Hvor nøjagtige er disse DNA-tests for hunde? Insights and Challenges in Decoding DNA

Linda Boettger1,2 og Diane P. Genereux2

1. Stanford University School of Medicine; 2. Broad Institute of MIT and Harvard

For en raceren hund og i nogle tilfælde endda for en hybrid af første generation, bekræfter racespecifikke tjenester ofte blot det, som hundeejeren allerede ved. Nogle gange er der en stamtavle tilgængelig, der sporer tilbage gennem flere generationer af racerene forfædre og giver stort set fuldstændige oplysninger om kæledyrets forfædre. I andre tilfælde fører en ejers omfattende erfaring til en korrekt intuition om, at så store ører sammen med en så skarp næse må indikere fuldstændig eller næsten fuldstændig beagle-forfædre. Derimod giver DNA-baseret inferens ofte overraskende konklusioner, når den anvendes til at undersøge en hundes afstamning.

DNA-baseret inferens af afstamning kan have stor praktisk værdi. Den kan bruges til at bilægge familiedebatter om en elsket hundes forfædre og kan i det mindste give udsigt til at beskytte et kæledyrs helbred. Hvis man f.eks. finder ud af, at en hvalp har forfædre fra en race, der er kendt for at have en høj risiko for kræft, kan man anbefale hyppigere screening for tumorer.

Som med enhver ny metode er afstamning dog ikke uden udfordringer og usikkerheder. Her giver vi baggrund, der potentielt kan være nyttig for dem, der overvejer en afstamningstjeneste eller kæmper for at fortolke overraskende resultater. Vi begynder med at diskutere de biologiske processer, der giver anledning til mutters fascinerende, komplekse genomer, og giver derefter en oversigt over, hvordan eksisterende metoder søger at udrede denne genomiske kompleksitet for at give indsigt i racens forfædre. Vi afslutter med at diskutere nogle af de udfordringer, der kan kompromittere afledninger af forfædre, og kommenterer, hvilke typer oplysninger der vil være nødvendige for at løse disse udfordringer i løbet af de næste mange år.

Hvad er en renracet hund? Hvad er en mutt?

Figur 1. De moderne hunderacers oprindelse.

Figur 1

For at nå frem til en præcis definition af en mutt er det nyttigt at se på, hvordan hunde først opstod. Tilgængelige data antyder, at indledningsvis tilfældige interaktioner med mennesker kunne forklare deres gamle oprindelse (Larson og Fuller, 2014). Antag for øjeblikket, at nogle gamle ulve var på vagt over for mennesker, mens andre var forholdsvis komfortable. Under denne fortolkning kunne den voksende tilgængelighed af menneskelige madrester, efterhånden som de menneskelige befolkninger voksede, have givet en ny hovedfødekilde for de mere flokagtige ulve. Til sidst dannede disse dyr en særskilt population af dyr, der foretrak at leve tæt på mennesker og havde en tendens til at parre sig indbyrdes frem for med deres mere vilde slægtninge.

Hvis der, som det kræves i ethvert evolutionært scenarie, var et genetisk grundlag for den egenskab, der adskilte disse to begyndende populationer – her ville det være et sæt mutationer, der modulerer en individuel ulvs komfort i nærheden af mennesker – så er det muligt, at tilgængeligheden af føde i nærheden af menneskelige befolkninger forklarer hundens oprindelse fra deres vilde ulveforfædre. Det er vigtigt at bemærke, at hunde i dette scenarie ikke i sig selv blev domesticeret af mennesker. I stedet skabte mennesker simpelthen et miljø, der tillod selvdæmning af en delmængde af ulve, der tilfældigvis var genetisk disponeret til at være i det mindste en smule tolerante over for mennesker.

