RNA:n pilkkominen on välttämätön ja tarkasti säädelty transkription jälkeinen prosessi, joka tapahtuu ennen mRNA:n translaatiota.

Voidaan olettaa, että ainakin 70 % ihmisen genomin noin 25 000 geenistä pilkkoutuu vaihtoehtoisesti ja että keskimäärin yhdestä geenistä syntyy neljä vaihtoehtoisesti pilkkoutunutta varianttia, jotka koodaavat kaikkiaan 90-100 000:ta sekvenssiltään ja näin ollen myös toiminnoiltaan erilaista proteiinia.

Geni transkriboidaan ensin pre-messenger-RNA:ksi (pre-mRNA), joka on genomisen DNA:n kopio, joka sisältää sekä introneja (jotka on tarkoitus poistaa pre-mRNA:n prosessoinnin aikana) että eksoneja (jotka on tarkoitus säilyttää mRNA:ssa proteiinisekvenssin koodaamiseksi).

RNA:n pilkkomisen aikana eksonit joko säilyvät mRNA:ssa tai ne pyritään poistamaan erilaisina kombinaatioina, jotta yhdestä ainoasta pre-mRNA:sta saadaan aikaan monipuolinen kirjo eri mRNA:ta. Tätä prosessia kutsutaan vaihtoehtoiseksi RNA-splikoinniksi.

Havaittuja splikointimuutostyyppejä ovat muun muassa eksonien ohittaminen, intronien säilyttäminen ja vaihtoehtoisten splikointipaikkojen (splice donor tai acceptor) käyttö. Nämä synnyttävät erilaisia proteiini-isomuotoja eri kudoksissa, kehitystiloissa tai sairaustiloissa.

RNA:n pilkkominen on erityisesti dereguloitunut sairaustiloissa. Näiden deregulaatioiden tarkka ymmärtäminen voi paljastaa uusia kohteita tehokkaampien lääkkeiden löytämiseksi tai uusia biomarkkereita tarkemman diagnostiikan kehittämiseksi.