Nilens 6 695 km långa lopp är en av världens stora floder, som föder miljontals människor och har gett upphov till hela civilisationer.

Nilens mest avlägsna källa är Ruvyironza-floden, som mynnar ut i Victoriasjön genom floderna Ruvubu och Kagera. Andra floder som mynnar ut i Victoriasjön – den största av Nilens ekvatoriala sjöar – är Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga och Ruizi.

Från Jinja i Uganda kommer den vita nilen upp ur Victoriasjön som Victoriakilen och reser norrut och passerar genom två andra ekvatoriala sjöar – Kyoga och Albert. Genom dessa två sjöar fångar Nilen upp avrinningen från två bergsområden med mycket nederbörd (Rwenzori och Elgon) i den sydvästra och sydöstra delen av avrinningsområdet.

Flödet kommer återigen upp ur Albert-sjön som Albert Nile och reser norrut till Nimule nära gränsen mellan Sydsudan och Uganda. Från denna punkt rinner floden, som nu är känd som Bahr el Jebel (som betyder bergens flod), över Fula-fallet och genom Sudd innan den möter Bahr el Ghazal (som betyder gasellernas flod) vid sjön No. Bahr el Ghazal avvattnar områden med mycket nederbörd i västra Sydsudan. Från sjön No vänder floden österut för att förenas med Sobatfloden, som har höga, säsongsmässigt varierande flöden med ursprung i de etiopiska högländerna.

Den kombinerade Bahr el Jebel- och Sobatfloden bildar den vita nilen, som fortsätter sin nedgång norrut och möts av den blå nilen i Khartoum i Sudan. Blå Nilen (även känd som Abbai eller Abay) har sitt ursprung i Tanasjön i Etiopien och är Nilens andra huvudström. Innan den blå nilen möter den vita nilen förenas den med ett antal floder, varav de viktigaste är Rahad och Dinder, som båda har sitt ursprung i det etiopiska höglandet. Från Khartoum flyter Nilens kombinerade floder norrut och förenas med Atbara (Tekezze), som också har sitt ursprung i Etiopiens högland. Huvudnilen fortsätter att röra sig norrut och rinner ut i sjön Nasser/Nubien, en stor konstgjord reservoar på gränsen mellan Sudan och Egypten som ger Egypten en mellanårsreglering. Nilen mynnar slutligen ut i Medelhavet via sitt delta.