Kivikautisia työkaluja löydettiin Sânpetrun (Pyhän Pietarin) kukkulalta linnan läheltä ja ympäröivistä kylistä. Alueella oli erittäin runsaasti rautaa, jota traakialaiset heimot olivat louhineet alueella rautakaudelta lähtien. Orăştie-vuorten dakialaiset linnoitukset, erityisesti Sarmiszegetusa, josta tuli Dakian tärkein uskonnollinen ja poliittinen keskus, sijaitsivat lähellä Hunedoaraa ja saivat ravintonsa täällä tuotetusta raudasta. Linnan lähellä sijaitsevalta Sânpetru-kukkulalta on löydetty kahdeksan dakialaisen rautauunin jäänteet. Merkittävien raha-aarteiden, daakialaisten kolikoiden ja Rooman keisarillisten kolikoiden löytyminen todistaa paikan merkityksestä.
Kun Dakia valloitettiin noin vuonna 106 jKr. ja se muutettiin roomalaiseksi maakunnaksi, rautarikas alue herätti roomalaisten huomion, ja he alkoivat hyödyntää sitä rakentamalla uuneja. Teliuciin syntyi “Villa Rustica”, roomalainen linnoitus Sanpetru-kukkulalla, joka oli kuuluisan legio XIII Geminan etuvartioasema, jonka päälinnoitus oli Apullumissa Dakiassa. Muitakin roomalaisia esineitä löydettiin kaupungin alueelta ja myös Pestisistä, josta löydettiin roomalaisen kylän jäännökset. Myös roomalaisen Daakian provinssin uusi pääkaupunki Ulpia Traiana Sarmizegetusa sijaitsi lähistöllä.
Rooman sotilaallisen ja hallinnollisen vetäytymisen jälkeen siirtolaiskaudella alueella ei ollut merkittäviä historiallisia kohteita, vaikka on mahdollista, että rautainen toiminta jatkui. Alueen etninen rakenne muuttui merkittävästi, erityisesti gootit, hunnit, slaavit, petsinegit, magyaarit ja kumaanit.
Transilvanian väestön etnisestä alkuperästä ennen Unkarin valloitusta käydään jatkuvaa tieteellistä keskustelua (ks. Romaanien alkuperä). Vuoden 1000 jälkeen, osana Unkarin kuningaskuntaa, slaavilaisten vaikutuksen alaisena syntyi pieniä poliittisia riitoja (joita hallitsivat knjazesit). Karpaattien eteläpuolella petsinegit ja kumaanit pitivät poliittista valtaa, ja Hunedoara toimi Unkarin kruunun puskurivyöhykkeenä. Ajan myötä läheisillä vuorilla asuvat vlach-väestöt kehittivät omaperäisen ylänkökulttuurin. Heidän maataan kutsutaan nimellä “Tara Padurenilor” (metsäläisten maa), ja he alkoivat hallita aluetta väestöllisesti. Alueella asui myös huomattava määrä saksalaisia saksalaisia, Unkarin kruunun Mongolien hyökkäyksen jälkeen tuomia siirtolaisia ja myöhemmin Intian niemimaalta muuttaneita romaneja.
Ensimmäiset kirjalliset merkinnät kaupungista tehtiin vuonna 1265 nimellä Hungnod nahan parkituksen ja villanjalostuksen keskuksena. Hunedoaran kaupungista tuli tärkeä raudan louhinta- ja jalostuskeskus Transilvaniassa. “Corpus Inscriptiorum Latinorum” viittaa paikalliseen asukkaaseen nimellä “natas ibi, ubi ferum nascitur” eli “syntynyt siellä, missä rauta syntyi”. Aseiden ja työkalujen valmistuksen selkärankana kaupungin teollisuus oli elintärkeää alueelle.
