Tarina alkaa neljän johtavan rajoitetun sarjan jälkimainingeissa: Teräsmies, Ihmenainen ja Batman riitelevät keskenään, JLA:n vartiotorni on tuhoutunut ja koko maailman sankarit kohtaavat erilaisia uhkia. Tätä taustaa vasten Kal-L (Maan kaksi Teräsmies) sekä Maan kaksi Lois Lane, Maan kolme Alexander Luthor ja Superboy-Prime pakenevat taskuuniversumista, jonne he olivat alun perin paenneet Crisis on Infinite Earthsin lopussa. Kal-L etsii serkkunsa, Power Girlin, joka on myös selvinnyt Maasta Kaksi. Koska hän uskoo Loisin terveyden paranevan hänen kotimaailmassaan, hän toivoo voivansa korvata nykyisen Maan Earth-Two:lla, jota hän pitää täydellisenä.
Kal-L yrittää saada Batmanin tuen, sillä hän väittää, että Kriisin jälkeisen Maan luontainen “paha” luonne aiheutti Batmanin viimeaikaisen epäluottamuksen ja vihamielisyyden. Batman kieltäytyy ja yrittää käyttää kryptoniittisormustaan. Tämä epäonnistuu, sillä kryptoniitti ei ole kotoisin Kal-L:n universumista, ja Teräsmies tuhoaa sen lämpönäkönsä avulla. Sen jälkeen Batman saa tietää, että Superboy-Prime tuhosi JLA:n vartiotornin.
Alexander paljastaa Power Girlille, että hän ja Superboy-Prime olivat jo jonkin aikaa lähteneet “paratiisista” ja manipuloivat tapahtumia auttaakseen luomaan ulottuvuuksien välisen virityshaarukan. Käyttämällä Anti-Monitorin jäännöksiä ja vangittuja sankareita ja roistoja, jotka ovat erityisesti virittyneet aiempiin universumeihin (Power Girl heidän joukossaan sen jälkeen, kun Superboy-Prime lyö hänet tajuttomaksi), Alex palauttaa Maa-Kaksi, joka on asumaton lukuun ottamatta sinne kuljetettuja Maa-Kaksi-sankareita.
Superboy-Prime hyökkää Conner Kentin kimppuun, tämän maailman Superboyn. Useat superjoukkueet puuttuvat asiaan. Superboy-Prime tappaa vahingossa useita sankareita ennen kuin Flashit ja Kid Flash pakottavat hänet Speed Forceen, jossa häntä avustavat jo siinä olevat speedsterit. Jay Garrick, ainoa jäljelle jäänyt speedsteri, sanoo, että Speed Force on nyt poissa.
Pyrkiessään luomaan täydellisen maailman Alexander palauttaa monia vaihtoehtoisia maapalloja. Kun Maan kaksi Lois lopulta kuolee vanhuuteen, loukkaantunut Kal-L ja nuorempi kriisinjälkeinen Teräsmies Kal-El tappelevat, kunnes Ihmenainen erottaa heidät toisistaan. Bart Allen (pukeutuneena Barry Allenin pukuun ja aikuiseksi ikääntyneenä) ilmestyy nopeusvoimasta varoittaen, että hän ja muut nopeusihmiset eivät pystyneet pitämään Superboy-Primea, joka palaa yllään Anti-Monitorin innoittama panssari, joka varastoi keltaisen auringon säteilyä voimaannuttaakseen häntä ja tehden hänestä entistäkin vahvemman.
