Den första restaurangen öppnade den 18 augusti 1969 i Lexington, Kentucky. Den ursprungliga platsen, på 301 Southland Drive strax utanför Nicholasville Road, var tidigare en fisk- och skaldjursrestaurang som hette Cape Codder. Den ursprungliga Cape Codder-byggnaden i betongblock ritades om av arkitekten Druce Henn, som skapade New England-stilen i Long John Silvers tidiga restaurangkedjor. Den ursprungliga platsen är nu en frisörsalong.

Förre restauranger var kända för sina byggnader i Cape Cod-stil, blåa tak med fyrkantiga kupoler, träbänkar/bord, hummergrytor och fartygshjul. Senare lades mer nautiska dekorationer till, t.ex. stolar som såg ut som sjöflaggor.

De tidiga restaurangerna hade också separata ingångs- och utgångsdörrar, en korridorliknande väntkö, friteringsugnar med matvärmare som var genomskinliga så att kunderna kunde se maten som väntade på att serveras, och dörrhandtag i smidesjärn i form av “svärd”. Ett viktigt exteriört tema i dessa byggnader var hamnliknande gångvägar, som var försedda med pålar och tjocka linor.

Vissa nyare restauranger behöll den grundläggande strukturella utformningen och temat, men eliminerade de flesta av de invändiga funktionerna. Moderbolaget Jerrico privatiserades 1989 genom ett högt belånat management buyout, och ett år senare avyttrades de andra restaurangkoncepten för att fokusera på Long John Silver’s.

Efter att ha kämpat under de kommande åren med sin tunga skuldbörda ansökte Jerrico Inc. om konkurs enligt Chapter 11 i juni 1998. I september 1999 meddelade A&W att man ville förvärva kedjan efter konkursen, vilket resulterade i att ett nytt företag, Yorkshire Global Restaurants, bildades.

I år 2000 gick Yorkshire Global Restaurants med på att testa anläggningar med flera varumärken tillsammans med Tricon Global, som är baserat i Louisville, Kentucky, och som äger kedjorna KFC, Pizza Hut och Taco Bell.

Moderbolaget till Long John Silver’s och A&W, Yorkshire, köptes upp av Tricon Global, och Tricon döptes om till Yum! Brands, Inc i maj 2002, men i januari 2011 meddelade Yum! att man sökte en köpare för divisionerna Long John Silver’s och A&W All-American Restaurants, med hänvisning till dålig försäljning och en önskan att lägga mer fokus på internationell expansion.

I september 2011 meddelade Yum! att man stod i begrepp att sälja Long John Silver’s till LJS Partners – en grupp bestående av franchisetagare och andra privata investerare.

I juli 2013 utnämnde Center for Science in the Public Interest, en övervakningsgrupp för kost- och hälsopolitik, Long John Silver’s måltid “Big Catch” till den sämsta restaurangmåltiden i Amerika, och konstaterade att den innehöll 33 gram transfett, 19 gram mättat fett, 1 320 kalorier och nästan 3 700 milligram natrium. Företaget meddelade att det hade eliminerat transfetter från sin meny i januari 2014.

I mars 2015 utsågs James O’Reilly, som tidigare arbetat för KFC (ett annat Yum! Brands-innehav), till VD. Han uppgav att han förväntade sig att kedjan skulle behålla sina 1 132 butiker, omorientera sin marknadsföring efter negativ press om menyns fett- och natriuminnehåll och såg på möjligheten till framtida expansion.

Den 22 maj 2018 meddelade Long John Silver’s att man förvärvat sjuttiosex franchiseägda restauranger, främst ägda och renoverade av ServUS, som huvudsakligen ligger i Indiana. Den 19 oktober 2019 avled Warren W. Rosenthal, tidigare ordförande för Jerrico och utvecklare av 1 350 Long John Silver’s-restauranger, 96 år gammal.

Den 18 januari 2021 meddelade Long John Silver’s att Blain Shortreed skulle ta över som VD.

• En restaurang med gemensamt varumärke Long John Silver’s och A&W i Gillette, Wyoming

• En restaurang med gemensamt varumärke KFC och Long John Silver’s i Lafayette, Tennessee

• En tidigare gemensam Long John Silver’s och Taco Bell i Kent, Ohio innan den blev en Taco Bell-butik