De Food and Nutrition Service (FNS) van het USDA beheert het programma door middel van subsidies aan de staten. In de meeste staten wordt het programma beheerd door de aangewezen onderwijsinstelling, zoals het ministerie van Volksgezondheid van New York. In sommige staten wordt het programma beheerd door een andere instantie, zoals het staatsdepartement van gezondheid, familie en/of sociale diensten. Naar goeddunken van de gouverneur van de staat kunnen verschillende instanties de onderdelen kinderopvang en dagopvang voor volwassenen van het programma beheren, zoals Wildwood C.A.C.F.P in Colorado. In de staat Virginia wordt het programma rechtstreeks beheerd door de Food and Nutrition Service Mid-Atlantic Regional Office (MARO).

De feitelijke federale bijstand aan de staten en de door hen aangewezen instanties wordt verleend in de vorm van contante vergoedingen voor geserveerde maaltijden, en alle andere donaties van het USDA om dergelijke maaltijden te verstrekken. De programmamiddelen worden aan de staten verstrekt via kredietbrieven die worden afgegeven in het kader van het FNS Agency Financial Management System. De staten gebruiken de fondsen op hun beurt om de instellingen te vergoeden voor de kosten van de eigenlijke activiteiten (bv. het verstrekken van maaltijden), alsook om de administratieve uitgaven van de staat te dekken. In het algemeen wordt de aanspraak van een staat op terugbetaling door het USDA berekend door eerst het aantal geserveerde maaltijden (per categorie en type) te bepalen en het bedrag van de maaltijd te vermenigvuldigen met een betalingstarief per eenheid, ook bekend als het “terugbetalingstarief”. Het “type” maaltijd verwijst naar het soort maaltijdservice waarvoor de instelling een vergoeding vraagt, zoals ontbijt, lunches, snacks, supplementen en diners die worden geserveerd. De “categorie” verwijst naar het soort economische behoefte van het kind of de volwassene aan wie een maaltijd wordt geserveerd, die kan worden gecategoriseerd als “betaalde”, “gereduceerde prijs”, of “gratis” maaltijden.

Kinderopvang, dagopvang voor volwassenen, en buitenschoolse opvang centra kunnen een enkele vergoeding vragen om het schoolgeld, de maaltijden, en alle andere dagopvang diensten te dekken om bepaalde kosten terug te verdienen; echter, de overgrote meerderheid van deze centra werken met niet-prijsgebonden (gratis) programma’s. Niettemin moeten alle instellingen bepalen of kinderen en volwassenen die in deze centra zijn ingeschreven (bijvoorbeeld kinderen met een laag inkomen, geestelijk of lichamelijk gehandicapten) in aanmerking komen voor gratis maaltijden of maaltijden tegen gereduceerde prijs, omdat dergelijke bepalingen van invloed zijn op de vergoedingstarieven voor de maaltijden die aan de deelnemers worden verstrekt. Dakloze kinderen die in een deelnemende daklozenopvang verblijven worden geacht categoriaal in aanmerking te komen voor door die opvang geserveerde maaltijden. Naschoolse risicoprogramma’s, noodopvangcentra en kinderdagverblijven mogen maaltijden niet apart in rekening brengen.