Batmanin iskujoukot tuhoavat Brother Eye -nimisen Batmanin luoman tekoälysatelliittin, joka oli lähtenyt omille teilleen ja ryhtynyt muuttamaan siviilejä nano-infusoiduiksi roboteiksi, joiden tarkoituksena on jahdata ja hävittää supersankarit. Alexander valitsee ja yhdistää vaihtoehtoisia maapalloja yrittäen luoda “täydellisen” maapallon, kunnes Firestorm estää hänen pyrkimyksensä. Conner, Nightwing ja Wonder Girl vapauttavat Towerin vangit. Toisiaan vastaan taistellen Conner ja Superboy-Prime törmäävät torniin ja tuhoavat sen. Useat maailmat yhdistyvät uudelleen “Uudeksi Maaksi”, kun Conner kuolee Wonder Girlin syliin. Power Girl saapuu pian paikalle ja kysyy Kal-Eliltä, mitä Loisille tapahtui. Vastaus saa hänet murtumaan ja hän kysyy Kal-Eliltä miksi. Mies vastaa yksinkertaisesti ja kertoo, että se johtui siitä, että hän valitsi väärän Superboyn tuomittavaksi ja väärän Superboyn suvaittavaksi.
Kun supersankareiden lauma hyökkää Metropolisiin, sankarit, nykyiset ja eläkkeellä olevat, lähtevät pelastamaan heitä, ja kansalliskaarti liittyy heidän seuraansa. Taistelussa kuolee useita ihmisiä molemmilla puolilla, mukaan lukien Superboy-Prime itse, joka tappaa niin roistoja kuin sankareitakin. Taistelun aikana Superboy-Prime lähtee tuhoamaan Oa:ta ja suunnittelee maailmankaikkeuden romahduttamista alkuräjähdyksellä ja sen uudelleenluomista siten, että hän olisi ainoa supersankari. Superboy-Primea hidastaa Green Lantern Corpsin luoma 300 mailin paksuinen tahdonvoiman muuri, mutta hän tappaa kolmekymmentäkaksi Green Lanternia ennen kuin Kal-L ja Kal-El kantavat hänet kohti Kryptonin jäänteitä. Se on lähinnä valtava kryptoniittipilvi. Supermiehet lennättävät Superboyn Kryptonin punaisen auringon, Raon, läpi, mikä tuhoaa hänen panssarinsa ja saa kaikkien kolmen kryptonilaisen voimat heikkenemään. He putoavat tuntevalle planeetalle (ja Green Lantern Corpsin jäsenelle) Mogolle ja taistelevat. Kal-El tyrmää lopulta Superboy-Primen ja vanhempi Teräsmies Kal-L kuolee vammoihinsa serkkunsa Power Girlin sylissä.
Takaisin Maassa Batman, joka kamppailee Superboyn kuoleman ja Nightwingin Metropolisin taistelussa saamien vakavien vammojen kanssa, harkitsee Alexin ampumista. Ihmenainen puhuu Batmanin ympäri. Alex onnistuu pakenemaan.
Wonder Woman, Batman ja Teräsmies tapaavat myöhemmin Gotham Cityssä. Wonder Woman aikoo selvittää, kuka hän on. Batman suunnittelee samanlaista itsensä löytämisen matkaa, jossa hän palaa nuoruutensa koulutukseen, tällä kertaa Dick Graysonin kanssa, joka on nyt terveempi, ja Tim Draken liittyessä häneen. Teräsmies vetäytyy supersankaruudesta, kunnes hänen voimansa palaavat.
Lex Luthor ja Jokeri löytävät Alexander Luthorin, joka piileskelee Gotham Cityn kujalla ja tekee uusia suunnitelmia. Jokeri silpoo Alexanderin suihkuttamalla happoa hänen kasvoilleen, sitten sähköistää sen ja lopulta tappaa Alexanderin ampumalla hänet Lexin pilkatessa häntä virheiden tekemisestä, mukaan lukien siitä, että hän ei antanut Jokerin leikkiä Salaisessa Seurassa ja aliarvioi Lexiä.
Vihreiden Lyhtyjen joukot vangitsevat Superboy-Primen punaisen Auringonsyöjän sisään. Sarja päättyy siihen, kun hän kaivertaa paljain käsin S-kirjaimen rintaansa ja julistaa, että hän on paennut pahemmistakin vankiloista kuin tästä.