Då PDB släpper data till allmänheten har dessa data använts i olika andra proteinstrukturdatabaser.

Exempel på proteinstrukturdatabaser är (i alfabetisk ordning);

Database of Macromolecular Movements beskriver de rörelser som sker i proteiner och andra makromolekyler, särskilt med hjälp av filmer Dynameomics ett datalager med molekyldynamiska simuleringar och analyser av proteiner som representerar alla kända proteinveckfamiljer JenaLib the Jena Library of Biological Macromolecules syftar till en bättre spridning av information om tredimensionella biopolymerstrukturer med tonvikt på visualisering och analys. ModBase en databas med tredimensionella proteinmodeller som beräknats genom komparativ modellering OCA en webbläsardatabas för proteinstruktur/funktion – OCA integrerar information från KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt och andra. OPM ger rumsliga positioner för tredimensionella proteinstrukturer med avseende på lipiddubbelskiktet. PDB Lite är ett resultat av OCA. PDB Lite har tagits fram för att göra det så enkelt som möjligt att hitta och visa en makromolekyl i PDB PDBsum ger en översikt över makromolekylära strukturer i PDB, med schematiska diagram över molekylerna i varje struktur och interaktionerna mellan dem PDBTM Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – ett urval av PDB. PDBWiki en kommenterad kunskapsbas av biologiska molekylära strukturer ProtCID The Protein Common Interface Database (ProtCID) är en databas över liknande protein-proteingränssnitt i kristallstrukturer av homologa proteiner. Protein NIH:s proteindatabas, en samling sekvenser från flera källor, inklusive översättningar från annoterade kodningsregioner i GenBank, RefSeq och Third Party Annotation, samt poster från SwissProt, PIR, PRF och PDB Proteopedia det gemensamma 3D-lexikonet över proteiner och andra molekyler. En wiki som innehåller en sida för varje post i PDB (>100 000 sidor), med en Jmol-vy som belyser funktionella platser och ligander. Erbjuder ett lättanvänt verktyg för scenförfattare så att du inte behöver lära dig Jmol-skriptspråk för att skapa anpassade molekylära scener. Anpassade scener kan enkelt kopplas till “gröna länkar” i beskrivande text som visar dessa scener i Jmol. ProteinLounge en proteindatabas som innehåller visuella bilder av proteinstrukturer. Innehåller också proteinvägar och gensekvenser samt andra verktyg. SCOP the Structural Classification of Proteins en detaljerad och omfattande beskrivning av de strukturella och evolutionära relationerna mellan alla proteiner vars struktur är känd. SWISS-MODEL Repository en databas med annoterade proteinmodeller som beräknats genom homologimodellering TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – en wiki som är utformad för att samla in, dela och distribuera information om tredimensionella proteinstrukturer.