Förvaltningen av programmet sköts av USDA:s Food and Nutrition Service (FNS) genom bidrag till delstaterna. Programmet administreras i de flesta delstater av dess utsedda utbildningsorgan, t.ex. New Yorks hälsoministerium. I vissa delstater administreras programmet av ett annat organ, t.ex. delstatens ministerium för hälsa, familj och/eller sociala tjänster. Om delstatens guvernör så önskar kan olika organ förvalta programmets komponenter för barnomsorg och vuxendagvård, t.ex. Wildwood C.A.C.F.P. i Colorado. I delstaten Virginia administreras programmet direkt av Food and Nutrition Service Mid-Atlantic Regional Office (MARO).

Det faktiska federala stödet till delstaterna och deras utsedda organ ges i form av kontant ersättning för serverade måltider och eventuella andra donationer från USDA för att tillhandahålla sådana måltider. Programmedel tillhandahålls till delstaterna genom kreditbrev som utfärdas under FNS Agency Financial Management System. Delstaterna använder i sin tur medlen för att ersätta institutionerna för kostnaderna för den faktiska verksamheten (t.ex. tillhandahållande av måltider) och för att täcka statens administrativa utgifter. I allmänhet beräknas en delstats krav på kontant ersättning från USDA genom att först fastställa antalet serverade måltider (per kategori och typ) och sedan multiplicera antalet serverade måltider med en betalningssats per enhet, även kallad “återbetalningssats”. Med “typ” av måltid avses den typ av måltidsservice som institutionen söker ersättning för, t.ex. frukostar, luncher, mellanmål, tillskott och middagar som serveras. Kategorin” avser typen av ekonomiskt behov hos det barn eller den vuxne som måltiden serveras till, vilket kan kategoriseras som “betalda”, “reducerade priser” eller “gratis” måltider.

Barnomsorgscentraler, vuxendaghem och daghem utanför skoltid kan ta ut en enda avgift för att täcka undervisning, måltider och alla andra dagvårdstjänster för att täcka vissa kostnader, men den stora majoriteten av dessa centra har dock program som inte är avgiftsbelagda (gratis). Alla institutioner måste dock avgöra om barn och vuxna som är inskrivna på dessa centra (t.ex. låginkomsttagare, mentalt eller fysiskt funktionshindrade etc.) är berättigade till gratis måltider eller måltider till reducerat pris, eftersom sådana beslut påverkar ersättningsnivåerna för de måltider som serveras till deltagarna. Hemlösa barn som bor på ett deltagande hemlöshetsboende anses vara kategoriskt berättigade till måltider som serveras av det boendet. Efterskoleprogram för riskgrupper, nödbostäder och familjedaghem är förbjudna att ta ut separata avgifter för måltiderna.