La historia comienza tras las cuatro series limitadas principales, con Superman, Wonder Woman y Batman enfrentados, la Atalaya de la JLA destruida y los héroes del mundo enfrentándose a diversas amenazas. En este contexto, Kal-L (el Superman de Tierra-Dos), junto con Lois Lane de Tierra-Dos, Alexander Luthor de Tierra-Tres y Superboy-Prime escapan del universo de bolsillo al que habían huido inicialmente al final de Crisis en Tierras Infinitas. Kal-L busca a su prima, Power Girl, también superviviente de Tierra-Dos. Creyendo que la salud de Lois mejorará en su mundo natal, espera sustituir la Tierra actual por Tierra-Dos, que considera perfecta.
Kal-L intenta conseguir el apoyo de Batman, afirmando que la naturaleza “mala” inherente a la Tierra Post-Crisis causó la reciente desconfianza y hostilidad de Batman. Batman se niega y trata de usar su anillo de kriptonita. Esto falla ya que la Kriptonita no es nativa del universo de Kal-L, y Superman la destruye con su visión de calor. Después, Batman se entera de que Superboy-Prime ha destruido la Atalaya de la JLA.
Alexander revela a Power Girl que él y Superboy-Prime han estado abandonando su “paraíso” durante algún tiempo, manipulando los acontecimientos para ayudar a crear un diapasón interdimensional. Utilizando los restos del Antimonitor y héroes y villanos capturados específicamente sintonizados con universos anteriores (Power Girl entre ellos después de que Superboy-Prime la noquee), Alex restaura la Tierra-Dos, despoblada excepto por los héroes de la Tierra-Dos transportados allí.
Superboy-Prime ataca a Conner Kent, el Superboy de este mundo. Múltiples súper equipos intervienen. Superboy-Prime mata accidentalmente a varios héroes antes de que los Flashes y Kid Flash le obliguen a entrar en la Fuerza de la Velocidad, ayudados por los velocistas que ya están dentro de ella. Jay Garrick, el único velocista que queda, dice que la Fuerza de la Velocidad ya no existe.
Buscando crear un mundo perfecto, Alexander restaura muchas Tierras alternativas. Cuando Lois de Tierra-Dos finalmente muere de vieja, un Kal-L agraviado y el Superman Kal-El más joven de la era Post-Crisis se pelean hasta que Wonder Woman los separa. Bart Allen (con el traje de Barry Allen y envejecido hasta la edad adulta) emerge de la Fuerza de la Velocidad, advirtiendo que él y los otros velocistas fueron incapaces de retener a Superboy-Prime, que regresa llevando una armadura inspirada en el Antimonitor que almacena la radiación solar amarilla para potenciarla, haciéndola aún más fuerte.
La fuerza de ataque de Batman destruye al Hermano Ojo, una IA satelital creada por Batman que se había vuelto rebelde y había comenzado a transformar a los civiles en robots nanoinfundidos orientados a cazar y exterminar a los supers. Alexander selecciona y fusiona Tierras alternativas, intentando crear una Tierra “perfecta”, hasta que Firestorm bloquea sus esfuerzos. Conner, Nightwing y Wonder Girl liberan a los prisioneros de la Torre. Luchando entre sí, Conner y Superboy-Prime chocan con la torre, destruyéndola. Las múltiples Tierras se recombinan en una “Nueva Tierra” mientras Conner muere en los brazos de Wonder Girl. Power Girl no tarda en llegar y le pregunta a Kal-El qué ha pasado con Lois. La respuesta hace que se derrumbe y le pregunte a Kal-El por qué. Él le responde simplemente, diciéndole que fue porque eligió al Superboy equivocado para condenar y al Superboy equivocado para condonar.
Cuando una horda de supervillanos ataca Metrópolis, los héroes, actuales y retirados, vuelan al rescate, y se les une la Guardia Nacional. La batalla se salda con múltiples muertes en ambos bandos, incluyendo muchas del propio Superboy-Prime, que mata a villanos y héroes por igual. Durante la batalla, Superboy-Prime se lanza a destruir Oa, planeando colapsar el Universo en un evento big bang, y recrearlo con él mismo como único superhéroe. Superboy-Prime es frenado por un muro de voluntad de 300 millas de grosor creado por los Green Lantern Corps, pero mata a treinta y dos Green Lanterns antes de que Kal-L y Kal-El lo lleven hacia lo que queda de Krypton. Es esencialmente una enorme nube de kriptonita. Los Superhombres hacen volar a Superboy a través del sol rojo de Krypton, Rao, destruyendo su armadura y haciendo que los poderes de los tres kryptonianos disminuyan. Al caer en el planeta sensible (y miembro de los Green Lantern Corps) Mogo, luchan. Kal-El finalmente noquea a Superboy-Prime y el Superman mayor, Kal-L, muere a causa de sus heridas en los brazos de su prima, Power Girl.
De vuelta a la Tierra, Batman, luchando con la muerte de Superboy y las graves heridas de Nightwing sufridas durante la batalla de Metrópolis, contempla la posibilidad de disparar a Alex. Batman es disuadido por Wonder Woman. Alex consigue escapar.
La Mujer Maravilla, Batman y Superman se reúnen más tarde en Gotham City. Wonder Woman planea descubrir quién es. Batman planea un viaje similar de autodescubrimiento, revisando el entrenamiento de su juventud, esta vez con Dick Grayson, ahora más sano, y con Tim Drake uniéndose a él. Superman se retira de los superhéroes hasta que recupera sus poderes.
Escondido en un callejón de Gotham City y haciendo nuevos planes, Alexander Luthor es encontrado por Lex Luthor y el Joker. El Joker mutila a Alexander rociándole ácido en la cara, luego lo electrifica y, finalmente, mata a Alexander disparándole mientras Lex se burla de él por cometer los errores, incluyendo el de no dejar que el Joker juegue en la Sociedad Secreta y subestimar a Lex.
Los Green Lantern Corps encarcelan a Superboy-Prime dentro de un Sun-Eater rojo. La serie termina con él grabando una S en su pecho con sus propias manos y declarando que ha escapado de prisiones peores que esta.