Blodgrupper, eller typer, definieras av polymorfismer i uttrycket av immunogena molekyler i blodkroppar, plasma och kroppssekret som mjölk och saliv. En mängd av dessa finns hos olika arter, bland annat hos människor och människoapor. Det finns flera olika kategorier av blodgruppsantigen beskrivna hos människor som har stor klinisk betydelse. De vanligaste beskrivna av dessa, på grund av deras höga polymorfism i mänskliga populationer och kliniska betydelse, är ABO-blodgrupperna och Rhesus (Rh)-faktorn.

Det mänskliga ABO-blodgruppssystemet är mycket betydelsefullt vid transfusioner och transplantationer, och med några få undantag förblir det polymorft i de flesta mänskliga populationer. Dessa antigener är oligosackarider som syntetiseras av glykosyltransferasenzymer, som skapar ett mönster av sockerarter som finns på cellernas yttre membran eller utsöndrade glykoprotier. I blodgrupp O förekommer en kolhydratsekvens som kallas H-antigen. Individer av typ A och B modifierar H-antigenet genom att lägga till ytterligare en monosackarid för att producera motsvarande A- och B-antigen. Individer producerar antikroppar mot de antigener som inte finns i deras eget blod. Denna process antas ske genom tidig exponering för bakterier med liknande antigener. Förekomsten av ABO-polymorfism är mycket varierande hos alla primater. Hittills har man funnit att schimpanser huvudsakligen har blodgrupp A, och att blodgrupp O är mer sällsynt. Gorillor verkar uteslutande ha blodgrupp B. Orangutanger har alla tre blodgrupperna.

I motsats till ABO-blodgruppen är Rh-blodgruppens antigener proteiner. Rh-typ är viktig hos människor på grund av dess roll vid hemolytisk sjukdom hos det nyfödda barnet, där antikropparna hos en Rh-kvinna (som saknar D-antigenproteinet i Rh-blodgruppen) riktar sig mot D-antigenet på de röda blodkropparna hos ett Rh+-foster. Rh-polymorfismer förekommer också hos schimpanser, där de ursprungligen beskrevs i blodgruppssystemet R-C-E-F. Schimpanser delar vissa varianter av Rh med människor, men de två arterna har ytterligare varianter som de inte delar. Förimmunisering av schimpanser med D-antigen kan orsaka hemolytisk sjukdom hos det nyfödda barnet vid efterföljande graviditeter; detta har dock inte dokumenterats förekomma naturligt.

Andra, mindre studerade blodgrupper har också korrelationer hos schimpanser: MNS-bloodgruppssystemet (V-A-B-D hos schimpanser) och Ii-bloodgruppen (inte polymorf hos schimpanser).

Genetiska analyser av ABO-blodgruppssystemet har föreslagit att samma antigener har dykt upp flera gånger under primaternas evolution och att polymorfism upprätthålls genom balanserande urval inom populationer. Detta kan tyda på att upprätthållandet av mångfald inom olika blodgruppsantigen är viktigt för att populationer ska kunna undvika patogener. Ett stort antal virala och bakteriella patogener har visat sig binda ABO-typer på olika sätt. De påtryckningar som ligger till grund för de olika blodgruppsantigenerna är dock ännu inte helt klarlagda. Trots deras kliniska betydelse är blodgruppsantigenerna inte användbara för att förstå människans unikhet.