Historien börjar i kölvattnet av de fyra inledande begränsade serierna, med Superman, Wonder Woman och Batman i fejd, JLA:s vakttorn förstört och världens hjältar som alla står inför en mängd hot. Mot denna bakgrund flyr Kal-L (Superman från jorden två) tillsammans med Lois Lane från jorden två, Alexander Luthor från jorden tre och Superboy-Prime från det fickuniversum som de ursprungligen hade flytt till i slutet av Crisis on Infinite Earths. Kal-L söker upp sin kusin, Power Girl, som också är en överlevande från Earth-Two. Eftersom han tror att Lois hälsa kommer att förbättras i hennes hemvärld hoppas han kunna ersätta den nuvarande jorden med Earth-Two, som han anser vara perfekt.
Kal-L försöker få Batmans stöd och hävdar att Post-Crisis Earths inneboende “dåliga” natur orsakade Batmans senaste misstro och fientlighet. Batman vägrar och försöker använda sin kryptonitring. Detta misslyckas eftersom kryptoniten inte är inhemsk i Kal-L:s universum, och Stålmannen förstör den med sin värmesyn. Efteråt får Batman veta att Superboy-Prime förstörde JLA:s vakttorn.
Alexander avslöjar för Power Girl att han och Superboy-Prime hade lämnat sitt “paradis” under en tid och manipulerat händelser för att hjälpa till att skapa en interdimensionell stämgaffel. Med hjälp av Anti-Monitor’s kvarlevor och tillfångatagna hjältar och skurkar som är särskilt inställda på tidigare universum (Power Girl är en av dem efter att Superboy-Prime slagit henne medvetslös) återställer Alex Earth-Two, som är obefolkad med undantag för Earth-Two-hjältarna som transporterats dit.
Superboy-Prime attackerar Conner Kent, den här världens Superboy. Flera superteam ingriper. Superboy-Prime dödar av misstag flera hjältar innan Flashes och Kid Flash tvingar in honom i Speed Force, med hjälp av de speedsters som redan befinner sig i den. Jay Garrick, den enda speedster som är kvar, säger att Speed Force nu är borta.
I sitt försök att skapa en perfekt värld återställer Alexander många alternativa jordar. När jord-två Lois äntligen dör av ålderdom, slåss en förnärmad Kal-L och den yngre Post-Crisis Superman Kal-El tills Wonder Woman skiljer dem åt. Bart Allen (som bär Barry Allens dräkt och har åldrats till vuxen ålder) dyker upp från Speed Force och varnar för att han och de andra speedsters inte kunde hålla Superboy-Prime, som återvänder i en Anti-Monitor-inspirerad rustning som lagrar gul solstrålning för att stärka honom, vilket gör honom ännu starkare.
Batmans insatsstyrka förstör Brother Eye, en satellit-AI som skapats av Batman och som hade gått över till att bli oseriös och börjat förvandla civila till nanoinfekterade robotar som är inriktade på att jaga och utplåna superhjältar. Alexander väljer ut och sammanfogar alternativa jordar och försöker skapa en “perfekt” jord, tills Firestorm blockerar hans försök. Conner, Nightwing och Wonder Girl befriar tornets fångar. Conner och Superboy-Prime slåss mot varandra och kolliderar med tornet och förstör det. De olika jordarna återförenas till en “ny jord” när Conner dör i Wonder Girls armar. Power Girl anländer snart och frågar Kal-El vad som hände med Lois. Svaret får henne att bryta ihop, vilket får henne att fråga Kal-El varför. Han svarar henne enkelt och säger att det var för att han valde fel Superboy att fördöma och fel Superboy att tolerera.
När en hord superskurkar attackerar Metropolis flyger hjältar, nuvarande och pensionerade, iväg för att rädda dem, och de får sällskap av nationalgardet. Striden resulterar i flera dödsfall på båda sidor, inklusive många av Superboy-Prime själv, som dödar både skurkar och hjältar. Under striden tar Superboy-Prime sig iväg för att förstöra Oa och planerar att kollapsa universum i en big bang-händelse och återskapa det med sig själv som enda superhjälte. Superboy-Prime bromsas upp av en 300 mil tjock vägg av viljestyrka som skapats av Green Lantern Corps, men han dödar trettiotvå Green Lanterns innan Kal-L och Kal-El bär honom mot det som finns kvar av Krypton. Det är i huvudsak ett enormt moln av kryptonit. Supermännen flyger Superboy genom Kryptons röda sol, Rao, vilket förstör hans rustning och får alla tre kryptoniernas krafter att minska. De faller till den kännande planeten (och medlem av Green Lantern Corps) Mogo och slåss. Kal-El slår till slut ut Superboy-Prime och den äldre Stålmannen Kal-L dör av sina skador i famnen på sin kusin Power Girl.
Tillbaka på jorden överväger Batman, som kämpar med Superboys död och Nightwings svåra skador som han fick under slaget i Metropolis, att skjuta Alex. Batman avråds av Wonder Woman. Alex lyckas fly.
Wonder Woman, Batman och Superman möts senare i Gotham City. Wonder Woman planerar att ta reda på vem hon är. Batman planerar en liknande självupptäcktsresa och återbesöker sin ungdoms träning, den här gången med Dick Grayson, som nu är friskare, och med Tim Drake som sällskap. Stålmannen drar sig tillbaka från superhjältarna tills hans krafter återkommer.
Som gömmer sig i en gränd i Gotham City och gör upp nya planer hittas Alexander Luthor av Lex Luthor och Jokern. Jokern lemlästar Alexander genom att spruta syra på hans ansikte, elektrifierar det sedan och dödar slutligen Alexander genom att skjuta honom medan Lex hånar honom för att ha gjort misstaget att inte låta Jokern spela i det hemliga sällskapet och underskatta Lex.
The Green Lantern Corps fängslar Superboy-Prime i en röd Sun-Eater. Serien slutar med att han med sina bara händer ritar in ett S i bröstet och förklarar att han har rymt från värre fängelser än detta.