Bloedgroepen, of bloedgroeptypes, worden gedefinieerd door polymorfismen in de expressie van immunogene moleculen in bloedcellen, plasma en lichaamssecreties zoals melk en speeksel. Een verscheidenheid hiervan kan worden aangetroffen bij verschillende diersoorten, waaronder mensen en mensapen. Er zijn bij de mens verschillende categorieën bloedgroepantigenen beschreven die van groot klinisch belang zijn. De meest beschreven hiervan, wegens hun hoog polymorfisme in menselijke populaties en klinische relevantie, zijn de ABO bloedgroepen en de Rhesus (Rh) factor.
Het menselijke ABO bloedgroepensysteem is zeer belangrijk voor transfusie en transplantatie, en blijft op enkele uitzonderingen na polymorf in de meeste menselijke populaties. Deze antigenen zijn oligosachariden, gesynthetiseerd door glycosyltransferase-enzymen, die een patroon vormen van suikers die aanwezig zijn op het buitenmembraan van cellen of afgescheiden glycoprotiens. In bloed van type O is een koolhydraatsequentie aanwezig die het H-antigeen wordt genoemd. Personen van type A en B wijzigen het H-antigeen door toevoeging van een extra monosacharide, waardoor overeenkomstige A- en B-antigenen ontstaan. Individuen produceren antilichamen tegen de antigenen die niet in hun eigen bloed aanwezig zijn. Aangenomen wordt dat dit proces plaatsvindt door vroege blootstelling aan bacteriën met soortgelijke antigenen. De aanwezigheid van ABO-polymorfisme is bij alle primaten zeer variabel. Bij chimpansees is tot dusverre voornamelijk bloedgroep A aangetroffen, met minder vaak bloedgroep O. Gorilla’s blijken uitsluitend bloedgroep A te hebben. Gorilla’s blijken uitsluitend bloedgroep B te hebben. Orang-oetans hebben alle drie bloedgroepen.
In tegenstelling tot de ABO bloedgroep, zijn de Rh bloedgroep antigenen eiwitten. Rh type is belangrijk bij de mens vanwege zijn rol bij hemolytische ziekte van de pasgeborene, waarbij de antilichamen van een Rh- vrouw (die het D antigeen eiwit van de Rh bloedgroep mist) zich richten tegen het D antigeen op de rode bloedcellen van een Rh+ foetus. Rh-polymorfismen bestaan ook bij chimpansees, waar ze oorspronkelijk werden beschreven in het R-C-E-F-bloedgroepsysteem. Chimpansees delen sommige varianten van Rh met de mens, maar de twee soorten hebben nog andere varianten die zij niet delen. Pre-immunisatie van chimpansees met D antigeen kan hemolytische ziekte van de pasgeborene veroorzaken in latere zwangerschappen; dit is echter niet gedocumenteerd in de natuur voor te komen.
Andere, minder vaak bestudeerde bloedgroepen hebben ook correlaten in chimpansees: het MNS bloedgroep systeem (V-A-B-D in chimpansees), en de Ii bloedgroep (niet polymorf in chimpansees).
Genetische analyses van het ABO bloedgroepensysteem hebben gesuggereerd dat dezelfde antigenen gedurende de evolutie van primaten meerdere malen zijn ontstaan, en dat polymorfisme in stand wordt gehouden door balancerende selectie binnen populaties. Dit kan erop wijzen dat het behoud van diversiteit binnen verschillende bloedgroepantigenen belangrijk is voor het vermijden van ziekteverwekkers door de populatie. Van een groot aantal virale en bacteriële pathogenen is aangetoond dat zij ABO-types op verschillende wijze binden. De druk die aan de verschillende bloedgroepantigenen ten grondslag ligt, is echter nog niet volledig begrepen. Hoe dan ook, ondanks hun klinische betekenis, zijn de bloedgroepantigenen niet bruikbaar om de uniciteit van de mens te begrijpen.