Figur 1. Oprindelsen af moderne racer. Selv om den nøjagtige timing fortsat er kontroversiel, mener man generelt, at hunde opstod som en population, der adskilte sig fra forfædrenes ulve i Eurasien for mellem 10.000 og 40.000 år siden (Larson og Fuller, 2014). Under dette scenarie, mens de fleste ulve fortsat var på vagt over for mennesker og underlagt naturlig udvælgelse i naturen, var nogle få i stand til at tolerere livet i nærheden af mennesker og måske drage fordel af deres madspild. Denne delmængde af ulve gav i sidste ende anledning til en genetisk særskilt population af dyr, der var i stand til at leve i nærheden af mennesker. Specifikke hunderacer opstod for langt nyere tid siden, idet de fleste racer blev dannet for mindre end 150 år siden (Larson et al., 2012). I løbet af denne proces blev hunde avlet til forskellige linjer ved selektion for specifikke egenskaber som f.eks. kamp, hyrdearbejde, jagt eller bare at være en god ledsager.

Det antages generelt, at moderne hunderacer opstod for omkring 150 år siden, i den victorianske æra – længe efter, at hundene blev etableret fra deres ulveforfædre. Denne slutning kommer fra observationen af, at mennesker skaber parringspar af hunde, der deler egenskaber, som anses for nyttige til specifikke opgaver, hvilket giver anledning til forskellige grupper af hunde, der i stigende grad er beriget med genetiske mutationer, der koder for specifikke egenskaber (Larson et al., 2012). Som i enhver evolutionær proces opstod de relevante mutationer oprindeligt tilfældigt og blev senere begunstiget af selektiv avl. Forskellige grupper, herunder American Kennel Club og Kennel Club of India, definerede til sidst forskellige racer, hvilket i sidste ende gav anledning til definitionen af en raceren hund som en hund, hvis hele afstamning er repræsenteret af individer, der er opført i stambogen (“Inherited Defects in Pedigree Dogs. Part 2: Disorders That Are Not Related to Breed Standards,” 2010). I forbindelse med de selektive avlsprocesser, der først etablerede og nu opretholder forskellige racer, kan en mutt defineres som en hund, hvis forfædre går tilbage til mere end én genetisk adskilt slægt.

Målet med afstamningsafledning er derfor at bruge genetiske oplysninger fra en mutt til at udlede, hvilke hunderacer der var til stede blandt dens forfædre, og at udlede deres relative genetiske bidrag.

Indsamling af DNA fra en hund

Figur 2. Isolering af DNA med henblik på afstamningsafledning.

Figur 2

Det første skridt i afstamningsafledningen er at indsamle og udtrække DNA med henblik på genetisk vurdering. Heldigvis er spyt en fantastisk kilde til DNA – og de fleste ejere finder, at det er ret nemt at indsamle. Med blot få øjeblikke i en hunds mund bliver en af de prøvetagningssvaber, der leveres af en kommerciel genotypetjeneste, typisk belagt med en overflod af celler. Disse celler er for det meste af to typer: hvide blodlegemer, som er suspenderet i spyt og hjælper med immunreaktioner, og epitelceller, som beklæder munden og typisk udskiftes omkring hver 24. time. Når cellerne er indsamlet, sendes vatpinden (fig. 2A) til et firma, der foretager afstamningsanalyser. Der brydes cellemembranerne (fig. 2B), hvorved cellekernen (fig. 2C), som indeholder DNA’et, frigøres, hvorefter DNA’et frigøres fra kernen (fig. 2D). Proteiner og andre biomolekyler kan derefter vaskes væk, så man får en DNA-prøve af høj kvalitet.

Figur 2. Isolering af DNA til afledning af forfædrene. I løbet af få øjeblikke i en hunds mund opsamler en spytprøve (A) mange epithel- og immunceller (B). Derefter kan kerner (C) isoleres fra cellerne og derefter lyseres for at frigøre DNA (D), som derefter kan renses og anvendes til genotypebestemmelse eller sekventering.

