Se descubrieron herramientas de la Edad de Piedra en la colina de Sânpetru (San Pedro), cerca del castillo, y en los pueblos de los alrededores. La región era muy rica en hierro, que había sido extraído en la zona desde la Edad de Hierro por las tribus tracias. Las fortalezas dácicas de los montes Orăştie, sobre todo Sarmiszegetusa, que llegó a ser el centro religioso y político más importante de Dacia, estaban situadas cerca de Hunedoara y se abastecían del hierro producido aquí. En la colina de Sânpetru, cerca del castillo, se han encontrado los restos de ocho hornos de hierro dacios. El descubrimiento de importantes tesoros monetarios de monedas dacianas y monedas imperiales romanas atestigua la importancia del lugar.
Después de que Dacia fuera conquistada alrededor del año 106 d.C. y se convirtiera en una provincia romana, la región rica en hierro atrajo la atención de los romanos, que comenzaron a explotarla construyendo hornos. En Teliuc, una fortificación romana situada en la colina de Sanpetru, surgió una “Villa Rustica”, puesto de avanzada de la famosa legio XIII Gemina, cuyo castrum principal estaba en Apullum, en Dacia. Se descubrieron otros artefactos romanos en la zona de la ciudad, y también en Pestis, donde se descubrieron los restos de una aldea romana. La nueva capital de la provincia romana de Dacia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, también estaba situada en las proximidades.
Después de la retirada militar y administrativa romana durante el Período Migratorio, la región no contaba con yacimientos históricos significativos, aunque es posible que la actividad del hierro continuara. La estructura étnica de la región cambió significativamente, sobre todo con los godos, los hunos, los eslavos, los pechenegos, los magiares y los cumanos.
Hay un debate académico en curso sobre la etnicidad de la población de Transilvania antes de la conquista húngara (véase Origen de los rumanos). Después del año 1000, como parte del Reino de Hungría, bajo la influencia eslava crecieron pequeños feudos políticos (gobernados por knjazes). Al sur de los Cárpatos, los pechenegos y los cumanos ostentaban el poder político, y Hunedoara actuaba como zona tampón para la Corona húngara. Con el tiempo, las poblaciones valacas de las montañas cercanas desarrollaron una original cultura montañesa. Su tierra se llama “Tara Padurenilor” (País de los Bosques) y empezaron a dominar la zona demográficamente. La región también contaba con una población considerable de sajones alemanes, colonizadores traídos por la corona húngara tras la invasión mongola y, más tarde, romaníes que emigraron desde el subcontinente indio.
La primera evidencia registrada de la ciudad se realizó en 1265 con el nombre de Hungnod como centro de curtido de pieles y procesamiento de lana. La ciudad de Hunedoara se convirtió en un importante centro de extracción y procesamiento de hierro en Transilvania. El “Corpus Inscriptiorum Latinorum” se refiere a un habitante local como “natas ibi, ubi ferum nascitur”, es decir, “nacido donde nació el hierro”. Como columna vertebral para la fabricación de armas y herramientas, la industria de la ciudad era vital para la región.
La ciudad es conocida desde el siglo XIV principalmente como residencia de la familia Hunyadi. El 18 de octubre de 1409, Voyk (Vajk en húngaro, Voicu en rumano), fue recompensado por su valor militar por Segismundo de Luxemburgo, y recibió el dominio de Hunedoara. Los orígenes de la familia Hunyadi son un tema de debate permanente entre los historiadores. El mismo documento que registra la recompensa de Voyk por su valor militar por parte de Segismundo de Luxemburgo también menciona a sus tres hijos: Mogoş, Radu y Juan Hunyadi (húngaro: János Hunyadi; rumano: Ioan de Hunedoara). Hunedoara recibió privilegios de ciudad en 1448 de manos del rey de Hungría. Juan Hunyadi consolidó la ciudadela sobre una antigua fortaleza, creando las dos salas principales, para la Dieta y los Caballeros. En 1448 se construyó una abadía franciscana cerca del castillo y Juan de Capistrano, un famoso monje italiano, fue enviado por el Papa para organizar una cruzada contra los turcos, y vivió en el castillo. Juan de Capistrano fue decisivo más tarde para incitar al campesinado a la cruzada, partiendo de Fráncfort y marchando hacia Belgrado.
Juan Hunyadi fue un destacado líder militar en el creciente enfrentamiento con el Imperio Otomano. Luchó al servicio de Segismundo, dominando las tácticas militares en las Guerras Husitas, y se convirtió en el más hábil guerrero de Hungría. Fue elevado y nombrado voivoda (príncipe) de Transilvania, que entonces era una parte autónoma del Reino de Hungría. Elegido regente de Hungría, formó una coalición con los principados de Moldavia y Valaquia y participó en cruzadas contra los turcos para liberar a Serbia y Bulgaria. La cruzada, durante un breve periodo, unió las fuerzas divergentes de los Balcanes, y las victorias obtenidas en las batallas consiguieron asegurar el Reino de Hungría de la ocupación otomana durante más de un siglo. Aunque murió en un campamento militar, su hijo Mátyás (Matías Corvino) se convirtió más tarde en el más famoso de los reyes húngaros. El Papa Pío II le llamó Athleta Christi (“Campeón de Cristo”) y El Caballero Blanco de Valaquia.
