Het verhaal begint in de nasleep van de vier lead-in limited series, met Superman, Wonder Woman en Batman die ruzie maken, de JLA Watchtower vernietigd, en de helden van de wereld geconfronteerd met een verscheidenheid aan bedreigingen. Tegen deze achtergrond ontsnappen Kal-L (de Superman van Aarde-Twee), samen met Lois Lane van Aarde-Twee, Alexander Luthor van Aarde-Drie en Superboy-Prime uit het pocketuniversum waar ze aanvankelijk naartoe waren gevlucht aan het einde van Crisis on Infinite Earths. Kal-L gaat op zoek naar zijn nicht, Power Girl, ook een overlevende van Earth-Two. Hij denkt dat de gezondheid van Lois zal verbeteren op haar geboortewereld en hoopt de huidige Aarde te vervangen door Aarde-Twee, die hij als perfect beschouwt.
Kal-L probeert Batmans steun te krijgen door te verklaren dat de inherente “slechte” aard van de Post-Crisis Aarde Batmans recente wantrouwen en vijandigheid heeft veroorzaakt. Batman weigert en probeert zijn Kryptonite Ring te gebruiken. Dit mislukt omdat het Kryptoniet niet inheems is in Kal-L’s universum, en Superman vernietigt het met zijn hitte-visie. Daarna komt Batman erachter dat Superboy-Prime de JLA Watchtower heeft vernietigd.
Alexander onthult aan Power Girl dat hij en Superboy-Prime hun “paradijs” al een tijdje verlaten hebben, door gebeurtenissen te manipuleren om te helpen een inter-dimensionale stemvork te maken. Met behulp van de overblijfselen van de Anti-Monitor en gevangen helden en schurken die speciaal zijn afgestemd op vorige universums (waaronder Power Girl nadat Superboy-Prime haar bewusteloos heeft geslagen), herstelt Alex de Aarde-Twee, onbevolkt met uitzondering van de Aarde-Twee helden die daarheen zijn getransporteerd.
Superboy-Prime valt Conner Kent aan, de Superboy van deze wereld. Meerdere super-teams grijpen in. Superboy-Prime doodt per ongeluk verschillende helden voordat de Flashes en Kid Flash hem in de Speed Force dwingen, geholpen door de speedsters die er al in zitten. Jay Garrick, de enige achtergebleven speedster, zegt dat de Speed Force nu verdwenen is.
Op zoek naar een perfecte wereld, herstelt Alexander vele alternatieve aarden. Wanneer de twee-aardse Lois uiteindelijk van ouderdom sterft, vechten een gekrenkte Kal-L en de jongere post-crisis Superman Kal-El tot Wonder Woman hen scheidt. Bart Allen (in het kostuum van Barry Allen en volwassen geworden) komt tevoorschijn uit de Speed Force, waarschuwt dat hij en de andere speedsters niet in staat waren Superboy-Prime tegen te houden, die terugkeert met een Anti-Monitor geïnspireerd harnas dat gele zonnestraling opslaat om hem sterker te maken, waardoor hij nog sterker wordt.
Batman’s strike force vernietigt Brother Eye, een satelliet AI gemaakt door Batman die opstandig was geworden en begonnen was burgers te veranderen in nano-geïnfundeerde robots die erop gericht waren supers op te jagen en uit te roeien. Alexander selecteert alternatieve aarden en voegt ze samen in een poging een “perfecte” aarde te creëren, totdat Firestorm zijn pogingen blokkeert. Conner, Nightwing en Wonder Girl bevrijden de gevangenen van de Toren. Vechtend met elkaar botsen Conner en Superboy-Prime tegen de toren en vernietigen deze. De meerdere Aardes worden weer samengevoegd tot een “Nieuwe Aarde” terwijl Conner sterft in Wonder Girl’s armen. Power Girl arriveert snel en vraagt Kal-El wat er met Lois is gebeurd. Het antwoord zorgt ervoor dat ze instort en ze vraagt Kal-L waarom. Hij antwoordt haar eenvoudig dat het was omdat hij de verkeerde Superboy koos om te veroordelen en de verkeerde Superboy om goed te keuren. Als een horde supervillains Metropolis aanvalt, vliegen de huidige en gepensioneerde helden te hulp, en ze krijgen gezelschap van de Nationale Garde. Het gevecht leidt tot meerdere doden aan beide kanten, waaronder vele door Superboy-Prime zelf, die zowel schurken als helden doodt. Tijdens het gevecht vertrekt Superboy-Prime om Oa te vernietigen, met het plan om het universum in te laten storten in een oerknal, en het opnieuw te creëren met hem als enige superheld. Superboy-Prime wordt afgeremd door een 300 mijl dikke muur van wilskracht, gecreëerd door het Green Lantern Corps, maar hij doodt tweeëndertig Green Lanterns voordat Kal-L en Kal-El hem naar wat er over is van Krypton dragen. Het is in wezen een enorme wolk van kryptoniet. De Supermannen vliegen Superboy door de rode zon van Krypton, Rao, waardoor zijn pantser wordt vernietigd en de krachten van alle drie de Kryptoniërs afnemen. Ze vallen op de planeet met gevoel (en Green Lantern Corps lid) Mogo, waar ze vechten. Kal-El slaat uiteindelijk Superboy-Prime knock-out en de oudere Superman Kal-L sterft aan zijn verwondingen in de armen van zijn nicht, Power Girl.
Terug op Aarde overweegt Batman, worstelend met Superboy’s dood en Nightwing’s ernstige verwondingen opgelopen tijdens de Metropolis strijd, om Alex neer te schieten. Batman wordt ontmoedigd door Wonder Woman. Alex weet te ontsnappen.
Wonder Woman, Batman, en Superman ontmoeten elkaar later in Gotham City. Wonder Woman is van plan uit te zoeken wie ze is. Batman plant een soortgelijke reis van zelf-ontdekking, waarbij hij de training van zijn jeugd opnieuw bezoekt, dit keer met Dick Grayson, nu gezonder, en met Tim Drake die hem vergezelt. Superman trekt zich terug uit de superheldendaden totdat zijn krachten terugkeren.
Hij verstopt zich in een steegje in Gotham City en maakt nieuwe plannen, Alexander Luthor wordt gevonden door Lex Luthor en de Joker. De Joker verminkt Alexander door zuur op zijn gezicht te spuiten, vervolgens elektriseert hij het, en tenslotte, doodt Alexander door hem neer te schieten terwijl Lex hem bespot voor het maken van de fouten inclusief van het niet laten spelen van de Joker in de Secret Society en het onderschatten van Lex.
Het Green Lantern Corps sluit Superboy-Prime op in een rode Sun-Eater. De serie eindigt met hem die met zijn blote handen een S in zijn borst kerft en verklaart dat hij uit ergere gevangenissen dan deze is ontsnapt.