Selv om denne proces til isolering af DNA fra spytprøver er imponerende robust og kan give DNA af høj kvalitet fra både store hunde, små hunde, voksne hunde og hvalpe, er den ikke uden mysterier. I sommer indsamlede vi og nogle kolleger f.eks. ugentlige spytprøver fra seks hvalpe hver uge. Til vores overraskelse varierede forholdet mellem hvide blod- og epithelceller pr. spytprøve meget fra individ til individ og fra uge til uge. Endnu mere overraskende var det, at én hvalp konsekvent havde langt flere celler pr. prøve end hendes søstre og brødre. Vi håber på et tidspunkt at finde ud af, hvad der kan forklare denne dramatiske variation. Indtil videre er det dog betryggende, at selv de prøver med det laveste udbytte typisk indeholder nok DNA til at kunne udlede forfædre.

Hvordan man laver en hankat: Chromosomarvning og -udveksling

Figur 3. Et æg fra en hunpuddel befrugtes af en sædcelle fra en labrador retriever-han, hvorved der dannes en labrador-puddelblanding.

Figur 3

I både mennesker og hunde yder moderen og faderen næsten lige store bidrag til deres afkoms genomer. Hundens genom er opdelt i 38 par autosomer (mennesker har 22 sæt) og et par kønskromosomer (mennesker har også et par kønskromosomer). Hvert af de 38 par hundeautosomer består af et kromosom, der leveres af ægget fra moderen, og et kromosom, der leveres af sædcellerne fra faderen. Mitokondriens genom, et lille fragment af DNA, som indeholder mange gener, der er involveret i stofskiftet, leveres altid af mor.

For at modellere den genetiske oprindelse af en mutt, lad os først overveje parringen af to racerene hunde: en labrador retriever han og en puddel hun. Sæden fra hannen og ægget fra hunnen, der hver bærer en kopi af hvert kromosom, kombineres for at danne en Labrador-puddelblanding, der bærer en kopi af hvert kromosom, som hver af forældrene har bidraget med.

Figur 3. Et æg fra en hunpuddel befrugtes med en sædcelle fra en labrador retriever-han, hvorved der dannes en labrador-pudelblanding. For hvert kromosompar har afkommet en kopi, som moderen har bidraget med (lilla), og en kopi, som faderen har bidraget med (lyserød). NB: Af hensyn til overskueligheden er kun ét af de 39 kromosompar hos hunde vist i denne og de efterfølgende figurer.

Figur 4. Et æg fra en beaglehun befrugtes af en sæd fra en hanmops, hvorved der dannes en mops-beagle-mix.

Figur 4

I en parallel parring parrer en beaglehun og en hanmops sig med hinanden, hvorved der opstår en hanmops-beagle-mix.

Figur 4. Et æg fra en beaglehun befrugtes af en sæd fra en hanmops, hvorved der dannes en mops-bagleblanding. For hvert kromosompar har afkommet en kopi fra moderen (sort) og en kopi fra faderen (blå).

For at forstå, hvordan en mutt kommer til at indeholde genetiske bidrag fra flere forskellige racer, må vi fortsætte fremad til næste generation. Som før bidrager både mor – her en labradoodle – og far – her en puggle – med et af kromosomerne i hvert par. Men i stedet for at give de samme kromosomer videre, som de selv har arvet, bidrager forældrene med rekombinerede kromosomer, som er en kombination af fragmenter fra deres egne forældre (figur 5). I dette eksempel ville den resulterende hvalp blive kaldt en mutt og har DNA, der stammer fra forfædre af fire forskellige racer.

Figur 5. Et æg fra en labrador-puddelhun bliver befrugtet af en sædcelle fra en hanmops-beagleblanding, hvorved der dannes en mutt.

Figur 5

Figur 5. Et æg fra en labradorpuddelhun befrugtes af en sædcelle fra en hanmops-beagle-mix, hvorved der dannes en hankat. For hvert kromosompar arver afkommet en kromosomkopi fra moderen (lilla og lyserød) og en kromosomkopi fra faderen (sort og blå). Ved denne parring er de to forældre selv blandet race. Når labrador-pudelblandingen producerer æg og mops-beagleblandingen producerer sæd, indeholder de resulterende kromosomer derfor DNA fra mere end én race.

