Plesiomorfia e simplesiomorfia corrispondono ad apomorfia e sinapomorfia che sono tratti derivati (“novità evolutiva”) e un tratto derivato condiviso.

Tutti questi termini sono per definizione relativi, nel senso che un tratto può essere una plesiomorfia in un contesto e un’apomorfia in un altro (vedi esempio nella figura 2).

Le caratteristiche apomorfe e sinapomorfe forniscono molte informazioni sui cladi evolutivi e possono essere utilizzate per definire i taxa. Tuttavia, le caratteristiche plesiomorfe e simplesiomorfe non possono. Le specie non dovrebbero essere raggruppate puramente in base alla somiglianza morfologica o genetica. Poiché un carattere plesiomorfo ereditato da un antenato comune può apparire ovunque in un albero filogenetico, la sua presenza non rivela nulla sulle relazioni all’interno dell’albero. Quindi, raggruppare le specie richiede di distinguere gli stati dei caratteri ancestrali da quelli derivati.

Un esempio per illustrare questo è la respirazione attraverso le branchie nei pesci ossei e nei pesci cartilaginei. La condividono perché era presente nel loro antenato comune. Ma i pesci ossei che respirano attraverso la pelle o i polmoni si sono evoluti in vertebrati viventi, e sono più strettamente legati ai vertebrati terrestri che agli squali e ad altri pesci cartilaginei.

Un altro esempio è la termoregolazione nei rettili e negli uccelli. I rettili sono ectotermi (a sangue freddo) e gli uccelli sono endotermici (a sangue caldo). Questo è plesiomorfo per gli uccelli e plesiomorfo per i rettili. Essere a sangue freddo è simplesiomorfo per lucertole, tartarughe e coccodrilli, ma non formano un clade senza uccelli, poiché i coccodrilli sono più legati agli uccelli che a lucertole e tartarughe.