Konsolidering av portugisisk kontroll
På 1880-talet kontrollerade portugiserna handeln och samlade in tribut i kustnära enklaver från Ibo i norr till Lourenço Marques i söder, men deras förmåga att styra händelserna utanför dessa områden var ganska begränsad.Den situationen var dock på väg att förändras. I takt med att grannarna till Gazastaten med jämna mellanrum utsattes för räder för att de vägrade att betala tribut, började de i allt högre grad alliera sig med portugiserna, vilket portugiserna både uppmuntrade och utnyttjade. På 1890-talet marscherade en koalition av portugisiska trupper och afrikanska arméer mot staten. När Gazas ledarskap slutligen besegrades 1897 övergick södra Moçambique till portugisisk kontroll. Två decennier senare kontrollerade portugiserna, som vid den tiden hade genomfört dussintals militära kampanjer, direkt Barue i centrala Moçambique, de afrikanska portugiserna i Zambezi och Maganja da Costa prazos, Yao i Mataka, de nordliga Makua-hövdingdömena och de nordliga kustshejkdömena i Angoche.
Handeln med elfenben, guld, slavar, gummi, oljeväxter och ett brett utbud av europeiska varor fortsatte under hela 1800-talet. Det europeiska ekonomiska intresset och inflytandet i regionen förändrades dock snabbt vid mitten av århundradet som svar på utvecklingen i både Afrika och Europa. Afrikansk arbetskraft behövdes på sockerplantagerna och i sydafrikanska hamnar och gruvor efter att diamanter (i Kimberley på 1860-talet) och guld (i Witwatersrand på 1880-talet) hade upptäckts. På grund av behovet av arbetskraft var européerna fast beslutna att få större kontroll över landområden och deras invånare på bekostnad av afrikanskt ledarskap. Den kombinerade kampen om tillgång till mineralhaltiga områden och arbetskraft för att bearbeta dem gav näring åt den så kallade “scramble” i södra Afrika.
Portugal gjorde anspråk på ett område som sträcker sig från nuvarande Moçambique till Angola. Även om tyskarna, vars territorium gränsade till Moçambique i norr, accepterade de portugisiska anspråken – och fastställde Moçambiques norra gräns – motsade sig de brittiska anspråken på regionen Portugals anspråk, vilket ledde till utdragna förhandlingar. Den portugisiska kronan hade dock stora skulder hos brittiska finansiärer, och det lilla landet var ingen match för Storbritanniens militär. 1891 tvingades Portugal att acceptera Storbritanniens definition av Moçambiques västra och södra gränser.
Portugal hade små förhoppningar om att kunna utveckla hela regionen på egen hand och vände sig därför till sin välbekanta koloniala strategi att hyra ut stora landområden till privata företag. De chartrade företagen fick privilegiet att exploatera marken och folken i specifika områden i utbyte mot en skyldighet att utveckla jordbruk, kommunikationer, sociala tjänster och handel. Mozambique Company, Niassa Company och Zambezia Company bildades alla på detta sätt på 1890-talet. All ekonomisk utveckling och alla investeringar i infrastruktur var direkt kopplade till bolagets intressen och skedde vanligtvis på Afrikas bekostnad. Socker-, kopra- och sisalplantager som till stor del var beroende av värnpliktig arbetskraft och järnvägar som förband Beira med British South Africa Companys territorium och British Nyasaland i väster och nordväst utvecklades och byggdes till höga kostnader för den afrikanska arbetskraften.
Den portugisiska regeringen upphävde så småningom de stora koncessionsbolagens stadgar, vilket innebar att hela Moçambique hamnade under direkt portugisiskt styre. Mellan 1890-talet och 1930-talet kännetecknades det portugisiska styret i Moçambique av att privatpersoner exploaterade afrikanska människor och resurser, oavsett om de var utländska bolags aktieägare eller koloniala byråkrater och bosättare. De mest flagranta koloniala övergreppen – tvångsarbete, tvångsodling, höga skatter, låga löner, konfiskering av de mest lovande markerna – förekom oavsett vilken grupp européer som hade makten.