Rekombination indebærer en retfærdig udveksling af genetisk materiale mellem de to kromosomer, der udgør hvert par. Hver rekombinationsbegivenhed frembringer en ny version af det oprindelige kromosom, for hvilken den samlede mængde genetisk materiale er den samme som før, men er fordelt anderledes mellem de to kromosomer. Bemærk, at rekombination er en naturlig del af produktionen af sæd og æg – selv i en raceren beagle eller puddel udveksler kromosomerne inden for hvert par stykker. Konsekvenserne er dog mest tydelige, når de rekombinerende kromosomer har forskellige historier.

Inferering af en hundes afstamning ved sammenligning med referencegenomer fra racerene hunde

Lokal afstamning fungerer ved at bestemme, hvilken race der højst sandsynligt har bidraget med hvert stykke af en hundes genom. Når der er foretaget en udledning for hvert kromosomstykke, kan disse udledninger summeres for at estimere den samlede andel af hundens genom, som hver udledt race har bidraget med.

For at kunne udlede, hvem der højst sandsynligt har bidraget med et givet kromosomstykke, skal vi naturligvis have en måde at skelne mellem de forskellige racers genetiske bidrag. Heldigvis er det meste af genomet meget ens for alle hunde, men hver race indeholder specifikke genetiske ændringer – såkaldte mutationer – som enten er unikke for den, eller som i det mindste er meget mere almindelige hos den end hos andre racer. Nogle af disse mutationer er direkte relevante for egenskaberne ved en bestemt race. Andre er tilfældigvis unikke for eller mere almindelige hos en race end hos andre, men har ingen kendt relevans for racens specifikke fysiske kendetegn. Mutationer af begge typer er nyttige til at udlede forfædrene. I figurerne 3-6 er mutationer, der er specifikke for de enkelte racer, og som er nyttige til at udlede racens afstamning, repræsenteret ved kromosomfarve.

Figur 6. Udledning af raceafstamning ved at sammenligne et mutt-genom med et sæt referencegenomer.

Figur 6

Figur 6. Udledning af raceafstamning ved sammenligning af et mutt-genom med et sæt referencegenomer. For at udlede racens forfædre for en hankat indsamles et sæt af racens referencegenomer (A) og sammenlignes derefter med det pågældende hankatgenom (B) for at muliggøre udledning af forfædre for hvert kromosomstykke og et skøn over de samlede forfædres bidrag. Ovenstående muttet antages at have nogenlunde lige store bidrag fra forfædre fra mops, labrador retriever, puddel og beagle, som forventet, da den havde en bedsteforælder fra hver af disse fire forskellige racer.

Trinene for at udlede forfædre for en mutt er derefter at:

  1. Saml et sæt genetiske data fra racerene hunde (figur 6A)
  2. Saml genetiske data fra den pågældende mutt (figur 6B)
  3. Sammenlign mutt-genomet med et referencegenom, lav det bedste gæt om racens oprindelse for hvert kromosomstykke, og summér på tværs af disse kromosomstykker for at estimere den samlede raceafstamning (figur 6C)

Data fra selv blot en lille del af en hundes genom kan være nyttige til afstamning

En hunds genom indeholder ca. 2.5 milliarder nukleotider – de As,Ts, Cs og G’er, der udgør DNA. Dette er ikke drastisk forskelligt fra de ca. 3 milliarder nukleotider, der udgør det menneskelige genom. I en ideel verden ville det naturligvis være økonomisk muligt at indsamle sekvensdata for hele genomet fra alle hunde. I løbet af de sidste to årtier er vi kommet tættere på dette mål. I 2001, da den første komplette sekvens af det menneskelige genom blev offentliggjort, kostede sekventering af hver af vores ca. 3 milliarder nukleotider 2,7 milliarder dollars. Et massivt fald i sekventeringsomkostningerne har gjort det muligt at gennemføre store projekter som f.eks. 1000-genomprojektet, som har katalogiseret sekvenser af hele genomer fra mennesker over hele verden.

