Verktyg från stenåldern upptäcktes i Sânpetru-kullen (Sankt Peter) nära slottet och i de omgivande byarna. Regionen var mycket rik på järn, som hade utvunnits i området sedan järnåldern av thrakiska stammar. De dacianska fästningarna i Orăştie-bergen, framför allt Sarmiszegetusa, som blev Dakiens viktigaste religiösa och politiska centrum, låg nära Hunedoara och försörjdes av det järn som producerades här. Resterna av åtta dacianska järnugnar har hittats på kullen Sânpetru nära slottet. Upptäckten av viktiga monetära skatter i form av dakiska mynt och romerska kejsarmynt vittnar om platsens betydelse.
När Dacia erövrades omkring 106 e.Kr. och förvandlades till en romersk provins drog den järnrika regionen till sig romarnas uppmärksamhet, som började utnyttja den genom att bygga ugnar. En “Villa Rustica” uppstod i Teliuc, en romersk befästning på Sanpetruberget, utpost för den berömda legio XIII Gemina vars huvudburg låg i Apullum i Dacia. Andra romerska artefakter upptäcktes i stadsområdet och även i Pestis, där resterna av en romersk by upptäcktes. Den nya huvudstaden i den romerska provinsen Dacia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, låg också i närheten.
Efter den romerska militära och administrativa reträtten under folkvandringstiden hade regionen inga betydande historiska platser, även om det kan vara möjligt att järnverksamheten fortsatte. Den etniska strukturen i regionen förändrades avsevärt, framför allt med goter, hunner, slaver, pecheneger, magyarerna och kumaner.
Det finns en pågående vetenskaplig debatt om den etniska tillhörigheten hos Transsylvaniens befolkning före den ungerska erövringen (se Rumänernas ursprung). Efter år 1000, som en del av kungariket Ungern, under slaviskt inflytande växte små politiska fejder (styrda av knjazes). Söder om Karpaterna hade pechenegerna och kumanerna politisk makt, och Hunedoara fungerade som en buffertzon för den ungerska kronan. Med tiden utvecklade Vlachbefolkningen i de närliggande bergen en ursprunglig höglandskultur. Deras land kallas “Tara Padurenilor” (skogsfolkets land) och de började dominera området demografiskt. Regionen hade också en betydande befolkning av tysk-sachsare, kolonisatörer som fördes hit av den ungerska kronan efter den mongoliska invasionen och senare romani som invandrade från den indiska subkontinenten.
Det första dokumenterade beviset på staden gjordes 1265 under namnet Hungnod som ett centrum för garvning av läder och ullbearbetning. Staden Hunedoara blev ett viktigt centrum för utvinning och bearbetning av järn i Transsylvanien. “Corpus Inscriptiorum Latinorum” hänvisar till en lokal invånare som “natas ibi, ubi ferum nascitur”, det vill säga “född där järnet föddes”. Som ryggrad för tillverkning av vapen och verktyg var stadens industri livsviktig för regionen.
Staden har varit känd sedan 1300-talet främst som residens för familjen Hunyadi. Den 18 oktober 1409 belönades Voyk (Vajk på ungerska, Voicu på rumänska) för militärt mod av Sigismund av Luxemburg och fick domänen Hunedoara. Hunyadi-släktens ursprung är ett ämne som ständigt debatteras bland historiker. I samma dokument där Voyk belönades för militärt mod av Sigismund av Luxemburg nämns också hans tre söner: Mogoş, Radu och John Hunyadi (ungerska: János Hunyadi; rumänska: Ioan de Hunedoara). Hunedoara fick stadsprivilegier 1448 av den ungerska kungen. John Hunyadi befäste citadellet ovanpå en gammal fästning och skapade de två stora salarna, för riksdag och riddare. Ett franciskanerkloster byggdes i närheten av slottet 1448 och Johannes av Capistrano, en berömd italiensk munk, sändes av påven för att organisera ett korståg mot turkarna och bodde i slottet. Johannes av Capistrano kom senare att spela en viktig roll för att sporra bönderna till korståg, med utgångspunkt i Frankfurt och marsch mot Belgrad.
John Hunyadi var en ledande militär ledare i den växande konfrontationen med Osmanska riket. Han stred i Sigismunds tjänst, behärskade militär taktik i de hussitiska krigen och blev Ungerns skickligaste krigare. Han upphöjdes och utnämndes till vojvod (furste) av Transsylvanien, som vid den tiden var en självständig del av kungariket Ungern. Han valdes till Ungerns regent, bildade en koalition med furstendömena Moldavien och Valakiet och deltog i korståg mot turkarna för att befria Serbien och Bulgarien. Korstågen förenade under en kort period de divergerande krafterna på Balkan, och de segrar som vunnits i striderna lyckades säkra kungariket Ungern från ottomansk ockupation i över ett sekel. Även om han dog i ett militärläger blev hans son Mátyás (Matthias Corvinus) senare den mest berömda av de ungerska kungarna. Påven Pius II kallade honom Athleta Christi (“Kristi mästare”) och Valakiets vita riddare.
