Este had zijn naam gegeven aan de Este-cultuur, een proto-historische cultuur die bestond vanaf de late Italiaanse bronstijd (10e/9e eeuw v.C., proto-venetische fase) tot de Romeinse periode (1e eeuw v.C.) en die zich op het huidige grondgebied van Veneto bevond.

Tijdens de IJzertijd was Este een belangrijk centrum van de Veneti die een aantal inscripties op graf- en votiefvoorwerpen achterlieten.

Tijdens de late 3e eeuw v. Chr. viel Este vreedzaam onder de heerschappij van Rome en werd een Romeinse kolonie onder de naam Ateste. Toen een groot deel van Noord-Italië in 49 v. Chr. het Romeinse staatsburgerschap kreeg, werden de burgers van Este opgenomen in de Romeinse stam Romilia. Na de Slag bij Actium vestigde keizer Augustus soldaten van het Legio V Alaudae en Legio XI Claudia op het grondgebied van Este dat Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice en Cinto Euganeo omvatte.

In de Late Oudheid werd Este verwoest en gereduceerd tot een plattelandsdorp als gevolg van invallen van barbaren, vooral die van Attila. Het kwam pas weer tot leven na de 10e eeuw, toen Azzo II d’Este er een kasteel bouwde en zichzelf en zijn familie ernaar vernoemde, waarmee hij het Huis van Este stichtte. Het Huis van Este zou de stad tot 1240 in bezit houden, toen het zijn hoofdstad naar Ferrara verplaatste. Este werd intussen tweemaal veroverd door Ezzelino da Romano III, in 1238 en 1249. In de 14e eeuw werd de stad betwist door de Scaligeri, de Carraresi en de Visconti, totdat zij zich in 1405 spontaan overgaf aan Venetië.

Onder de Republiek Venetië maakte Este een periode van economische groei door, die alleen werd onderbroken door de pest van 1630.

Na de val van de Republiek in 1797 en de Napoleontische oorlogen werd de stad, samen met de hele regio Veneto, onderdeel van het Oostenrijkse keizerrijk, totdat het werd geannexeerd door het Koninkrijk Italië als gevolg van de Derde Onafhankelijkheidsoorlog van 1866.