マウスの妊娠のタイミングを計るには、2つの方法がある。 1) 膣細胞診でマウスの発情周期と交尾の適切な時期を調べる、および/または、2) 雌の膣栓を調べて交尾が起こったかどうかを調べる。

膣細胞診の評価

発情周期を調べるための膣サンプルを得るためには、湿らせた綿棒を手で拘束したマウスの膣穴に入れる。 市販の綿棒は大きすぎて平均的な大きさのマウスの膣口に入りにくいが、爪楊枝の先端に少量の滅菌綿を巻きつけて、適当な大きさの綿棒を作ることができる。 綿棒をマウスの膣内で静かに、しかししっかりと回転させ、膣壁に接触するように注意する。 綿棒を取り出したら、清潔なガラス製の顕微鏡用スライドに拭き取り、膣内の試料をスライドに移す。 スライドを自然乾燥させた後、0.1％のメチレンブルー水溶液を塗布し、膣内物質を染色する。 染色液が乾いたら、標本を顕微鏡で観察する。 発情期は存在する細胞の種類と相対数で判断できる。

• マウスが発情期であれば、ほとんどが多形核白血球（PMN）、一部上皮細胞が見られるはずだ。
• マウスが発情期であれば、ほとんどが有核上皮細胞と角化上皮細胞を見ることができます。 マウスが発情前期であれば、PMNがいくつか見られます。
• マウスが発情期であれば、ほとんどが角化した上皮細胞を見ることができます。 発情前期であれば、有核細胞が少し見えるかもしれません。
• マウスが発情期であれば、ほとんどが角化した上皮細胞とPMN、一部有核上皮細胞が見られます。

発情期は暗期開始後約6時間から12-14時間続きますが、交尾も排卵も通常（必ずではない）発生します。 定時繁殖を行う場合は、発情期に雌を雄と一緒にします。 交尾が成立したことを確認するために、翌朝に雌の膣栓の有無を確認します（下記参照）。

膣栓の確認

一部の家畜種（犬など）では膣細胞診を評価して交配の最適時期を決定することが一般的ですが、マウスでは発情周期が非常に短い（合計4～5日）のであまり現実的ではないでしょう。 マウスでは、雄と雌を一緒にして、翌朝早く雌の膣栓の有無を確認する方法がより現実的である。 プラグはオスの凝乳腺と小胞腺から出る分泌物が凝固したものである。 通常、メスの膣内を満たし、繁殖後8〜24時間持続する。 プラグを見るには、メスの尾の付け根を持ち上げて膣口を調べ、白っぽい塊があるかどうかを確認する。 特に、この処置の経験が浅い場合は、見えにくいかもしれません。 綿棒や平楊枝の先で膣口を少し広げると、よく見えるかもしれません。 プラグがない場合は、雌を雄に預け、プラグが見えるまで毎朝チェックします。

大量の定時妊娠雌が必要な場合は、発情周期に対するフェロモンと社会的要因の影響を利用することができます。 近くにオスがいない状態で、メスを大きな集団で収容します。 こうすることで発情期が延長され、発情が抑制される現象があり、Whitten効果と呼ばれています。 雄マウスのフェロモンがこの効果を妨げることがあるので、雄マウスによる集団飼育の雌マウスへの嗅覚刺激を防止する必要がある。 雌を雄と一緒にすると(通常、雄1匹に対して雌1〜3匹)、ほとんどの雌の発情周期が3日以内に再開する。 交尾した雌を見分けるには、毎日膣栓があるかどうかを調べます。

膣栓があるからといって妊娠が保証されるわけではなく、あくまでも性行為があったことを示すものです。 交配後の妊娠の可能性は、マウスの系統や交配が行われる発情周期の時期によって異なります。 ほとんどの系統で、発情抑制された雌で、雄との交尾後3日目に膣栓が見つかった場合に、妊娠率が最も高くなる。 例として、C3H/HeJとBALB/cJでは、3日目に膣栓が見つかると妊娠率はそれぞれ100％と44％であるのに対し、5日目に見つかるとそれぞれ62％と31％にとどまる。 一方、C57BL/6Jの雌の妊娠率は、3日目にプラグが見つかったものでは39％に過ぎないが、4日目に見つかったものでは69％であった。

プラグのある雌が妊娠している場合、プラグが見つかった翌日を妊娠の初日とする