1457 gav Matthias tillstånd till de valakiska livegna att bygga en ortodox kyrka, vackert dekorerad med målningar och bevarad fram till idag. Han fortsatte att befästa slottet och Hunedoaras feodala domän. Slottet Hunedoara blev ett av de största i den medeltida världen och stod som ett vittne om storheten hos hans familj av ädla krigare och statsmän, i en tid av krig och förtvivlan för regionen, när det ottomanska riket närmade sig Centraleuropa. Under Hunyadis styre blev Hunedoara en marknad (opiddum) för järn. Matthias Corvinus utnämnde staden till ett skattefritt område, och detta privilegium varade fram till 1600-talet. Befolkningen varierade mellan 784 personer år 1512 och 896 personer på 1600-talet. Efter Matthias död övergick Hunedoara till hans son John (ungerska: János; rumänska: Ioan), men även han dog ung. Hans hustru, Beatrice de Frangepan, gifte sig 1509 med Georg av Hohenzollern, markis av Brandenburg. Men Georg de Brandenburg ville inte bo i Hunedoara, utan utsåg istället en representant, György Stolcz.
Under György Dózsas bondeuppror år 1514 fängslades några av dem i slottet och torterades troligen. Staden hade 184 hus, en betydande storlek för den tiden, och styrdes av en utsedd ortodox präst. År 1528 förstörde en brand 124 hus. År 1534 när kungariket Ungern erövrades av de ottomanska turkarna belägrades slottet under Czibak Imres, biskopen av Oradea, uppror och två år senare donerade John Zápolya slottet tillsammans med andra ägodelar till Török Bálint, vilket gjorde honom till den rikaste adelsmannen i Ungern. År 1557 nämns att Török János, en reformatorisk proselyter, dödade sin otrogna hustru Kendi Anna i slottet. År 1601 belägrades slottet av Mikael den Modiges valakiska armé i hans kampanj – medan han styrde Valakiet, Moldavien och Transsylvanien – mot Osmanska riket och för att byta ut det osmanska vasallskapet till Habsburgarna.
Staden och slottet överlevde relativt oskadat av Giorgio Bastas, general i Habsburgska riket, motreformation. År 1618 övergick äganderätten till slottet till familjen Bethlen. Gabriel Bethlen vojvod av Transsylvanien konsoliderade och utvidgade slottet och gav det till sin brorson Stephen Betlen som bodde här med sin hustru Mary Széchy, känd för sin skönhet.
Den reformerta ungerska kyrkan etablerades i Hunedoara 1634 och Imre Thököly, en av ledarna för det protestantiska antihabsburgska upproret och senare prins av Transsylvanien, ägde slottet och tillbringade mycket tid med att bo i det. År 1685 övergick slottet till Michael Apafi, den prohabsburgska prinsen av Transsylvanien. År 1710 återlämnades den gamla kyrkan till franciskanerna, och 1725 återfick den sin klosterställning. Vid den här tiden var majoriteten av befolkningen rumänska.
Väldigt stora delar av nuvarande Hunedoara var vid den här tiden en frodig slätt genom vilken floden Cerna meandrade. Den första masugnen byggdes 1603, följt av ytterligare fyra. Den moderna järnverksamheten inleddes vid foten av Sankt Peter-kullen (Sanpetru), nära det mest avlägsna tornet i slottet som kallades Nebojša, (serbiska för “var inte rädd”, ett torn som låg längst bort från slottet under medeltiden, för att utgöra en sista tillflyktsort i händelse av belägring; jfr. Nebojša-tornet). Man kan fortfarande se gruvschaktet. Järnfabriker fanns också i närheten.
Redan 1667 fanns ett stålverk vid floden Cerna som producerade 490 ton råjärn och 66 ton järn 1699. År 1714 byggde Georg Steinhilbert ett andra och ett tredje 1727. År 1743 sköttes verksamheten direkt av finansministeriet. Av de kvarnar som nämns låg en under huvudbron och dess väggar är nu i ruiner.
