In NarutoEdit
Orochimaru fungeert als de belangrijkste antagonist in het eerste deel van de serie. Nadat zijn ouders werden vermoord toen hij jong was, was Orochimaru’s enige bron van genegenheid zijn leraar-Hiruzen Sarutobi, de derde Hokage, en zijn twee teamgenoten. Toen ze ouder werden, werden Orochimaru, Jiraiya en Tsunade samen bekend als de Legendarische Sannin (伝説の三忍, Densetsu no Sannin) vanwege hun voorbeeldige ninjakwaliteiten in de tweede grote ninjaoorlog tegen Hanzo. Veel van Orochimaru’s vaardigheden hebben te maken met slangen, die hij oproept om tegen meerdere tegenstanders te vechten terwijl hij tegelijkertijd zichzelf buiten schot houdt. Door zijn experimenten is hij in staat geweest een aantal slangachtige kenmerken aan zijn eigen lichaam toe te voegen. In zijn verlangen om onsterfelijk te worden en elke jutsu (techniek) te leren, ontwikkelde Orochimaru een verboden jutsu om het lichaam van zijn slachtoffer te stelen. Hoewel hij in wezen onsterfelijk is, leert Orochimaru dat dit proces niet vaker dan eens in de drie jaar kan worden uitgevoerd.
Orochimaru hunkerde naar meer macht dan kon worden verkregen door met zijn meester te trainen en begon dorpelingen uit Konohagakure te ontvoeren voor diverse experimenten, waarbij Yamato tot zijn overlevende slachtoffers behoorde. Toen Hiruzen hoorde wat Orochimaru had gedaan, wilde hij hem geen kwaad doen en liet hij zijn leerling ontsnappen uit het dorp. Orochimaru sloot zich uiteindelijk aan bij de criminele organisatie Akatsuki en werd partner van een mede-schurkachtige ninja, Sasori genaamd. Maar nadat zijn poging om het lichaam van Itachi Uchiha te stelen door middel van een verboden jutsu om de Sharingan (写輪眼, letterlijk: “Copy Wheel Eye”, Engelse manga: “Mirror Wheel Eye”) te bemachtigen mislukte, werd Orochimaru gedwongen de organisatie te verlaten. Orochimaru stichtte vervolgens zijn eigen ninjadorp, Otogakure, bevolkt met ninja’s die loyaal aan hem waren. Zij dienen vooral als proefpersonen in zijn experimenten om een ultiem wezen te worden en als pionnen om zijn vuile werk op te knappen.
Tijdens de Chunin Examens plant Orochimaru de invasie van Konoha met de ninja’s van Sunagakure om niet alleen Hiruzen te doden, maar ook het lichaam van Itachi’s broer Sasuke Uchiha op te eisen. Om dat te bereiken infiltreert Orochimaru in het Chunin Examen tijdens het Forest of Death gedeelte door een Kusagakure ninja genaamd Shiore te vermoorden, neemt haar identiteit aan, en test Sasuke persoonlijk voordat hij hem brandmerkt met een Vloek. Hij komt ook tegenover Naruto Uzumaki te staan, die zich effectief verzet tegen Orochimaru’s reuzenslang jutsu met behulp van de chakra van de Negenstaartige Vos. Orochimaru, die het zegel van de vijf elementen gebruikt, blokkeert de toegang tot de chakra van de negenstaarten door de balans van het oorspronkelijke zegel te verstoren. Voor de duur van de examens wacht Orochimaru op en vermoordt in het geheim de vierde Kazekage om zijn identiteit aan te nemen en dicht bij zijn mentor te komen als de invasie begint. Orochimaru wordt echter gedwongen zich terug te trekken wanneer Hiruzen zichzelf opoffert door middel van het Reaper Death Seal om Orochimaru’s vermogen om jutsu uit te voeren te ontnemen, waarbij zijn troepen zich terugtrekken terwijl Sunagakure later van Orochimaru’s verraad verneemt. Orochimaru probeert hulp te krijgen van Tsunade voordat hij op zoek gaat naar een andere manier om zichzelf te genezen in een poging om weer jutsu te kunnen gebruiken. Als al zijn pogingen niets opleveren, stuurt Orochimaru zijn Sound Four om Sasuke te halen in de hoop dat een lichaamstransfer hem in staat zal stellen zijn armen weer te gebruiken. Wanneer Sasuke er te lang over doet om te arriveren, wordt Orochimaru gedwongen om in plaats daarvan over te stappen op het lichaam van een van zijn gevangenen, en besluit hem te trainen tot de dag dat hij Sasuke’s lichaam voor zichzelf zal kunnen nemen.
