Hän syntyi 5. huhtikuuta 1978 Houstonissa, Texasissa. Stephen Jackson pelasi yliopistokoripalloa Butler Community Collegessa vuosina 1996-1997. Phoenix Suns varasi Jacksonin 42. varauksella vuoden 1997 NBA-draftin toisella kierroksella. Pian varauksen jälkeen Suns luopui hänestä, joten hän jatkoi pelaamista La Crosse Bobcatsissa Continental Basketball Associationissa ja Sydney Kingsissä National Basketball Leaguessa Australiassa. Jackson pelasi ulkomailla Venezuelassa ja Dominikaanisessa tasavallassa ennen kuin debytoi NBA:ssa kaudella 2000-01 New Jersey Netsissä.

Jackson pelasi San Antonio Spursissa vuosina 2001-2003, Atlanta Hawksissa 2003-2004, Indiana Pacersissa 2004-2007, Golden State Warriorsissa 2007-2009, Charlotte Bobcatsissa 2009-2011, Milwaukee Bucksissa 2011-2012, Spursissa toisen kerran 2012-2013 ja Los Angeles Clippersissä 2013-2014. Jackson kuului Spursin vuoden 2003 NBA-mestaruuden voittaneeseen joukkueeseen. Hänestä tuli vapaa agentti tammikuussa 2014 ja lopetti lopulta pelaamisen.

Kentän ulkopuolella Stephen on vahvasti mukana useissa hyväntekeväisyysjärjestöissä ja voitti NBA:n Community Assist Award -palkinnon keväällä 2008. Jackson on taiteen, tieteen ja teknologian Stephen Jackson -akatemian perustaja.