Este hade gett sitt namn till Este-kulturen, en protohistorisk kultur som existerade från den sena italienska bronsåldern (900-900-talet f.Kr., protovenetisk fas) till romartiden (1000-talet f.Kr.) och som var belägen i det nuvarande Veneto.
Giovanni Battista Tiepolo, Den heliga Thecla som befriar staden Este från pesten, 1758-59, i kyrkan Santa Tecla
Under järnåldern var Este ett viktigt centrum för venetierna som lämnade ett antal inskriptioner på grav- och votivföremål.
Under slutet av det tredje århundradet f.Kr. hamnade Este fredligt under Roms herravälde och blev en romersk koloni under namnet Ateste. När stora delar av Norditalien fick romerskt medborgarskap 49 f.Kr. skrevs invånarna i Este in i den romerska stammen Romilia. Efter slaget vid Actium bosatte kejsar Augustus soldater från Legio V Alaudae och Legio XI Claudia i området Este som omfattade Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice och Cinto Euganeo.
Under senantiken ödelades Este och reducerades till en by på landsbygden på grund av barbariska invasioner, framför allt av Attila. Den återuppstod igen först efter 900-talet, då Azzo II d’Este byggde ett slott där och uppkallade sig själv och sin familj efter det och grundade huset Este. Huset Este skulle behålla staden fram till 1240, då det flyttade sin huvudstad till Ferrara. Este erövrades under tiden två gånger av Ezzelino da Romano III, 1238 och 1249. Den var under 1300-talet omtvistad av Scaligeri, Carraresi och Visconti, tills den spontant överlämnades till Venedig 1405.
Under republiken Venedig genomgick Este en period av ekonomisk tillväxt, som endast avbröts av pesten 1630.
Efter republikens fall 1797 och Napoleonkrigen blev staden, tillsammans med hela Venetoregionen, en del av det österrikiska kejsardömet, tills den annekterades av kungariket Italien som en följd av det tredje självständighetskriget 1866.