Consolidación del control portugués
En la década de 1880, los portugueses controlaban el comercio y cobraban tributos en los enclaves costeros desde Ibo, en el norte, hasta Lourenço Marques, en el sur, pero su capacidad para controlar los acontecimientos fuera de esas zonas era bastante limitada; esa situación, sin embargo, estaba a punto de cambiar. A medida que los vecinos del Estado de Gaza eran asaltados periódicamente por negarse a pagar tributos, comenzaron a aliarse con los portugueses, lo que éstos fomentaron y explotaron. En la década de 1890, una coalición de tropas portuguesas y ejércitos africanos marchó contra el estado. Cuando el liderazgo de Gaza fue finalmente derrotado en 1897, el sur de Mozambique pasó a control portugués. Dos décadas más tarde, los portugueses, que para entonces habían montado docenas de campañas militares, controlaban directamente a los barue del centro de Mozambique, a los portugueses africanos de los prazos de Zambezi y Maganja da Costa, a los yao de Mataka, a los cacicazgos del norte de Makua y a los jeques de la costa norte de Angoche.
El comercio de marfil, oro, esclavos, caucho, semillas oleaginosas y una amplia gama de productos europeos continuó durante todo el siglo XIX. Sin embargo, el interés económico europeo y su influencia en la región cambiaron rápidamente a mediados de siglo en respuesta a los acontecimientos tanto en África como en Europa. Se necesitaba mano de obra africana en las plantaciones de azúcar y en los puertos y minas sudafricanos tras el descubrimiento de diamantes (en Kimberley en la década de 1860) y de oro (en Witwatersrand en la década de 1880). Debido a la necesidad de mano de obra, los europeos estaban decididos a obtener un mayor control sobre las extensiones de tierra y sus habitantes a expensas del liderazgo africano. La lucha combinada por el acceso a las tierras con minerales y la mano de obra para trabajarlas alimentó la llamada “lucha” en el sur de África.
Portugal reclamó una franja de territorio desde el actual Mozambique hasta Angola. Aunque los alemanes, cuyo territorio limitaba con Mozambique por el norte, aceptaron las reclamaciones portuguesas -estableciendo la frontera norte de Mozambique-, las pretensiones británicas sobre la región contradecían las de Portugal, lo que dio lugar a prolongadas negociaciones. Sin embargo, la corona portuguesa estaba muy endeudada con los financieros británicos, y el pequeño país no era rival para el ejército británico; en 1891 Portugal se vio obligado a aceptar la definición británica de los límites occidental y meridional de Mozambique.
Portugal tenía pocas esperanzas de desarrollar toda la región por su cuenta, por lo que recurrió a su conocida estrategia colonial de arrendar grandes extensiones de tierra a empresas privadas. Se concedió a las compañías fletadas el privilegio de explotar las tierras y los pueblos de zonas específicas a cambio de la obligación de desarrollar la agricultura, las comunicaciones, los servicios sociales y el comercio. La Compañía de Mozambique, la Compañía de Niassa y la Compañía de Zambezia se crearon de este modo en la década de 1890. El desarrollo económico y la inversión en infraestructuras estaban directamente relacionados con los intereses de las empresas y solían realizarse a costa de los africanos. Las plantaciones de azúcar, copra y sisal, que dependían en gran medida de la mano de obra reclutada, y los ferrocarriles que unían Beira con el territorio de la Compañía Británica de África del Sur y Nyasalandia Británica al oeste y noroeste, se desarrollaron y construyeron a un alto coste para la mano de obra africana.
El gobierno portugués acabó rescindiendo los estatutos de las principales compañías concesionarias, poniendo todo Mozambique bajo dominio portugués directo. Entre los años 1890 y 1930, el dominio portugués en Mozambique se caracterizó por la explotación de la población y los recursos africanos por parte de particulares, ya fueran accionistas de empresas extranjeras o burócratas y colonos coloniales. Los abusos coloniales más atroces -trabajo forzado, cultivos forzados, impuestos elevados, salarios bajos, confiscación de las tierras más prometedoras- se produjeron independientemente del grupo de europeos que estuviera en el poder.