Acto I
El musical se abre con el conjunto dando un resumen de la infancia de Alexander Hamilton a mediados del siglo XVIII, antes de la revolución americana. Varios miembros del elenco describen cómo una serie de desgracias pusieron a Hamilton en el camino de la fama. Después de que un huracán destruyera su isla, su madre muriera y su padre lo abandonara, Hamilton escribió sobre su traumática experiencia. Impresionados por su facilidad para el lenguaje, los habitantes de su isla recaudaron dinero para enviarlo a Estados Unidos a recibir una educación. Después de poner al público al corriente de esta exposición, comienza la obra propiamente dicha.
Al llegar a Nueva York, el joven y ambicioso Hamilton busca a Aaron Burr y le pide consejo para obtener un curso acelerado de estudios como hizo Burr. Burr aconseja a Hamilton que no hable tanto, pero éste insiste en que habla tanto porque tiene opiniones apasionadas. Los dos personajes se convierten en rivales; mientras que Hamilton es descarado, franco y obstinado, Burr es cuidadoso, estratégico y con menos principios. Cuando los dos nuevos conocidos van a un bar, se encuentran con John Laurens, Hércules Mulligan y el Marqués de Lafayette. Todos, excepto Burr, están entusiasmados con la inminente Revolución Americana y gritan: “Brindemos por la libertad”.
A continuación nos presentan a las hermanas Schuyler, que deambulan por el centro de Nueva York disfrutando de la emoción de las cambiantes mareas sociales. Aaron Burr intenta ligar con Angelica, pero ella lo rechaza. Entonces ella afirma que ha estado leyendo el Sentido Común de Thomas Paine, y que está buscando una “revelación”, expresando su deseo de igualdad femenina.
Conocemos al lealista Samuel Seabury, un granjero que está condenando al Congreso Continental revolucionario (y a todos los patriotas en general). Cuando se encuentra con el granjero, Hamilton critica las condenas de Seabury. Llega a América un mensaje del rey Jorge en el que advierte a los colonos de que el rey hará lo que sea necesario para mantener las colonias bajo su control. El rey envía al general Howe y a 30.000 soldados al puerto de Nueva York, desafiando el deseo de independencia de las colonias americanas.
A continuación se nos presenta al general George Washington, que reconoce que los colonos están en grave desventaja frente a las tropas británicas. Se siente frustrado porque las tropas rebeldes siguen retrocediendo. Cuando Hamilton roba los cañones de las tropas inglesas, demostrando que está dispuesto a correr riesgos y romper las reglas por el bien de América, se gana el favor de Washington. Mientras tanto, Aaron Burr se presenta a Washington ofreciéndole ayuda y consejo, pero acaba ofendiendo a Washington al criticar el estado actual de las tropas coloniales. Washington pide a Hamilton que le ayude con los planes de guerra, y éste recluta a John Laurens, Hércules Mulligan y Lafayette para ayudar a la rebelión. Coloca a Mulligan en el bando británico como espía y escribe al Congreso para convencerlo de que envíe suministros. Quiere utilizar el elemento sorpresa para derrotar a los británicos.
Algún tiempo después, Aaron Burr y Alexander Hamilton están en un baile de invierno, y Burr le dice a Hamilton que si se casa con una hermana de los Schuyler se hará rico. Eliza Schuyler ve a Hamilton y se enamora de él a primera vista. Le dice a su hermana, Angelica, que Hamilton es el elegido, así que Angelica los presenta. Alexander y Eliza se escriben cartas de amor durante las dos semanas siguientes, y luego se comprometen.
El día de la boda, Angelica revela al público que también está enamorada de Alexander, pero que se lo entregó a Eliza porque era pobre y se esperaba que se casara con un rico, y porque sabía que Eliza estaba enamorada de él. Mientras los amigos de Hamilton felicitan a éste por su matrimonio, le preguntan a Burr por una mujer que tiene “al lado”. Burr admite que ama a una mujer llamada Theodosia, que está casada con un oficial británico. Hamilton le dice que vaya tras ella, pero Burr dice que está “dispuesto a esperarla”. Burr compara su vida con la de Hamilton, señalando que “Hamilton se enfrenta a una interminable cuesta arriba” y que “no pierde el tiempo”, pero Burr esperará a ver cuál es su propio propósito antes de actuar.
Más tarde, las tropas americanas están peligrosamente bajas de suministros. Washington planea un ataque nocturno por sorpresa contra los británicos, esperando alguna ayuda de los franceses. Washington nombra a Charles Lee segundo al mando, pero Lee se muestra incapaz de dirigir un ejército. Cuando Lee critica a Washington, Laurens desafía a Lee a un duelo, a pesar de que Washington lo ha prohibido. En el duelo, Laurens dispara a Lee en el costado, por lo que éste se rinde. Washington está molesto con Hamilton, que actuaba como número dos de Laurens. Cuando Hamilton insiste en que debería estar a cargo de un batallón, Washington no está de acuerdo, diciendo que es demasiado arriesgado y que necesita que Hamilton siga vivo, enviándolo a casa.