Kaupunki on tunnettu 1300-luvulta lähtien lähinnä Hunyadi-suvun asuinpaikkana. Luxemburgin Sigismund palkitsi 18. lokakuuta 1409 Voykin (unkariksi Vajk, romaniaksi Voicu) sotilaallisesta urhoollisuudesta ja sai Hunedoaran domainin. Hunyadi-suvun alkuperä on historioitsijoiden jatkuvan keskustelun aihe. Samassa asiakirjassa, johon kirjattiin, että Luxemburgin Sigismund palkitsi Voykin sotilaallisesta urheudesta, mainitaan myös hänen kolme poikaansa: Mogoş, Radu ja Johannes Hunyadi (unkariksi János Hunyadi, romaniaksi Ioan de Hunedoara). Hunedoara sai Unkarin kuninkaalta kaupungin etuoikeudet vuonna 1448. Johannes Hunyadi vahvisti linnoituksen muinaisen linnoituksen päälle ja loi kaksi pääsalia, valtiopäiville ja ritareille. Linnan lähelle rakennettiin fransiskaaniluostari vuonna 1448, ja Johannes Capistrano, kuuluisa italialainen munkki, jonka paavi lähetti järjestämään ristiretkeä turkkilaisia vastaan, asui linnassa. John of Capistranosta tuli myöhemmin tärkeä tekijä talonpoikien yllyttämisessä ristiretkelle, joka alkoi Frankfurtista ja marssi kohti Belgradia.
John Hunyadi oli johtava sotilasjohtaja kasvavassa vastakkainasettelussa ottomaanien valtakuntaa vastaan. Hän taisteli Sigismundin palveluksessa, hallitsi sotataktiikan hussiittisodissa ja hänestä tuli Unkarin taitavin soturi. Hänet korotettiin ja nimitettiin Transilvanian voivodiksi (ruhtinaaksi), joka oli tuolloin autonominen osa Unkarin kuningaskuntaa. Kun hänet valittiin Unkarin regentiksi, hän muodosti koalition Moldovan ja Valakian ruhtinaskuntien kanssa ja osallistui ristiretkiin turkkilaisia vastaan Serbian ja Bulgarian vapauttamiseksi. Ristiretki yhdisti lyhyeksi ajaksi Balkanin toisistaan eroavat voimat, ja taisteluissa saaduilla voitoilla onnistuttiin turvaamaan Unkarin kuningaskunta ottomaanien miehitykseltä yli sadaksi vuodeksi. Vaikka hän kuoli sotilasleirillä, hänen pojastaan Mátyásista (Matthias Corvinus) tuli myöhemmin kuuluisin Unkarin kuninkaista. Paavi Pius II kutsui häntä Athleta Christiksi (“Kristuksen mestariksi”) ja Valakian valkoiseksi ritariksi.
Vuonna 1457 Matthias antoi valakialaisille maaorjille luvan rakentaa ortodoksisen kirkon, joka on kauniisti koristeltu maalauksin ja säilynyt nykypäivään asti. Hän jatkoi linnan ja Hunedoaran feodaalialueen vahvistamista. Hunedoaran linnasta tuli yksi keskiaikaisen maailman suurimmista linnoista, ja se todistaa hänen aatelisten sotureiden ja valtiomiesten perheensä suuruudesta sodan ja epätoivon aikakaudella, kun Osmanien valtakunta lähestyi Keski-Eurooppaa. Hunyadin vallan aikana Hunedoarasta tuli raudan markkinat (opiddum). Matthias Corvinus nimitti kaupungin verovapaaksi alueeksi, ja tämä etuoikeus kesti 1600-luvulle asti. Väkiluku vaihteli 784 asukkaan välillä vuonna 1512 ja 896 asukkaan välillä 1600-luvulla. Matthiasin kuoltua Hunedoara siirtyi hänen pojalleen Johannekselle (unkariksi János, romaniaksi Ioan), mutta hänkin kuoli nuorena. Hänen vaimonsa Beatrice de Frangepan avioitui Brandenburgin markiisin Georg Hohenzollernin kanssa vuonna 1509. Georg de Brandenburg ei kuitenkaan asunut Hunedoarassa, vaan nimitti edustajakseen György Stolczin.
Vuoden 1514 talonpoikaiskapinan aikana György Dózsan linnaan vangittiin joitakin ja heitä luultavasti kidutettiin. Kaupungissa oli 184 taloa, mikä oli tuohon aikaan huomattavan suuri määrä, ja sitä hallitsi nimitetty ortodoksipappi. Vuonna 1528 tulipalo tuhosi 124 taloa. Vuonna 1534, kun turkkilaiset ottomaanit valloittivat Unkarin kuningaskunnan, linna piiritettiin Oradean piispa Czibak Imren kapinan aikana, ja kaksi vuotta myöhemmin Johannes Zápolya lahjoitti linnan muiden omaisuuksiensa ohella Török Bálintille, josta tuli Unkarin rikkain aatelismies. Vuonna 1557 uskonpuhdistaja Török Jánosin mainitaan tappaneen linnassa uskottoman vaimonsa Kendi Annan. Vuonna 1601 linnaa piiritti Mikael Rohkean valakialaisarmeija hänen kampanjassaan – hallitsiessaan Valakiaa, Moldaviaa ja Transilvaniaa – ottomaanien valtakuntaa vastaan ja vaihtaakseen ottomaanien vasalliaseman Habsburgien kanssa.
