Klinisk betydelse

Mikrosatellitinstabilitet (MSI) är resultatet av systematisk ackumulering av deletioner/inläggningar i korta repetitiva DNA-sekvenser i tumörceller med ett bristfälligt system för reparation av missmatchning (MMR). MSI förekommer i cirka 15 % av alla kolorektala cancerformer och är kliniskt användbar för att identifiera patienter med ärftlig icke-polyposisk kolorektal cancer (HNPCC, Lynch syndrom) som orsakas av germina mutationer i MMR-gener. MSI-status kan också förutsäga cancerrespons/resistens mot vissa kemoterapier.

I ett försök att standardisera MSI-analysen rekommenderade en workshop vid National Cancer Institute (NCI) 1997 en referenspanel med fem mikrosatellitmarkörer för upptäckt av MSI och fastställde riktlinjer för MSI-klassificering baserat på resultaten. Referenspanelen, som kallas Bethesda-panelen, består av två mononukleotidloci (Big Adenine Tract eller BAT-25 och BAT-26) och tre duukleotidloci (D2S123, D5S346 och D17S250). Med Bethesda-panelen tolkades cancer med instabilitet vid 2 eller fler av dessa loci som MSI-hög (MSI-H), och cancer utan instabilitet vid någon av de fem loci ansågs vara Microsatellite Stable (MSS). Vid en ytterligare uppföljningsworkshop med NCI konstaterades det att den ursprungliga Bethesda-panelens känslighet och specificitet kunde vara begränsad på grund av att man inkluderade dinukleotidrepetitioner, som är mindre känsliga och specifika än mononukleotidrepetitioner när det gäller identifiering av cancer med MMR-brister. Det har föreslagits att en panel av kvasimonomorfiska mononukleotidrepetitioner kan vara tillräckligt känslig och specifik för att upptäcka cancer med hög MSI-nivå och att den kan göra det möjligt att undvika behovet av normalt matchande DNA för de tumörer som testas (1-8).

MSI Analysis System (Research Use Only kit, Version 1.2, Promega Corporation).

MSI Analysis System är en multiplex, fluorescerande PCR-baserad analys för upptäckt av mikrosatellitinstabilitet. MSI Analysis System innehåller fluorescerande märkta primers för samamplifiering av fem kvasimonomorfa mononukleotidåterkommande markörer (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 och MONO-27). PCR-produkterna separeras genom kapillär elektrofores (CE) med hjälp av en Applied Biosystems 3500Dx Genetic Analyzer. Mikrosatellitinstabilitet vid två eller fler mononukleotidloci tolkas som MSI-hög; mikrosatellitinstabilitet vid ett enda mononukleotidlocus eller ingen instabilitet vid någon av de testade loci tolkas som mikrosatellitstabil (MSS). Typiskt sett uppvisar MSI-höga prover instabilitet vid alla loci med en genomsnittlig minskning av produktstorleken med 5 till 9 baser. Förekomsten av MSI påvisas med en analytisk specificitet på minst 99 % och en detektionsgräns på minst 5 %.

En viktig konstruktionsegenskap i MSI-analyssystemet är avståndet mellan de fem olika loci, som i allmänhet överstiger det typiska antalet baser som förskjuts (i genomsnitt 5 till 9 baser) när MSI är närvarande. Den längsta PCR-amplikonstorleken är 154 baspar, vilket är fördelaktigt för analys av formalinfixerad, paraffininbäddad vävnad (FFPE).

Denna analys är standard för rutinmässig MSI-testning med hög genomströmning, särskilt när andra molekylära analyser i efterföljande led begärs på samma DNA-prov.

Provtagningskrav

Acceptabla prover för analysen är formalinfixerade, paraffininbäddade vävnadsprover från kolorektalcancer med en fixeringstid på 6-48 timmar.

Volym

1 representativt paraffinblock är att föredra. Alternativt krävs för resektionsprover minst 5 ofärgade vävnadssektioner (5 µm tjocka).

Instruktioner för förvaring och transport

Förvara och skicka proverna vid omgivningstemperatur.

Begränsningar

Otillräckligt tumörinnehåll kanske inte gör det möjligt att detektera MSI-instabilitet: 10 % av tumörcellerna krävs. Tumörinnehållet utvärderas före analysen och makrodissektion utförs. Andra fixeringsmedel än formalin eller förlängd fixeringstid kan ge otillräckliga resultat.

Särskilda krav

Ingen.

Turn-around-time

Fem till sju arbetsdagar för respektive objektglas och paraffinblock.

