6 695 km pitkä Niili on yksi maailman suurista joista, joka ruokkii miljoonia ihmisiä ja on synnyttänyt kokonaisia sivilisaatioita.
Niilin kaukaisin alkulähde on Ruvyironza-joki, joka virtaa Victoriajärveen Ruvubu- ja Kagera-jokien kautta. Muita Victoriajärveen – Niilin päiväntasaajan suurimpaan järveen – laskevia jokia ovat Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga ja Ruizi.
Ugandassa sijaitsevasta Jinjasta Valkoinen Niili nousee Victorianjärvestä Victorian Niilinä ja kulkee pohjoiseen kahden muun päiväntasaajan järven – Kyogan ja Albertin – kautta. Näiden kahden järven kautta Niili kerää valumavesiä kahdelta vuoristoiselta ja runsassateiselta alueelta (Rwenzori- ja Elgon-vuoret), jotka sijaitsevat altaan lounais- ja kaakkoispuolella.
Joki nousee uudelleen Albert-järvestä Albert-Niilinä ja kulkee pohjoiseen Nimuleen lähellä Etelä-Sudanin ja Ugandan rajaa. Sieltä joki, joka nykyään tunnetaan nimellä Bahr el Jebel (tarkoittaa vuorten jokea), virtaa Fulan kosken yli ja Suddin läpi ennen kuin se yhtyy Bahr el Ghazaliin (tarkoittaa gasellien jokea) Nule-järvellä. Bahr el Ghazal valuttaa Etelä-Sudanin länsiosan runsassateisia alueita. No-järveltä joki kääntyy itään ja yhtyy Sobat-jokeen, joka kuljettaa suuria, kausittain vaihtelevia virtaamia, jotka ovat peräisin Etiopian ylängöltä.
Yhdistettyinä Bahr el Jebel- ja Sobat-joet muodostavat Valkoisen Niilin, joka jatkaa laskuaan kohti pohjoista ja yhtyy Siniseen Niiliin Khartumissa, Sudanissa. Sininen Niili (tunnetaan myös nimellä Abbai tai Abay) saa alkunsa Etiopiassa sijaitsevasta Tanajärvestä, ja se on Niilin toinen päävirta. Ennen kuin Sininen Niili yhtyy Valkoiseen Niiliin, siihen yhtyy useita jokia, joista tärkeimmät ovat Rahad ja Dinder, jotka molemmat saavat alkunsa Etiopian ylängöltä. Khartumista Niilin yhdistetyt joet virtaavat pohjoiseen, ja niihin yhtyy Atbara (Tekezze), joka myös saa alkunsa Etiopian ylängöltä. Niilin pääuoma jatkaa matkaansa pohjoiseen ja virtaa Nasser/Nubia-järveen, joka on Sudanin ja Egyptin rajalla sijaitseva suuri keinotekoinen tekojärvi, joka säätelee Egyptin vesistöjä vuosien välillä. Niili laskee lopulta suistonsa kautta Välimerelle.