En 1457 Matías dio permiso a los siervos de Valaquia para construir una iglesia ortodoxa, bellamente decorada con pinturas y conservada hasta hoy. Continuó consolidando el castillo y el dominio feudal de Hunedoara. El castillo de Hunedoara se convirtió en uno de los más grandes del mundo medieval, quedando como testigo de la grandeza de su familia de nobles guerreros y estadistas, en una época de guerra y desesperación para la región, al acercarse el Imperio Otomano a Europa Central. En los tiempos de la dominación Hunyadi, Hunedoara se convirtió en un mercado (opiddum) de hierro. Matías Corvino nombró a la ciudad zona libre de impuestos, y este privilegio duró hasta el siglo XVII. La población variaba entre 784 personas en 1512 y 896 en el siglo XVII. Tras la muerte de Matías, Hunedoara pasó a manos de su hijo, Juan (húngaro: János; rumano: Ioan), pero éste también murió joven. Su esposa, Beatriz de Frangepan, se casó con Georg de Hohenzollern, marqués de Brandeburgo, en 1509. Pero Georg de Brandenburgo no quiso residir en Hunedoara, sino que nombró a un representante, György Stolcz.
En 1514, durante la revuelta campesina de György Dózsa, algunos fueron encarcelados en el castillo y probablemente torturados. La ciudad contaba con 184 casas, un tamaño considerable para la época, y estaba gobernada por un sacerdote ortodoxo designado. En 1528 un incendio destruyó 124 casas. En 1534, cuando el Reino de Hungría fue conquistado por los turcos otomanos, el castillo fue asediado durante la rebelión de Czibak Imre, obispo de Oradea, y dos años más tarde Juan Zápolya donó el castillo junto con otras posesiones a Török Bálint, convirtiéndolo en el noble más rico de Hungría. En 1557 se menciona que Török János, un proselitista de la Reforma, mató a su infiel esposa Kendi Anna en el castillo. En 1601 el castillo fue asediado por el ejército valaco de Miguel el Valiente en su campaña – mientras gobernaba Valaquia, Moldavia y Transilvania – contra el Imperio Otomano, y para cambiar el vasallaje otomano a los Habsburgo.
La ciudad y el castillo sobrevivieron relativamente ilesos a la Contrarreforma de Giorgio Basta, general del Imperio de los Habsburgo. En 1618, la propiedad del castillo pasó a la familia Bethlen. Gabriel Bethlen, voivoda de Transilvania, consolidó y amplió el castillo, y se lo dio a su sobrino Stephen Betlen, que vivió aquí con su esposa Mary Széchy, famosa por su belleza.
La Iglesia Reformada de Hungría se estableció en Hunedoara en 1634 e Imre Thököly, uno de los líderes del levantamiento protestante contra los Habsburgo y más tarde príncipe de Transilvania, fue propietario del castillo y pasó mucho tiempo viviendo en él. En 1685, el castillo pasó a manos de Michael Apafi, príncipe de Transilvania favorable a los Habsburgo. En 1710, la antigua iglesia fue devuelta a los franciscanos, y en 1725 recuperó su rango monástico. En esta época, la mayoría de la población era rumana.
La mayor parte de la actual Hunedoara era entonces una exuberante llanura por la que serpenteaba el río Cerna. El primer alto horno se construyó en 1603, seguido de otros cuatro. Las explotaciones modernas de hierro comenzaron al pie de la colina de San Pedro (Sanpetru), cerca de la torre más alejada del castillo llamada Nebojša, (en serbio significa “no tengas miedo”, una torre que era la más alejada del castillo en la época medieval, para proporcionar el último refugio en caso de asedio; cf. Torre Nebojša). El pozo de la mina todavía se puede ver. En 1667 ya existía una acería en el río Cerna que producía 490 toneladas de arrabio y 66 toneladas de hierro en 1699. En 1714 Georg Steinhilbert hizo una segunda y en 1727 se hizo una tercera. En 1743 las operaciones fueron manejadas directamente por el Tesoro. De los molinos mencionados, uno estaba situado bajo el puente principal y sus paredes están ahora en ruinas.