På trods af disse prisfald koster det stadig omkring 1.400 dollars at sekventere hele genomet af en hund her på Broad Institutes Genomics Platform. Denne pris er helt sikkert en stor forbedring i forhold til tidligere priser, men den er stadig betydelig. Heldigvis er genotypebestemmelse et billigere – og stadig i høj grad informativt – alternativ. I modsætning til sekventering af hele genomet undersøger genotypebestemmelse en delmængde af nukleotider i genomet. I tilfældet med hundens genom analyserer den mest populære chip f.eks. omkring 170 000 mutationer.

Figur 7. Imputation bruger genotypeoplysninger fra nogle nukleotider til at foretage informerede gæt om andre.

Figur 7

Det er umiddelbart svært at forestille sig, hvordan data fra kun ca. 0,000068% af en hunds genom (170.000 ud af 2,5 milliarder) kunne give en passende proxy for genomet som helhed. En del af svaret ligger i detaljerne i den rekombinationsproces, der er nævnt ovenfor. Ved hver generation bliver de kromosomstykker, der stammer fra en given forfader, mindre og mindre. På trods af denne generelle nedgang i længde forbliver kromosomstykker i mange generationer store i forhold til hele genomet. Med nogle vigtige forbehold – og en erkendelse af, at der uundgåeligt vil opstå nogle fejl – er det derfor typisk rimeligt at bruge identiteten af et nukleotid i en muttes genom til at gætte på identiteten af et nabonukleotid (figur 7). Denne fremgangsmåde, kaldet imputation, har i høj grad forbedret mulighederne for forholdsvis billig inferens af afstamningskomponenter i blandede hunderacer.

Figur 7. Imputering anvender genotypeoplysninger fra nogle nukleotider til at foretage informerede gæt om andre nukleotider. For et kromosom, der er dannet ved rekombination af DNA fra puddel (lilla) og Labrador retriever (lyserød) DNA, giver identifikation af raceforfædre for position 1 og 2, som Labrador retriever har bidraget med, mulighed for at gætte korrekt på den omkringliggende regions raceoprindelse. I modsætning hertil ligger position 3 nær et brudpunkt mellem kromosomstykker; data fra dette sted fører til et korrekt gæt om oprindelsen af positioner til venstre, men ikke til højre for den udtagne position.

Hvordan fungerer en genotypingschip?

Genotypingchips til hunde, der er udviklet af virksomheder som Affymetrix og Illumina, er optimeret til at identificere mutationer, der er relevante for sygdom. Resultatet er, at kun den delmængde af mutationer, der sandsynligvis vil være klinisk informative, undersøges for hver hund, hvilket holder omkostningerne nede.

DNA er et meget klæbrigt dobbeltstrenget molekyle, hvor hver streng ønsker at binde sig til den anden, komplementære sekvens. I DNA’et i alt liv på jorden danner A (adenin) par med T (thymin), og C (cytosin) par med G (guanin). Derfor vil DNA-sekvensen “ATCG” klæbe til den komplementære sekvens “TAGC”. Men selv en forskel på ét bogstav (dvs. “TGGC”) kan forhindre de to DNA-stykker i at binde sig til hinanden. Genotyping-chips udnytter dette princip om selektiv binding til at bestemme, hvilke mutationer der er til stede i en given hund. DNA-sonderne er designet til at binde dele af en hunds DNA, der indeholder den muterede og alternativt den ikke-muterede form af DNA’et. Disse korte sekvenser er fastgjort til toppen af et lille glasobjekt, der almindeligvis kaldes en “chip” eller et “array” (figur 8).

Genotypebestemmelse til bestemmelse af, hvilke mutationer den enkelte hund har

Figur 8

Figur 8. Genotypebestemmelse til bestemmelse af, hvilke mutationer hver hund har. DNA-sonderne (korte sekvenser, der er komplementære til de pågældende mutationer) er placeret forskellige steder på genotyperingsarrayet. Her illustreres detektion af en af de tusindvis af mutationer, der analyseres af chippen. Når hunde-DNA er blevet tilsat og har fået lov til at binde sig til DNA’et på chippen, vaskes DNA, der ikke har bundet sig, af. Derefter tilsættes fluorescerende molekyler, som binder sig til det resterende hunde-DNA. På denne måde kan de mutationer, der er til stede i en hund, identificeres ved at visualisere, hvilke områder af genotyperingsarrayet der lyser.

