De Nijl is met een lengte van 6.695 km een van de grote rivieren van de wereld, die miljoenen mensen voedt en hele beschavingen heeft voortgebracht.
De verste bron van de Nijl is de Ruvyironza-rivier, die via de Ruvubu- en Kagera-rivieren in het Victoriameer uitmondt. Andere rivieren die samenvloeien in het Victoriameer – het grootste van de Equatoriale Meren van de Nijl – zijn de Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga en Ruizi.
Vanuit Jinja in Oeganda ontspringt de Witte Nijl in het Victoriameer als de Victoria Nijl en reist noordwaarts, langs twee andere Equatoriale Meren – Kyoga en Albert. Via deze twee meren vangt de Nijl de afvloeiing op van twee bergachtige gebieden met veel neerslag (de Rwenzori en de Elgon) aan de zuidwestelijke en zuidoostelijke rand van het stroomgebied.
De rivier ontspringt opnieuw uit het Albertmeer als de Albert Nijl en reist noordwaarts naar Nimule nabij de grens tussen Zuid-Soedan en Uganda. Vanaf dit punt stroomt de rivier, die nu bekend staat als de Bahr el Jebel (wat rivier van de bergen betekent), over de Fula stroomversnellingen en door de Sudd voordat hij samenkomt met de Bahr el Ghazal (wat rivier van de gazellen betekent) bij Lake No. De Bahr el Ghazal draineert de gebieden met veel neerslag van westelijk Zuid-Soedan. Vanaf Lake No draait de rivier naar het oosten om samen te vloeien met de Sobat-rivier, die hoge, seizoensafhankelijke debieten vervoert die hun oorsprong vinden in de Ethiopische hooglanden.
De gecombineerde rivieren Bahr el Jebel en Sobat vormen de Witte Nijl, die verder noordwaarts daalt en samenkomt met de Blauwe Nijl bij Khartoum, Soedan. De Blauwe Nijl (ook bekend als Abbai of Abay) ontspringt in het Tana-meer in Ethiopië, en is de tweede hoofdstroom van de Nijl. Voordat de Blauwe Nijl samenvloeit met de Witte Nijl, komen er nog een aantal rivieren bij, waarvan de belangrijkste de Rahad en de Dinder zijn, die beide in de Ethiopische hooglanden ontspringen. Vanaf Khartoum stromen de samengevoegde rivieren van de Nijl in noordelijke richting en worden zij vergezeld door de Atbara (Tekezze), eveneens afkomstig uit de Ethiopische hooglanden. De hoofdnijl stroomt verder noordwaarts en mondt uit in het Nassermeer/Nubiëmeer, een groot kunstmatig reservoir op de grens tussen Soedan en Egypte, dat zorgt voor de regulering van Egypte in de loop van het jaar. Uiteindelijk mondt de Nijl via zijn delta uit in de Middellandse Zee.