El Servicio de Alimentación y Nutrición (FNS) del USDA administra el programa mediante subvenciones a los estados. El programa es administrado en la mayoría de los estados por su agencia educativa designada, como el Departamento de Salud de Nueva York. En algunos estados, el programa es administrado por una agencia alternativa, como el departamento estatal de salud, familia y/o servicios sociales. A discreción del gobernador del estado, distintos organismos pueden administrar los componentes de atención infantil y de atención diurna para adultos del programa, como Wildwood C.A.C.F.P en Colorado. En el estado de Virginia, el programa es administrado directamente por la Oficina Regional del Atlántico Medio del Servicio de Alimentos y Nutrición (MARO).
La ayuda federal real proporcionada a los estados y a sus agencias designadas es en forma de reembolso en efectivo por las comidas servidas, y cualquier otra donación del USDA para proporcionar dichas comidas. Los fondos del programa se proporcionan a los estados a través de cartas de crédito emitidas bajo el Sistema de Gestión Financiera de la Agencia del FNS. Los estados, a su vez, utilizan los fondos para reembolsar a las instituciones los costes de las operaciones reales (por ejemplo, el suministro de comidas), así como para apoyar los gastos administrativos del estado. Por lo general, la solicitud de reembolso en efectivo de un estado por parte del USDA se calcula determinando primero el número de comidas servidas (por categoría y tipo), y multiplicando la cantidad de servicio por una tasa de pago por unidad, también conocida como “tasa de reembolso”. El “tipo” de comida se refiere al tipo de servicio de comidas por el que la institución solicita el reembolso, como desayunos, almuerzos, meriendas, suplementos y cenas servidas. La “categoría” se refiere al tipo de necesidad económica del niño o del adulto al que se sirve una comida, que puede clasificarse como comidas “de pago”, “de precio reducido” o “gratuitas”.
Las guarderías, las guarderías para adultos y las guarderías fuera del horario escolar pueden cobrar una cuota única para cubrir la matrícula, las comidas y todos los demás servicios de guardería a fin de recuperar ciertos costes; sin embargo, la gran mayoría de estos centros operan programas sin precios (gratuitos). No obstante, todas las instituciones deben determinar la elegibilidad de los niños y adultos inscritos en estos centros (por ejemplo, bajos ingresos, discapacitados mentales o físicos, etc.) para recibir comidas gratuitas o a precio reducido, ya que tales determinaciones de elegibilidad afectan a las tasas de reembolso de las comidas servidas a los participantes. Los niños sin hogar que residen en un centro de acogida para personas sin hogar participante se consideran categóricamente elegibles para las comidas servidas por dicho centro. Los programas extraescolares de riesgo, los refugios de emergencia y las guarderías familiares tienen prohibido cobrar por separado las comidas.