Kaupunki ja linna selvisivät suhteellisen vahingoittumattomina Habsburgien kenraalin Giorgio Bastan vastarevoluutiosta. Vuoteen 1618 mennessä linnan omistus siirtyi Bethlenin suvulle. Gabriel Bethlen, Transilvanian vouti, vahvisti ja laajensi linnaa ja antoi sen veljenpojalleen Stephen Betlenille, joka asui täällä kauneudestaan tunnetun vaimonsa Mary Széchyn kanssa.
Unkarin reformoitu kirkko perustettiin Hunedoaraan vuonna 1634, ja Imre Thököly, yksi protestanttisen Habsburgien vastaisen kapinan johtajista ja myöhempi Transilvanian ruhtinas, omisti linnan ja vietti paljon aikaa asuen siinä. Vuoteen 1685 mennessä linna siirtyi Habsburg-mielisen Transilvanian prinssin Mikael Apafin haltuun. Vuonna 1710 vanha kirkko palautettiin fransiskaanien omistukseen, ja vuonna 1725 se sai jälleen luostariluokan. Tähän aikaan väestön enemmistö oli romanialaisia.
Suurin osa nykyisestä Hunedoarasta oli tuohon aikaan rehevää tasankoa, jonka läpi Cerna-joki kiemurteli. Ensimmäinen masuuni rakennettiin vuoteen 1603 mennessä, ja sitä seurasi neljä muuta. Nykyaikaiset raudanvalmistustoiminnot alkoivat Pyhän Pietarin kukkulan (Sanpetru) juurella, lähellä Nebojša-nimisen linnan kauimmaista tornia (serbiaksi “ei pelkoa”, torni, joka oli keskiajalla kauimpana linnasta ja joka tarjosi viimeisen turvapaikan piirityksen sattuessa; vrt. Nebojšan torni). Kaivoskuilu on edelleen nähtävissä. Lähistöllä sijaitsi myös rautavalmisteita.
Vuonna 1667 Cernajoen varrella oli jo terästehtaat, jotka tuottivat 490 tonnia raakarautaa ja 66 tonnia rautaa vuoteen 1699 mennessä. Vuonna 1714 Georg Steinhilbert teki toisen ja kolmannen vuonna 1727. Vuonna 1743 toiminnasta vastasi suoraan valtiokonttori. Mainituista myllyistä yksi sijaitsi pääsillan alapuolella, ja sen seinät ovat nyt raunioina.
Maailman ensimmäinen korkea teollisuusuuni raudan louhintaa varten on väitetty rakennetun vuonna 1750 Topliţaan Hunedoaran lähelle, ja myöhempi Govăşdiaan vuonna 1806. Molempiin uuneihin voi tutustua nykyään. Maanteitse sinne pääsi vain Teliucu Inferiorin (silloinen Alsótelek) ja Teliucu Superiorin (silloinen Felsőtelek) kautta. Vuoteen 2001 asti siellä oli 1800- ja 1900-luvuilla rakennettu kapearaiteinen rautatiejärjestelmä, joka kulki Hunedoaran linnasta Zlaštin lähellä sijaitsevan 747:n ja 42 metrin pituisen tunnelin kautta vuoren läpi henkeäsalpaavan Ţara Pădurenilor -maiseman läpi ennen kuin se saapui Govăjdiaan. Viimeinen omistaja, Talc-Dolomită Zlaşti -yhtiö purki ja romutti sen Zlaštista Govăjdiaan ja Crăciuneasaan. Viimeinen jäljellä oleva 2,3 kilometrin pituinen kapearaiteinen rautatiejärjestelmä Hunedoaran linnasta Zlaştiin oli Talc-Dolomită Zlaşti -yhtiön käytössä vuoteen 2007 asti. Kesällä 2009 se poisti tämän viimeisen jäljellä olevan rataosuuden. Junarata pyritään nyt palauttamaan matkailukäyttöön.
