ABSTRACT

Analyse van genexpressie is een veelgebruikt onderzoeksinstrument om netwerken te bestuderen die genexpressie controleren, de rol van genen met onbekende functie, en milieu-geïnduceerde responsen van organismen. De meeste analytische hulpmiddelen die worden gebruikt om genexpressie te analyseren zijn afhankelijk van nauwkeurige cDNA-synthese en kwantificering om reproduceerbare en kwantificeerbare resultaten te verkrijgen. Tot nu toe zijn de meeste commerciële kits voor de isolatie en zuivering van cDNA gericht op dubbelstrengs moleculen, die de abundantie van transcripten niet accuraat weergeven. In dit rapport bieden wij een eenvoudige en snelle methode voor de zuivering van enkelstrengs cDNA, met een hoge zuiverheid en opbrengst. Deze methode is gebaseerd op de behandeling met RNase H en RNase A na cDNA-synthese, gevolgd door scheiding in silica-spinkolommen en ethanol-precipitatie. Bovendien vermijdt onze methode het gebruik van DNase I om genomisch DNA uit RNA-preparaten te verwijderen, wat de cDNA-opbrengst verbetert. In een case-report bleek onze methode nuttig bij de zuivering van enkelstrengs cDNA van de pathogene schimmel Sporothrix schenckii.