For at sikre binding til disse korte genotyperingssonder, brydes DNA, der er isoleret fra en hunds spyt, først i små stykker. Dernæst vedhæftes hundens DNA et kemikalie, der er godt til at binde sig til fluorescerende molekyler, som vil være afgørende for fortolkningen af resultaterne. Hundens DNA vaskes over chippen, og hver streng binder sig til sin komplementære sonde-sekvens. Således finder stykker af hundens DNA den matchende sonde på genotypingschippen. To egenskaber sikrer specifik binding og dermed pålidelige data. For det første kan en genotypingssonde ikke binde mutt-DNA, der stammer fra en anden del af genomet. For det andet kan den ikke binde den muterede form af sekvensen, medmindre hunden tilfældigvis har den pågældende specifikke mutation (dvs. den ovenfor illustrerede “A”-sekvens). Ubundet DNA vaskes fra objektglasset, og endelig fastgøres fluorescerende molekyler til det resterende DNA, som har bundet proberne med succes. Da hver sonde blev oprettet et bestemt sted på arrayet, kan vi fortolke, hvilke mutationer en hund har, ved at observere, hvilke små pletter på arrayet der lyser.

Faktorer, der kan underminere afstamningsafledning

Trods de seneste fremskridt kan flere tilbageværende udfordringer underminere bestræbelserne på at foretage en præcis afstamningsafledning af raceafstamning hos hunde af blandede racer.

Figur 9. En forfader kan kun udledes, hvis det relevante genom er til stede i referencesættet.

Figur 9

Figur 9. En forfader kan kun udledes, hvis det relevante genom er til stede i referencesættet. For racer, der er velrepræsenteret blandt referencegenomerne og er godt udvalgt af et genotypebestemmelsesarray (f.eks. puddel, mops og labrador retriever i scenariet ovenfor), vil det typisk lykkes at identificere både tilstedeværelsen og den omtrentlige procentdel af DNA, som nyere forfædre fra den pågældende race har bidraget med, når det gælder afstamning af forfædre. For racer, der ikke er godt repræsenteret blandt referencegenomerne (f.eks. beagle i ovenstående scenario), tilskrives kromosomstykker imidlertid ofte fejlagtigt til en bedre repræsenteret race (f.eks. bassethound i ovenstående scenario), hvilket fører til en forkert vurdering af en hundes forfædre.

Mens nogle problemer kan resultere i, at man blot undervurderer den procentdel af hundes forfædre, der stammer fra en bestemt race, kan andre problemer forhindre, at den korrekte race overhovedet identificeres. Det mest væsentlige af disse problemer er fraværet af den sande forfædres race i referencedatasættet (figur 9). Fordi racemæssig afstamning udledes ved at sammenligne dele af mutt-DNA med renracede hunde af kendte racer, kan en race, der ikke findes i referencedatasættet, ganske enkelt ikke påvises, selv om den har bidraget med en meget stor del af mutt-DNA’et. Dette problem vil i sidste ende kun blive løst ved at medtage referencegenomer fra anerkendte racer; i mellemtiden er det vigtigt, hvis du er interesseret i at vide, om din hund har forfædre fra en bestemt sjælden race, at du sikrer dig, at det firma, du vælger, er i stand til at kontrollere for den pågældende race. For dem, der beslutter sig for at fortsætte med at udlede forfædre, selv om den pågældende race vides at være fraværende i referencesættet, er det vigtigt at huske på, at fraværet af den pågældende race på listen over udledte forfædre ikke giver nogen oplysninger om, hvorvidt hunden virkelig mangler den pågældende forfædre.

