Omdat het PDB gegevens vrijgeeft in het publieke domein, zijn de gegevens gebruikt in diverse andere databanken voor eiwitstructuren.

Voorbeelden van databanken met eiwitstructuren zijn onder meer (in alfabetische volgorde);

Database of Macromolecular Movements beschrijft de bewegingen die voorkomen in eiwitten en andere macromoleculen, met name aan de hand van films Dynameomics een data warehouse van moleculaire dynamica-simulaties en analyses van eiwitten die alle bekende eiwitvouwfamilies vertegenwoordigen JenaLib de Jena Library of Biological Macromolecules is gericht op een betere verspreiding van informatie over driedimensionale biopolymeerstructuren met de nadruk op visualisatie en analyse. ModBase een database van driedimensionale eiwitmodellen berekend door vergelijkende modellering OCA een browser-database voor eiwitstructuur/functie – De OCA integreert informatie van KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, en anderen. OPM biedt ruimtelijke posities van driedimensionale eiwitstructuren ten opzichte van de lipidenbilaag. PDB Lite afgeleid van OCA, PDB Lite werd ter beschikking gesteld om het zo gemakkelijk mogelijk te maken een macromolecule in de PDB te vinden en te bekijken PDBsum geeft een overzicht van macromoleculaire structuren in de PDB, met schematische diagrammen van de moleculen in elke structuur en van de interacties tussen die moleculen PDBTM de Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – een selectie van de PDB. PDBWiki een door de gemeenschap geannoteerde kennisbank van biologische moleculaire structuren ProtCID de Protein Common Interface Database (ProtCID) is een databank van gelijksoortige eiwit-eiwit interfaces in kristalstructuren van homologe eiwitten. Protein de NIH eiwit database, een verzameling van sequenties uit verschillende bronnen, met inbegrip van vertalingen van geannoteerde coderende regio’s in GenBank, RefSeq en Third Party Annotation, alsmede records uit SwissProt, PIR, PRF, en PDB Proteopedia de collaboratieve, 3D-encyclopedie van eiwitten en andere moleculen. Een wiki die een pagina bevat voor elk item in de PDB (>100.000 pagina’s), met een Jmol view die functionele sites en liganden belicht. Biedt een eenvoudig te gebruiken scène-authoring tool, zodat je geen Jmol script taal hoeft te leren om aangepaste moleculaire scènes te maken. Aangepaste scènes zijn eenvoudig te koppelen aan “groene links” in beschrijvende tekst die deze scènes in Jmol weergeven. ProteinLounge is een eiwit-databank met afbeeldingen van de eiwit-structuur. Bevat ook proteïnepaden en gensequenties, inclusief andere hulpmiddelen. SCOP the Structural Classification of Proteins een gedetailleerde en uitgebreide beschrijving van de structurele en evolutionaire relaties tussen alle eiwitten waarvan de structuur bekend is. SWISS-MODEL Repository een database van geannoteerde eiwitmodellen berekend door homologiemodellering TOPSAN het Open Protein Structure Annotation Network – een wiki ontworpen voor het verzamelen, delen en verspreiden van informatie over driedimensionale eiwitstructuren.