ABSTRACT

Geeniekspression analyysi on yleinen tutkimusväline, jolla tutkitaan geeniekspressiota kontrolloivia verkostoja, tuntemattoman toiminnon omaavien geenien roolia ja organismien ympäristöstä johtuvia vasteita. Useimmat geeniekspression analysointiin käytetyt analyysivälineet perustuvat tarkkaan cDNA-synteesiin ja kvantifiointiin, jotta saadaan toistettavia ja kvantifioitavissa olevia tuloksia. Tähän mennessä useimmat cDNA:n eristämiseen ja puhdistamiseen tarkoitetut kaupalliset sarjat kohdistuvat kaksisäikeisiin molekyyleihin, jotka eivät edusta tarkasti transkriptien määrää. Tässä raportissa esitämme yksinkertaisen ja nopean menetelmän yksisäikeisen cDNA:n puhdistamiseksi, joka on erittäin puhdasta ja tuottavaa. Menetelmä perustuu käsittelyyn RNaasi H:lla ja RNaasi A:lla cDNA:n synteesin jälkeen, minkä jälkeen se erotetaan piidioksidin spin-kolonneilla ja saostetaan etanolilla. Lisäksi menetelmässämme vältetään DNaasi I:n käyttö genomisen DNA:n poistamiseksi RNA-valmisteista, mikä parantaa cDNA:n saantoa. Tapausesimerkkinä menetelmämme osoittautui käyttökelpoiseksi yksisäikeisen cDNA:n puhdistamisessa patogeenisesta sienestä Sporothrix schenckii.