El primer horno industrial alto del mundo para la extracción de hierro, se ha argumentado, fue construido en 1750 en Topliţa, cerca de Hunedoara, y otro posterior en Govăşdia en 1806. Ambos hornos pueden visitarse hoy en día. Para llegar por carretera sólo se podía pasar por Teliucu Inferior (entonces Alsótelek) y Teliucu Superior (entonces Felsőtelek). Hasta 2001, existía un sistema de ferrocarril de vía estrecha construido en los siglos XIX y XX que iba desde el castillo de Hunedoara, cerca de Zlaşti, a través de un túnel de 747 y 42 metros de longitud que atravesaba la montaña, y el impresionante paisaje de “Ţara Pădurenilor” (País de los Bosques) antes de llegar a Govăjdia. Fue desmantelado y desguazado de Zlaşti a Govăjdia y Crăciuneasa por el último propietario la empresa Talc-Dolomită Zlaşti. El último sistema ferroviario de vía estrecha que queda, de 2,3 km de longitud, desde el castillo de Hunedoara hasta Zlaşti, fue utilizado por la empresa Talc-Dolomită Zlaşti hasta 2007. En el verano de 2009 se eliminó el último tramo que quedaba de esta línea. Ahora hay esfuerzos para restaurar la línea de tren con fines turísticos.
En el siglo XVIII y parte del XIX, a medida que la ciudad de Hunedoara se fue industrializando, los campesinos de las regiones cercanas comenzaron a trasladarse a la ciudad y la población aumentó. Sólo los alemanes, húngaros y székelys de Transilvania estaban representados en la Dieta (véase Unio Trium Nationum). Los rumanos, que en aquella época formaban aproximadamente el 50% de la población, se sentían explotados y se rebelaron en varias ocasiones. Los campesinos del condado de Hunedoara apoyaron la Revuelta de Horea, Cloşca y Crişan en 1784, cuando sitiaron sin éxito la cercana fortaleza de Deva.
El castillo de Hunedoara dio refugio a la nobleza local, y fue su última función como defensa militar. Más tarde, representantes de la región fueron enviados a las asambleas nacionales rumanas celebradas en Blaj durante la Revolución de 1848, donde los rumanos decidieron exigir la igualdad de derechos y resistir el intento de Hungría de independizarse de la Casa de Habsburgo. Esto inició una insurrección a pequeña escala en toda Transilvania que fue rápidamente acallada por el ejército húngaro, excepto en las Montañas Apuseni, al norte de Hunedoara, donde el tribuno Avram Iancu luchó por mantener a las fuerzas húngaras lejos del control de las minas de oro. Los posteriores fracasos de la monarquía austro-húngara para cumplir con las demandas de los rumanos, junto con las campañas de magiarización, exacerbaron y alienaron aún más a la población rumana de Hunedoara.
Durante la Primera Guerra Mundial los rumanos del condado de Hunedoara apoyaron activamente al ejército rumano y la Asamblea Nacional Rumana declaró la Unión de Transilvania con Rumanía en 1918. Tras el fin de la guerra, Transilvania pasó a formar parte de Rumanía. Las poblaciones rumanas de la ciudad y sus alrededores obtuvieron rápidamente derechos políticos y representación, y el desarrollo industrial continuó a un ritmo cada vez mayor.
Durante la Segunda Guerra Mundial, las acerías formaron parte del esfuerzo bélico del Eje. El ejército rumano perdió 700.000 soldados en el Frente Oriental y los aliados, otros 400.000 soldados luchando contra el Eje.
Tras la ocupación soviética y el posterior régimen comunista, se favoreció la industria, y Hunedoara tuvo durante un tiempo la mayor planta productora de acero de Rumanía y los Balcanes. La ciudad creció, y las fábricas se extendieron tanto que igualaron o superaron el tamaño de la ciudad. La población también aumentó hasta superar los 87.000 habitantes. El equipo de fútbol, el Corvinul Hunedoara, fue durante mucho tiempo uno de los equipos de fútbol más valorados de Rumanía, rivalizando con el Steaua o el Dinamo. Se construyó un gran estadio junto con otras instalaciones deportivas, como piscinas cubiertas y una pista de patinaje. Además del club deportivo Corvinul, se construyeron otros dos clubes deportivos, Constructorul y Siderurgistul, cada uno de los cuales ofrecía diferentes instalaciones deportivas. Otras construcciones notables fueron un teatro, varios cines grandes, muchas escuelas y liceos y una facultad de ingeniería.
El colapso comunista significó que los antiguos mercados del acero desaparecieron, y muchas empresas tuvieron que cerrar o abandonar. Sin embargo, las inversiones de capital rumano y extranjero empezaron a ofrecer nuevas oportunidades de trabajo a la población. En la actualidad, Arcelor-Mittal gestiona lo que queda de la acería. La acería explota ahora la acería eléctrica nº 2, la colada continua y los trenes de laminación. Está previsto que la producción supere las 500.000 toneladas de acero en 2007 y en adelante. El resto de las instalaciones de producción han sido demolidas o se han vendido a inversores privados.