Koska PDB julkaisee tietoja julkisesti, tietoja on käytetty useissa muissa proteiinirakennetietokannoissa.

Esimerkkejä proteiinirakennetietokannoista ovat (aakkosjärjestyksessä);

Database of Macromolecular Movements kuvaa proteiineissa ja muissa makromolekyyleissä esiintyviä liikkeitä erityisesti elokuvien avulla Dynameomics molekyylidynamiikkasimulaatioita ja analyysejä sisältävä tietovarasto, joka sisältää tietoja proteiineista, jotka edustavat kaikkia tunnettuja proteiinien taittoperheitä JenaLib Jena Library of Biological Macromolecules -tietokokoelma on suunnattu kolmiulotteisten biopolymerirakenteiden tietojen parempaan levittämiseen painottaen visuaalisointia ja analyysiä. ModBase tietokanta kolmiulotteisista proteiinimalleista, jotka on laskettu vertailevan mallintamisen avulla OCA selaintietokanta proteiinien rakenteesta/toiminnasta – OCA integroi tietoa KEGG:stä, OMIM:stä, PDBselectistä, Pfamista, PubMedistä, SCOP:stä, SwissProtista ja muista. OPM tarjoaa proteiinien kolmiulotteisten rakenteiden spatiaaliset sijainnit suhteessa lipidikaksoiskerrokseen. PDB Lite on johdettu OCA:sta, PDB Lite tarjottiin, jotta makromolekyylin löytäminen ja tarkastelu PDB:ssä olisi mahdollisimman helppoa PDBsum tarjoaa yleiskatsauksen PDB:ssä oleviin makromolekyylirakenteisiin antamalla kaavamaisia kuvia kunkin rakenteen molekyyleistä ja niiden välisistä vuorovaikutussuhteista PDBTM the Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – valikoima PDB:stä. PDBWiki yhteisön kommentoima tietopankki biologisista molekyylirakenteista ProtCID The Protein Common Interface Database (ProtCID) on tietokanta samanlaisista proteiini-proteiini-rajapinnoista homologisten proteiinien kiderakenteissa. Protein NIH:n proteiinitietokanta, kokoelma sekvenssejä useista lähteistä, mukaan lukien käännöksiä GenBankin, RefSeqin ja Third Party Annotationin kommentoiduilta koodausalueilta sekä tietueita SwissProtista, PIR:stä, PIR:stä, PRF:stä ja PDB:stä Proteopedia proteiinien ja muiden molekyylien yhteisöllinen, 3D-ensyklopedia. Wiki, joka sisältää sivun jokaiselle PDB:n merkinnälle (>100 000 sivua), jossa on Jmol-näkymä, joka korostaa toiminnallisia paikkoja ja ligandeja. Tarjoaa helppokäyttöisen kohtausten kirjoitustyökalun, joten sinun ei tarvitse opetella Jmol-skriptikieltä luodaksesi räätälöityjä molekyylikohtauksia. Mukautetut kohtaukset on helppo liittää “vihreisiin linkkeihin” kuvaustekstissä, joka näyttää kyseiset kohtaukset Jmolissa. ProteinLounge proteiinitietokanta, joka sisältää visuaalisia kuvia proteiinien rakenteesta. Sisältää myös proteiinireittejä ja geenisekvenssejä sekä muita työkaluja. SCOP the Structural Classification of Proteins yksityiskohtainen ja kattava kuvaus rakenteellisista ja evolutiivisista suhteista kaikkien niiden proteiinien välillä, joiden rakenne tunnetaan. SWISS-MODEL Repository tietokanta kommentoiduista proteiinimalleista, jotka on laskettu homologiamallinnuksella TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – wiki, joka on suunniteltu keräämään, jakamaan ja jakamaan tietoa proteiinien kolmiulotteisista rakenteista.