2. IdyllaTM MSI Assay (CE-IVD) – ackreditering väntar på ackreditering

IdyllaTM MSI Assay (RUO) utför detektering av mikrosatellitinstabilitet direkt från formalinfixerade, paraffinininbäddade (FFPE) vävnadssektioner av mänsklig cancer med hjälp av en PCR-reaktion som följs av smältkurvanalys med hög upplösning på ett IdyllaTM -instrument.

Testet utför detektion av mutationer i 7 monomorfa homopolymer loci för identifiering av mänsklig cancer med mikrosatellitinstabilitet (ACVR2A, BTBD7, DIDO1, MRE11, RYR3, SEC31A och SULF2). Dessa biomarkörer är tumörspecifika, uppvisar en hög frekvens i kolorektal- och endometrialcancer och är stabila över olika etniciteter. Dessutom kräver dessa tumörspecifika biomarkörer ingen analys av parade normala vävnadsprover.

MSI-statusen för ett prov bestäms med den slutliga utlysningen av alla 7 biomarkörer. Mikrosatellitinstabilitet vid 2 eller fler mononukleotidloci tolkas som MSI-hög; mikrosatellitinstabilitet vid ett enda mononukleotidloci eller ingen instabilitet vid någon av de testade loci tolkas som mikrosatellitstabil (MSS).

Denna analys möjliggör MSI-testning med låg genomströmningskapacitet och är idealisk för reflex- eller räddningstestning för att snabbt erhålla eller bekräfta ett korrekt MSI-resultat.

Provtagningskrav

Acceptabla prover för analysen är formalinfixerade, paraffininbäddade vävnadsprover från kolorektalcancer med en fixeringstid på 6-48 timmar.

Volym

1 representativt paraffinblock är att föredra. Alternativt krävs för resektionsprover minst 2 ofärgade vävnadssektioner (5 µm tjocka; 50-600 mm²).

Instruktioner för förvaring och transport

Förvara och skicka proverna vid omgivningstemperatur.

Begränsningar

Otillräckligt tumörinnehåll kanske inte gör det möjligt att detektera MSI-instabilitet: 20 % av tumörcellerna krävs. Tumörinnehållet utvärderas före analysen och makrodissektion utförs. Andra fixeringsmedel än formalin eller förlängd fixeringstid kan ge otillräckliga resultat.

Särskilda krav

Ingen.

Turn-around-time

Tre till fem arbetsdagar för respektive objektglas och paraffinblock.

1. Umar A, Boland CR, Terdiman JP et al. Revised Bethesda Guidelines for Hereditary Nonpolyposis Colorectal cancer (Lynch Syndrome) and Microsatellite Instability. Journal of the National Cancer Institute 2004;96(4):261-268.
2. De la Chapelle A, Hampel H. Clinical Relevance of Microsatellite Instability in Colorectal Cancer. Journal of Clinical Oncology 2010;28(20):3380-3387.
3. Bacher JW, Flanagan LA, Smalley RL et al. Development of a fluorescent multiplex assay for detection of MSI-High tumors. Disease Markers 2004; 20:237-250.
4. Murphy KM, Zhang S, Geiger T et al. Comparison of the Microsatellite Instability Analysis System and the Bethesda Panel for the Determination of Microsatellite Instability in Colorectal Cancers. Journal of Molecular Diagnostics 2006;8(3):305-311.
5. Anderson S, Bloom KJ, Vallera DU et al. Multisite Analytic Performance Studies of a Real-Time Polymerase Chain Reaction Assay for the Detection of BRAF V600E Mutations in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue Specimens of Malignant Melanoma. Arch pathol lab Med 2012;136(11):1385-1391.
6. Buhard O, Suraweera N, Lectard A et al. Quasimonomorfiska mononukleotidrepeter för analys av mikrosatellitinstabilitet på hög nivå. Disease Markers 2004;20:251-257.
7. Patil DT, Bronner MP, Portier BP et al. A five-marker panel in a multiplex PCR accurately detects microsatellite instability-high colorectal tumors without control DNA. Diagn Mol Pathol 2012 Sep;21(3):127-33.
8. Berg KD, Glaser CL, Thompson RE et al. Detection of microsatellite instability by fluorescence mulitplex polymerase chain reaction. J Mol Diagn 2000, 2:20-28.
9. De Craene et al. Detektion av mikrosatellitinstabilitet (MSI) i prover av kolorektalcancer med en ny uppsättning mycket känsliga markörer med hjälp av prototypen IdyllaTM MSI Test. Journal of Clinical Oncology 2018; 36:15.

Uppdaterad den 23 maj 2019

.