa Ferraraan. Tällä välin Ezzelino da Romano III valloitti Esteen kahdesti, vuosina 1238 ja 1249. Siitä kiistelivät 1300-luvulla Scaligerit, Carraresit ja Visconit, kunnes se antautui oma-aloitteisesti Venetsialle vuonna 1405.
Venetsian tasavallan aikana Este koki taloudellisen kasvun kauden, jonka keskeytti vain vuoden 1630 rutto.
Tasavallan kaaduttua vuonna 1797 ja Napoleonin sotien jälkeen kaupungista ja koko Veneton alueesta tuli osa Itävallan keisarikuntaa, kunnes se liitettiin Italian kuningaskuntaan vuoden 1866 kolmannen itsenäisyyssodan seurauksena.
Vuoden 1866 kolmannen itsenäisyyssodan jälkeen Estestä tuli osa Itävallan keisarikuntaa.