Den första höga industriella ugnen i världen för järnutvinning, har det hävdats, byggdes 1750 i Topliţa nära Hunedoara, och en senare i Govăşdia 1806. Båda ugnarna kan besökas i dag. Att nå den på väg kunde endast ske via Teliucu Inferior (Alsótelek då) och Teliucu Superior (Felsőtelek då). Fram till 2001 fanns det ett system med smalspårig järnväg som byggdes på 1800- och 1900-talet och som gick från Hunedoara slott, nära Zlaşti, genom en 747 och en 42 meter lång tunnel genom berget och det hisnande landskapet “Ţara Pădurenilor” (Skogsmännens land) innan man kom fram till Govăjdia. Det demonterades och skrotades från Zlaşti till Govăjdia och Crăciuneasa av den sista ägaren företaget Talc-Dolomită Zlaşti. Det sista kvarvarande 2,3 km långa smalspåriga järnvägssystemet från Hunedoara-slottet till Zlaşti användes av företaget Talc-Dolomită Zlaşti fram till 2007. Sommaren 2009 har de tagit bort denna sista kvarvarande del av linjen. Det finns nu insatser för att återställa tåglinjen för turiständamål.
Under 1700-talet och en del av 1800-talet, i takt med att staden Hunedoara blev mer och mer industrialiserad, började bönder från regioner i närheten flytta till staden och befolkningen ökade. Endast tyskarna, ungrarna och székelys i Transsylvanien var representerade i riksdagen (se Unio Trium Nationum). Rumänerna som vid den tiden utgjorde ca 50 % av befolkningen kände sig utnyttjade och gjorde uppror vid flera tillfällen. Bönderna i Hunedoara län stödde revolten i Horea, Cloşca och Crişan 1784, då de utan framgång belägrade den närliggande fästningen Deva.
Slottet i Hunedoara gav skydd åt den lokala adeln, och det var dess sista funktion som militärt försvar. Senare skickades representanter från regionen till de rumänska nationalförsamlingar som hölls i Blaj under 1848 års revolution, där rumänerna beslutade att kräva lika rättigheter och stå emot Ungerns försök att vinna självständighet från det habsburgska huset. Detta startade ett småskaligt uppror över hela Transsylvanien som snabbt tystades ner av den ungerska armén, utom i Apusenibergen, norr om Hunedoara, där tribunen Avram Iancu kämpade för att hålla de ungerska styrkorna borta från kontrollen över guldgruvorna. Den senare österrikisk-ungerska monarkins misslyckanden med att uppfylla rumänernas krav tillsammans med magyariseringskampanjerna förvärrade och alienerade ytterligare den rumänska befolkningen i Hunedoara.
Under första världskriget stödde rumänerna från Hunedoara aktivt den rumänska armén och den rumänska nationalförsamlingen förklarade Transsylvaniens union med Rumänien 1918. Efter krigets slut blev Transsylvanien en del av Rumänien. De rumänska befolkningarna i och omkring staden fick snabbt politiska rättigheter och representation, och den industriella utvecklingen fortsatte i en ständigt ökande takt.
Under andra världskriget var stålverket en del av krigsansträngningarna för axelmakterna. Den rumänska armén förlorade 700 000 soldater på östfronten och de allierade ytterligare 400 000 soldater i kampen mot axeln.
Efter den sovjetiska ockupationen och den efterföljande kommunistregimen gynnades industrin, och Hunedoara hade under en tid det största stålverket i Rumänien och på Balkan. Staden växte och fabrikerna utvidgades så mycket att de motsvarade eller översteg stadens storlek. Befolkningen ökade också till över 87 000 invånare. Fotbollslaget Corvinul Hunedoara var under mycket lång tid ett av de högst rankade fotbollslagen i Rumänien och konkurrerade med Steaua eller Dinamo. En stor stadion byggdes tillsammans med andra idrottsanläggningar som t.ex. täckta simbassänger och en skridskobana. Förutom idrottsklubben Corvinul byggdes två andra idrottsklubbar, Constructorul och Siderurgistul, som var och en erbjöd olika idrottsanläggningar. Andra anmärkningsvärda konstruktioner var ett teaterhus, flera stora biografer, många skolor och gymnasier samt en teknisk fakultet.
Den kommunistiska kollapsen innebar att de gamla marknaderna för stål försvann, och många företag fick läggas ner eller överges. Investeringar från rumänska och utländska kapitalbolag började dock erbjuda nya arbetstillfällen för befolkningen. För närvarande driver Arcelor-Mittal det som finns kvar av stålverket. Stålverket driver nu elstålverk nr 2, kontinuerlig gjutning och valsverk. Produktionen planeras att stiga till över 500 000 ton stål under 2007 och framåt. Resten av produktionsanläggningarna har rivits eller sålts till privata investerare.