Twee en een half jaar later, in het tweede deel van de serie, confronteert Orochimaru Naruto en zijn vrienden wanneer zij Sasuke proberen op te sporen. Wanneer Sasuke Naruto probeert te doden, schrikt Orochimaru hem af door hem te wijzen op het nut van Naruto bij het uitschakelen van Akatsuki en zo het aantal vijanden dat hij heeft te verminderen. Sasuke gebruikt uiteindelijk zijn Sharingan om Orochimaru’s techniek ongedaan te maken en behoudt de controle over zijn lichaam terwijl hij Orochimaru’s ziel in zich gevangen houdt, waardoor Sasuke toegang krijgt tot veel van Orochimaru’s vaardigheden in het proces. Tijdens Sasuke’s latere gevecht met Itachi, is Sasuke te zwak om Orochimaru’s ziel te blijven onderdrukken, waardoor Orochimaru kan ontsnappen en probeert zijn lichaam weer in te nemen. Voordat hij dat kan doen, verzegelt Itachi hem.
Na Kabuto’s nederlaag verneemt Sasuke van Orochimaru’s overleving, want de Vervloekte Zegels blijken kopieën van Orochimaru’s bewustzijn in zich te hebben, samen met Orochimaru’s cellen die Kabuto in zichzelf heeft geïnjecteerd en onderwierp. Met behulp van het vervloekte zegel dat Orochimaru op zijn voormalige leerling Anko Mitarashi plaatste, bevrijdt Sasuke Orochimaru en geeft hem een nieuw lichaam dat Jugo voorziet van een geabsorbeerd deel van Kabuto’s vlees. Ondanks dat hij geen interesse toont in de oorlog en Sasuke’s lichaam wil opeisen, sluit Orochimaru zich aan bij Sasuke in zijn zoektocht naar antwoorden over de aard van ninja’s, en neemt hem en Taka mee naar het Nara Schrijn, waar hij het Reaper Death Seal ongedaan maakt en weer ninjutsu kan gebruiken voordat hij zijn wezen overbrengt in een White Zetsu kloon die op Sasuke is geplaatst. In zijn nieuwe lichaam wekt Orochimaru de eerste vier Hokage weer tot leven met de Reanimatie Jutsu om Sasuke de antwoorden te geven die hij wil. Uit nieuwsgierigheid om het nieuwe pad van zijn vroegere leerling te observeren terwijl Madara en Obito zijn laboratoria in gevaar brengen, biedt Orochimaru aan om de geallieerde Shinobi strijdkrachten te helpen door Tsunade en de Kage te helpen, en te helpen bij het onderwerpen van de Shinju. Na het einde van de vierde grote Ninja oorlog, als een van de gevangenen van Madara’s oneindige Tsukuyomi voordat hij werd bevrijd, hervat Orochimaru zijn experimenten met Sasuke’s Taka teamgenoten als assistenten in het laboratorium, hoewel Konoha hem blijft verdenken en hem in de gaten houdt voor het geval hij zijn voormalige menselijke experimenten hervat.
In BorutoEdit
In de vervolgserie Boruto: Naruto Next Generations, die zich 15 jaar na Naruto afspeelt, creëert Orochimaru twee kunstmatige mensen op basis van zijn DNA, waarbij hij de jongste Mitsuki noemt, die hij als zoon beschouwt en naar Konoha stuurt om zijn eigen weg in het leven te vinden. Hij komt ook voor in Naruto: The Seventh Hokage en de Scarlet Spring side story, waarin zijn jongere verschijning wordt opgemerkt door de verwarde hoofdpersonen. In de post-credits scene van Boruto: Naruto the Movie, is Orochimaru te zien terwijl hij met zijn teamgenoten naar Mitsuki kijkt.
Verschijningen in andere mediaEdit
Van de vijf films in de serie, is Orochimaru tot nu toe alleen verschenen in de vijfde Naruto film, Naruto Shippūden 2: Bonds. Hij verschijnt kort in de vijfde OVA “The Cross Roads”. Orochimaru is een speelbaar personage in bijna alle Naruto videospellen, waaronder de Clash of Ninja serie en de Ultimate Ninja serie. In sommige games gebruikt hij variaties van zijn technieken die niet in de anime of manga voorkomen, en in de tweede aflevering van de Ultimate Ninja serie, Sealed Arms, is Orochimaru beschikbaar als een apart personage. Gekitō Ninja Taisen! EX 2 markeert de eerste verschijning van Orochimaru in een videospel dat zich in deel II afspeelt, met als tweede Ultimate Ninja 5.
Orochimaru verschijnt ook in twee light novels uit de franchise: in Sasuke’s Story helpt hij Sasuke bij een missie door hem informatie te geven over zijn doelwit, en in Konoha Hiden maakt hij een cameo waarin hij Naruto Uzumaki en Hinata Hyuga feliciteert met hun huwelijk.