Cuando Hamilton llega a casa, Eliza le dice que está embarazada y que escribió a Washington, pidiéndole que enviara a Hamilton a casa. Mientras tanto, Lafayette consigue la ayuda de Francia, asegurando que los colonos podrán derrotar a los británicos en Yorktown. Washington invita a Hamilton a volver y le ofrece un puesto de mando.
1781-La batalla de Yorktown. Hamilton, preocupado por la posibilidad de un disparo accidental y perdido, ordena a sus hombres que retiren las balas de sus armas mientras realizan un ataque por sorpresa. Tras una semana de lucha, los británicos se rinden. El rey Jorge vuelve al escenario para repetir sus advertencias y desafía a Estados Unidos: “¿Qué viene ahora?”. Les dice que no saben liderar ni ser independientes.
Aaron Burr, que se ha casado con la mujer con la que tenía un romance tras la muerte de su marido, conoce a su primera y única hija, una niña llamada Theodosia. Simultáneamente, Hamilton conoce a su hijo, Philip. Los dos nuevos padres tienen una esperanza similar de poder construir un país con el que su respectivo hijo pueda “alcanzar la mayoría de edad”. Ambos regresan a Nueva York para estudiar Derecho, pero Hamilton progresa mucho más y más rápido que Burr, convirtiéndose en abogado y trabajando en el primer juicio por asesinato de la América independiente. Dado su talento, Hamilton es elegido para participar en la Convención Constitucional, un grupo encargado de formar el marco legal de la nueva nación. Se presenta en casa de Burr en mitad de la noche, preguntándole si le ayudará a defender la nueva constitución, admitiendo que Burr es mejor abogado que él. Cuando Burr se niega a colaborar en la redacción de los Documentos Federalistas, Alexander le llama la atención por no tener nunca opiniones y mantenerse siempre al margen. Más tarde, Hamilton recluta a John Jay y James Madison para que le ayuden a escribir los Documentos. Washington le pide a Hamilton que dirija el Departamento del Tesoro Nacional. Angelica le cuenta a Alexander que se ha casado con un hombre rico y que va a pasar una temporada con él en Londres.
Acto II
Nos encontramos con Thomas Jefferson, que ha sido embajador en Francia, en el extranjero, mientras dura la guerra. Regresa a su casa en Monticello, una plantación en Virginia. Washington le ha pedido que sea el Secretario de Estado, y cuando regresa ya ha sido aprobado por el Senado. Va a la ciudad de Nueva York, donde James Madison le pide que ayude a detener el plan financiero de Hamilton, que, en su opinión, permitiría un control excesivo del gobierno. Hamilton quiere que el gobierno federal “asuma las deudas de los estados y establezca un banco nacional”. Jefferson y Hamilton debaten el plan. Jefferson argumenta que, dado que algunos estados, como Virginia, ya pagaron sus deudas de guerra, no deberían pagar también las deudas de otros estados. También señala que, puesto que América acaba de escapar de un gobierno con demasiados impuestos, no tiene sentido que quieran establecer impuestos federales en América. Hamilton responde que asumir las deudas haría a América más rica a largo plazo, y luego condena a Jefferson por apoyar el trabajo esclavo en el Sur. Washington le dice a Hamilton que tiene que encontrar un compromiso y obtener más aprobación del Congreso, o lo más probable es que le pidan que abandone el gabinete de Washington.
Eliza le implora a Hamilton que se tome un descanso del trabajo. Ella y Angélica se van al norte del estado a pasar el verano y quieren que él las acompañe, pero Hamilton insiste en que no puede ir de vacaciones con ellas porque tiene que conseguir que su plan sea aprobado por el Congreso.
Cuando Eliza y Angélica se van a pasar el verano, Hamilton se encuentra con María Reynolds, que pide ayuda a Hamilton, alegando que está siendo maltratada por su marido, James Reynolds. Alexander le presta dinero y la acompaña a su casa. Cuando ella se ofrece a Hamilton, ambos comienzan un romance que dura un mes. Poco después, Hamilton recibe una carta del marido de María chantajeándole. Hamilton paga a James Reynolds para que no le cuente a nadie (especialmente a Eliza) sobre la aventura.
