Het eerste restaurant opende zijn deuren op 18 augustus 1969 in Lexington, Kentucky. De oorspronkelijke locatie, op 301 Southland Drive vlak bij Nicholasville Road, was voorheen een visrestaurant met de naam Cape Codder. Het oorspronkelijke Cape Codder gebouw van betonblokken werd herontworpen door architect Druce Henn, die de New England stijl van Long John Silver’s vroege ketenrestaurants creëerde. Die oorspronkelijke locatie is nu een stylingsalon.

Eerdere restaurants stonden bekend om hun gebouwen in Cape Cod-stijl, blauwe daken met vierkante koepels, houten banken/tafels, kreeftenpotten, en scheepsraderen. Later werden meer nautische decoraties toegevoegd, zoals stoelen die eruit zagen als nautische vlaggen.

Deze vroege restaurants hadden ook aparte ingangs- en uitgangsdeuren, een gang als wachtrij, frituurpannen met voedselverwarmers die transparant waren zodat klanten het eten konden zien dat wachtte om te worden geserveerd, en smeedijzeren ‘zwaard’-deurgrepen. Een belangrijk thema aan de buitenkant van deze gebouwen waren dokachtige looppaden, bekleed met heipalen en dikke touwen.

Sommige nieuwere restaurants behielden het basisstructuurontwerp en -thema maar verwijderden de meeste interieurkenmerken. Het moederbedrijf Jerrico werd in 1989 door middel van een management-buy-out met veel vreemd vermogen overgenomen en een jaar later werden de andere restaurantconcepten afgestoten om zich op Long John Silver’s te concentreren.

Na een aantal jaren onder de zware schuldenlast te hebben geworsteld, vroeg Jerrico Inc. in juni 1998 het faillissement aan. In september 1999 kondigde A&W aan de keten uit het faillissement over te nemen, als gevolg waarvan een nieuw bedrijf met de naam Yorkshire Global Restaurants werd gevormd.

In 2000 kwam Yorkshire Global Restaurants overeen om locaties met meerdere merken te testen met het in Louisville, Kentucky gevestigde Tricon Global, eigenaar van de ketens KFC, Pizza Hut, en Taco Bell.

Het moederbedrijf van Long John Silver’s en A&W, Yorkshire werd overgenomen door Tricon Global en Tricon werd omgedoopt tot Yum! Brands, Inc in mei 2002, maar in januari 2011 kondigde Yum! aan dat het op zoek was naar een koper voor zijn Long John Silver’s en A&W All-American Restaurants divisies, onder verwijzing naar de slechte verkoopcijfers en de wens om meer aandacht te besteden aan internationale expansie.

In september 2011 kondigde Yum! de op handen zijnde verkoop van Long John Silver’s aan LJS Partners aan – een groep bestaande uit franchisenemers en andere particuliere investeerders.

In juli 2013 noemde het Center for Science in the Public Interest, een waakhondgroep voor voeding en gezondheidsbeleid, Long John Silver’s “Big Catch” maaltijd de slechtste restaurantmaaltijd in Amerika, waarbij werd opgemerkt dat het 33 gram transvet, 19 gram verzadigd vet, 1.320 calorieën en bijna 3.700 milligram natrium bevatte. Het bedrijf kondigde aan dat het transvetten van zijn menu had geëlimineerd, in januari 2014.

In maart 2015 werd James O’Reilly, die eerder had gewerkt voor KFC (een andere Yum! Brands-holding), benoemd tot CEO. Hij verklaarde dat hij verwachtte dat de keten zijn 1.132 winkels zou behouden, zijn marketing zou heroriënteren na negatieve pers over het vet- en natriumgehalte van het menu, en keek naar de mogelijkheid van toekomstige expansie.

Op 22 mei 2018 kondigde Long John Silver’s de overname aan van zesenzeventig franchise restaurants, voornamelijk eigendom van en gerenoveerd door ServUS, voornamelijk gelegen in Indiana. Op 19 oktober 2019 overleed Warren W. Rosenthal, voormalig president van Jerrico en ontwikkelaar van 1.350 Long John Silver’s restaurants, 96 jaar oud.

Op 18 januari 2021 kondigde Long John Silver’s aan dat Blain Shortreed de functie van CEO zou overnemen.

• Een co branded Long John Silver’s en A&W in Gillette, Wyoming

• Een co branded KFC en Long John Silver’s restaurant in Lafayette, Tennessee

• Een voormalig Long John Silver’s en Taco Bell co branded restaurant in Kent, Ohio voordat het een winkel van Taco Bell werd