Hunedoaran kaupungin teollistuessa 1700-luvulla ja 1800-luvun alkupuolella lähialueiden talonpojat alkoivat muuttaa kaupunkiin ja väkiluku kasvoi. Valtiopäivillä olivat edustettuina vain saksalaiset, unkarilaiset ja transilvanialaiset tsekkiläiset (ks. Unio Trium Nationum). Romanialaiset, jotka muodostivat tuolloin noin 50 prosenttia väestöstä, tunsivat itsensä hyväksikäytetyiksi ja kapinoivat useaan otteeseen. Hunedoaran kreivikunnan talonpojat tukivat Horean, Cloşcan ja Crişanin kapinaa vuonna 1784, jolloin he piirittivät tuloksetta läheistä Devan linnoitusta.
Hunedoaran linna tarjosi turvapaikan paikalliselle aatelistolle, ja se oli sen viimeinen tehtävä sotilaallisena puolustuksena. Myöhemmin alueelta lähetettiin edustajia vuoden 1848 vallankumouksen aikana Blajissa pidettyihin Romanian kansalliskokouksiin, joissa romanialaiset päättivät vaatia yhtäläisiä oikeuksia ja vastustaa Unkarin yritystä itsenäistyä Habsburgien talosta. Tämä käynnisti koko Transilvaniassa pienimuotoisen kapinan, jonka Unkarin armeija sai nopeasti rauhoitettua lukuun ottamatta Apusenin vuoristoa Hunedoaran pohjoispuolella, jossa tribuuni Avram Iancu taisteli pitääkseen Unkarin joukot poissa kultakaivosten valvonnasta. Myöhemmän Itävalta-Unkarin monarkian epäonnistumiset romanialaisten vaatimusten täyttämisessä yhdessä Magyarisaatiokampanjoiden kanssa pahensivat ja vieraannuttivat Hunedoaran romanialaisväestöä entisestään.
Ensimmäisen maailmansodan aikana Hunedoaran kreivikunnan romanialaiset tukivat aktiivisesti Romanian armeijaa, ja Romanian kansalliskokous julisti Transilvanian liiton Romanian kanssa vuonna 1918. Sodan päätyttyä Transilvaniasta tuli osa Romaniaa. Kaupungin ja sen ympäristön romanialaisväestö sai nopeasti poliittiset oikeudet ja edustuksen, ja teollinen kehitys jatkui yhä kiihtyvällä vauhdilla.
Toisen maailmansodan aikana terästehtaat olivat osa akselivaltion sotatoimia. Romanian armeija menetti 700 000 sotilasta itärintamalla ja liittoutuneet lisäksi 400 000 sotilasta taistellessaan akselia vastaan.
Neuvostomiehityksen ja sitä seuranneen kommunistihallinnon jälkeen teollisuutta suosittiin, ja Hunedoarassa oli jonkin aikaa Romanian ja Balkanin suurin terästä tuottava tehdas. Kaupunki kasvoi ja tehtaat laajenivat niin paljon, että ne olivat yhtä suuret tai ylittivät kaupungin koon. Myös väkiluku kasvoi yli 87 000:een. Jalkapallojoukkue, Corvinul Hunedoara, oli hyvin pitkään yksi Romanian korkeimmalle luokitelluista jalkapallojoukkueista, joka kilpaili Steauan tai Dinamon kanssa. Rakennettiin suuri stadion ja muita urheilutiloja, kuten katettu uima-allas ja luistinrata. Corvinulin urheiluseuran lisäksi rakennettiin kaksi muuta urheiluseuraa, Constructorul ja Siderurgistul, jotka kumpikin tarjosivat erilaisia urheilutiloja. Muita merkittäviä rakennuksia olivat muun muassa teatteritalo, useita suuria elokuvateattereita, useita kouluja ja lukioita sekä insinööritieteiden tiedekunta.
Kommunistien romahdus merkitsi sitä, että vanhat teräsmarkkinat katosivat, ja monet yritykset jouduttiin sulkemaan tai luopumaan niistä. Romanialaisten ja ulkomaisten pääomayhtiöiden investoinnit alkoivat kuitenkin tarjota uusia työmahdollisuuksia ihmisille. Tällä hetkellä Arcelor-Mittal pyörittää sitä, mitä terästehtaista on jäljellä. Terästehtaalla toimii nyt sähköterästehdas nro 2, jatkuva valssaamo ja valssaamot. Tuotannon on määrä nousta yli 500 000 terästonnin vuonna 2007 ja sen jälkeen. Muut tuotantolaitokset on purettu tai myyty yksityisille sijoittajille.