Más tarde, Hamilton, Jefferson y Washington tienen una reunión privada para discutir el plan financiero de Hamilton. Jefferson y Washington están de acuerdo con el plan, siempre y cuando la capital nacional, que en ese momento estaba en la ciudad de Nueva York, se traslade más al sur (al norte de Virginia, al actual Washington D.C.). Aaron Burr se lamenta de no haber estado en la sala cuando se produjo el acuerdo. James Madison, que trabajaba con Jefferson, consigue los votos que Hamilton necesita para impulsar su acuerdo en el Congreso.
Aaron Burr derrota al padre de Eliza, Philip Schuyler, en unas elecciones al Senado, pasándose al Partido Republicano Demócrata para ganar. Hamilton considera que la candidatura de Burr contra Schuyler es un ataque personal, pero Burr insiste en que sólo estaba aprovechando una oportunidad para avanzar en su carrera.
El Congreso debate si debe o no ayudar a los ciudadanos franceses en su Guerra de la Independencia. Jefferson argumenta que Francia proporcionó ayuda durante la Revolución Americana y América prometió ayudar a Francia. Amplía su argumento diciendo que Francia no pidió tierras, sólo ayuda para su revolución. Hamilton replica que Francia está demasiado desordenada después de haber pasado por su propia Revolución, por lo que involucrarse podría perjudicar a Estados Unidos. También argumenta que América recibió ayuda y firmó un tratado con el Rey, que ahora está muerto. Washington está de acuerdo con Hamilton en que el pueblo de Francia no sabe quién lo dirigirá tras la Revolución, lo que hace que la situación sea demasiado peligrosa. Jefferson acusa a Hamilton de traicionar a Lafayette. Burr, Jefferson y Madison están molestos porque Hamilton “se metió a Washington en el bolsillo”. Los tres acuerdan tratar de encontrar algunos trapos sucios sobre Hamilton siguiendo el dinero que entra y sale del tesoro para ver a dónde va.
Washington le dice a Hamilton que Jefferson renunció al gabinete para postularse a la presidencia, y que Washington se retira. Pero John Adams gana la presidencia y despide a Hamilton inmediatamente. Hamilton publica una respuesta, en la que critica a Adams. Mientras tanto, Burr, Jefferson y Madison descubren los pagos de Hamilton a James Reynolds, que, según ellos, son prueba de algún tipo de acuerdo político ilegal. Hamilton les demuestra que no gastó el dinero del tesoro y que pagaba para cubrir un escándalo sexual. Preocupado por lo que sus disidentes podrían hacer con esta información, publica el “Panfleto Reynolds”, en el que admite públicamente el asunto. Angelica se enfrenta a Alexander por el panfleto y le dice que apoya a Eliza. Cuando se entera, Eliza quema las cartas que le escribió a Hamilton, para mantener su privacidad y escribirse a sí misma fuera de la “narrativa” histórica.”
Más tarde, Philip, el hijo de Hamilton, defiende a su padre de las críticas de otro joven, George Eacker. Philip reta a Eacker a un duelo, y Hamilton aconseja a su hijo que dispare su arma al aire cuando llegue el momento. En el duelo, Philip empieza a hacer lo que su padre ha dicho, pero Eacker dispara antes de la cuenta de diez, alcanzando a Philip justo encima de la cadera. Eliza y Alexander están al lado de Philip cuando éste muere en el hospital. Después de la tragedia, los dos se reconcilian.
La elección de 1800. Los estadounidenses están decepcionados con la presidencia de Adams. Jefferson y Burr se presentan contra él. Como está claro que Adams no será presidente, la carrera está entre Jefferson y Burr. Madison sugiere que Jefferson intente conseguir el apoyo de Hamilton. Burr hace campaña abiertamente contra Jefferson, algo inédito en la época. Llegado el momento, el Partido Federalista mira a Hamilton para ver en qué sentido deben votar. Hamilton respalda a Jefferson, declarando: “Jefferson tiene creencias, Burr no tiene ninguna”. Molesto, Burr desafía a Hamilton a un duelo.
En el duelo, Burr tiene la paranoia de que Hamilton quiere matarlo. Observa que Hamilton “jugueteaba metódicamente con el gatillo” y llevaba sus gafas “para apuntar mortalmente”. A pesar de que Hamilton apunta su arma al cielo tal y como le dijo a su hijo, Burr le dispara. En un soliloquio, Hamilton contempla el legado que deja y su inminente muerte. Burr se arrepiente de haber matado a Hamilton, diciendo que “el mundo era lo suficientemente amplio para Hamilton y para mí”. Tanto Eliza como Angelica están al lado de Hamilton cuando éste muere.
El musical termina con Eliza contando la historia de los Padres Fundadores. Cuenta que vive 50 años más que Hamilton y trabaja para mantener su legado. Abre un orfanato en su nombre y canta la canción “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”.