De mutationer, der vælges til genotypebestemmelse, bestemmer også, hvilke raceforfædre der præcist kan identificeres i en blandingshund. Genotyping arrays har en tendens til at omfatte flere mutationer, der forekommer hos almindelige racer. Det betyder, at dele af kromosomer fra pudler og schæferhunde kan være særligt lette at identificere, fordi mange af de mutationer, der er almindelige hos disse racer, analyseres på genotypebestemmelsesarray’er. Selv om mange mutationer kan hjælpe med at identificere DNA-stykker fra sjældne racer som f.eks. new Guinea singing dogs eller Skye terriere, er nogle af disse mutationer måske ikke repræsenteret på almindeligt anvendte genotypebestemmelser, hvilket kan gøre disse racer sværere at identificere. Dette problem vil i sidste ende blive løst ved at skabe racereferencedatasæt med sekvensdata, hvilket ville gøre det muligt at fortolke mange flere mutationer og ville ikke være forudindtaget i retning af påvisning af forfædre fra bestemte racer.

En muttes forhold til sine racerene forfædre påvirker også pålideligheden af racebestemmelsen. Navnlig er det lettere at identificere raceafstamning af DNA fra en racerene forfader, som er en nær slægtning (f.eks. en forælder), fordi mutationer fra nyere forfædre vil ligge i længere DNA-stykker med mere informative mutationer. Mens f.eks. den første mutation, der er observeret på en muttes kromosom, kan være almindelig hos både labradorer og Golden Retrievere, kan den første, anden og tredje mutation, der er observeret, måske kun ses sammen hos Golden Retrievere. DNA fra forfædre fra mange generationer tilbage vil kun eksistere i form af korte kromosomstykker med færre mutationer, der kan hjælpe med at identificere deres bidrag til hundens forfædre, hvilket gør det vanskeligere at konkludere noget. Dette problem kan afhjælpes ved at anvende data fra sekventering i stedet for genotypning, hvilket gør det muligt at analysere alle mutationer. DNA, der er nedarvet fra mange generationer tilbage, kan imidlertid være i kromosomstykker, der er så korte, at de ikke vil indeholde kromosomstykker, der er karakteristiske for en bestemt race, således at racens bidrag til en hvalps afstamning ikke kan påvises, selv med helgenomdata (Li et al., 2014).

Hvad er det næste? Skal jeg genotype min hund?

Som med enhver ny teknologi er raceinferens en spændende mulighed, der introducerer nogle uløste udfordringer. Mange hundeejere, der er nysgerrige efter at lære mere om deres kæledyrs oprindelse, vil helt sikkert sætte pris på at få et vindue til at se, hvilke racer der har bidraget til deres muttes unikke genetik. Du kan måske endda optjene retten til at spekulere i, at din hunds fremragende udholdenhed i stor højde stammer fra dens Lhasa Apso bedsteforælder (Li et al., 2014)! Alligevel opfordrer vi ejerne til at være forsigtige og huske på, at en række problemer kan kompromittere pålideligheden af slutninger, samtidig med at vi forbliver optimistiske om, at slutninger vil blive forbedret, efterhånden som referencedata akkumuleres.

“Inherited Defects in Pedigree Dogs. Del 2: Forstyrrelser, der ikke er relateret til racestandarder.” 2010. The Veterinary Journal 183 (1). W.B. Saunders:39-45.

Larson, Greger, og Dorian Q. Fuller. 2014. “The Evolution of Animal Domestication.” Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics 45 (1):115-36.

Larson, Greger, Elinor K. Karlsson, Angela Perri, Matthew T. Webster, Simon Y. W. Ho, Joris Peters, Peter W. Stahl, et al. 2012. “Rethinking Dog Domestication by Integrating Genetics, Archeology, and Biogeography.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 109 (23):8878-83.

Li, Yan, Dong-Dong Wu, Adam R. Boyko, Guo-Dong Wang, Shi-Fang Wu, David M. Irwin, og Ya-Ping Zhang. 2014. “Population Variation Revealed High-Altitude Adaptation of Tibetan Mastiffs”. Molecular Biology and Evolution 31 (5):1200-1205.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.