Me suena a metatarsalgia. Si revisas la sección de síntomas ese artículo coinciden con lo que has descrito. Correr y saltar aumenta el riesgo de metatarsalgia, y cualquier cosa que aumente el impacto en los pies lo empeora. El artículo enumera el uso de zapatos sin acolchado adecuado como un factor de riesgo, por lo que la falta de acolchado de tus vibram puede estar contribuyendo al problema. El sobrepeso también aumenta el impacto, lo que contribuye al problema (no sé si esto es un problema para ti o no). Imagino que correr en superficies de alto impacto como el hormigón también aumentaría tu riesgo (la hierba y el asfalto tienen más cesión).
Distribuir más peso en la bola del pie también lo empeora. Según los Principios de Entrenamiento Atlético de Arnheim:
Una de las causas de la metatarsalgia es la restricción de la extensibilidad del complejo gastrocnemio-sóleo. Debido a esta restricción, el atleta acorta la fase de media marcha y enfatiza la fase de despegue de la punta del pie, causando una presión excesiva bajo el antepié.
Traducción: si sus pantorrillas están tensas, usted corre de una manera que pone más presión en la bola del pie. Esto puede ser un problema para ti. Uno de los beneficios de correr descalzo es que fortalece tus tobillos al fortalecer los músculos de la parte inferior de las piernas que los sostienen. El problema es que, si no estiras esos músculos con regularidad, pueden ponerse tensos. La metatarsalgia también puede ser causada por un arco metatarsal caído (el arco que atraviesa la bola del pie).
Si se sospecha que las pantorrillas apretadas son las causantes, Arnheim sugiere estirar las pantorrillas varias veces al día (ver la columna derecha de las secciones Gastrocnemio y Sóleo en ExRx para algunos estiramientos). Si tiene un arco caído causado por la debilidad, también debería hacer ejercicios de fortalecimiento del pie. Además, las dos fuentes que he mencionado sugieren almohadillas metatarsales, que se colocan detrás de las bolas de los pies para ayudar con el apoyo y la absorción de impactos.