Act I
De musical opent met het ensemble dat een samenvatting geeft van de jeugd van Alexander Hamilton in het midden van de 18e eeuw, vóór de Amerikaanse revolutie. Verschillende castleden beschrijven hoe een reeks tegenslagen Hamilton op weg zette naar zijn roem. Nadat een orkaan zijn eiland verwoestte, zijn moeder stierf en zijn vader hem in de steek liet, schreef Hamilton over zijn traumatische ervaring. Onder de indruk van zijn taalvaardigheid zamelden mensen van zijn eiland geld in om hem naar Amerika te sturen om een opleiding te volgen. Nadat het publiek op de hoogte is gebracht van deze uiteenzetting, begint het eigenlijke stuk.
Aangekomen in New York zoekt de ambitieuze jonge Hamilton Aaron Burr op en vraagt hem om advies over het volgen van een versnelde studie zoals Burr deed. Burr raadt Hamilton aan niet zoveel te praten, maar Hamilton houdt vol dat hij zoveel praat omdat hij gepassioneerde meningen heeft. De twee personages worden als tegenpolen voor elkaar neergezet; waar Hamilton brutaal, uitgesproken en eigenzinnig is, is Burr voorzichtig, strategisch en minder principieel. Wanneer de twee nieuwe kennissen naar een bar gaan, ontmoeten ze John Laurens, Hercules Mulligan, en de Markies de Lafayette. Allen, behalve Burr, zijn enthousiast over de naderende Amerikaanse Revolutie en juichen: “Hef het glas op de vrijheid.”
Vervolgens maken we kennis met de gezusters Schuyler, die door het centrum van New York wandelen en genieten van de opwinding van de veranderende sociale stromingen. Aaron Burr probeert Angelica te versieren, maar ze wijst hem af. Dan zegt ze dat ze Thomas Paine’s Common Sense heeft gelezen, en dat ze op zoek is naar een “openbaring”, een verlangen naar vrouwelijke gelijkheid.
We ontmoeten de loyalist Samuel Seabury, een boer die het revolutionaire Continentale Congres (en alle patriotten in het algemeen) veroordeelt. Als hij de boer tegenkomt, bekritiseert Hamilton Seabury’s veroordelingen. In Amerika arriveert een bericht van koning George, waarin hij de kolonisten waarschuwt dat de koning alles zal doen wat nodig is om de koloniën onder zijn controle te houden. De koning stuurt generaal Howe en 30.000 manschappen naar de haven van New York, waarmee hij het verlangen naar onafhankelijkheid van de koloniale Amerikanen uitdaagt.
Daarna maken we kennis met generaal George Washington, die inziet dat de kolonisten sterk in het nadeel zijn ten opzichte van de Britse troepen. Hij is gefrustreerd dat de rebellen zich blijven terugtrekken. Wanneer Hamilton de kanonnen van de Engelse troepen steelt en laat zien dat hij bereid is risico’s te nemen en de regels te overtreden in het belang van Amerika, wint hij de gunst van Washington. Ondertussen stelt Aaron Burr zich voor aan Washington en biedt hulp en advies aan, maar beledigt Washington door kritiek te leveren op de huidige staat van de koloniale troepen. Washington vraagt Hamilton hem te helpen met oorlogsplannen, en Hamilton rekruteert John Laurens, Hercules Mulligan en Lafayette om de opstand te helpen. Hij stelt Mulligan aan Britse zijde op als spion en schrijft naar het Congres om hen ervan te overtuigen voorraden te sturen. Hij wil een verrassingselement gebruiken om de Britten te verslaan.
Enige tijd later zijn Aaron Burr en Alexander Hamilton op een winterbal, en Burr vertelt Hamilton dat als hij met een zus van Schuyler trouwt, hij rijk zal worden. Eliza Schuyler ziet Hamilton en wordt op het eerste gezicht verliefd op hem. Ze vertelt haar zus Angelica dat Hamilton de ware is, dus Angelica stelt hen aan elkaar voor. Alexander en Eliza schrijven twee weken lang liefdesbrieven en verloven zich.
Op de dag van de bruiloft onthult Angelica aan het publiek dat zij ook verliefd is op Alexander, maar hem aan Eliza heeft gegeven omdat hij arm was en van haar verwacht werd dat ze rijk zou trouwen, en omdat ze wist dat Eliza verliefd op hem was. Terwijl Hamiltons vrienden Hamilton feliciteren met zijn huwelijk, vragen ze Burr naar een vrouw die hij “on the side” heeft. Burr geeft toe dat hij houdt van een vrouw genaamd Theodosia, die getrouwd is met een Britse officier. Hamilton zegt dat hij achter haar aan moet gaan, maar Burr zegt dat hij “bereid is erop te wachten”. Burr vergelijkt zijn leven met dat van Hamilton en merkt op dat “Hamilton een eindeloze klim bergopwaarts moet afleggen,” en dat hij “geen tijd verspilt,” maar dat Burr wil wachten om te zien wat zijn eigen doel is voordat hij handelt.
Later hebben de Amerikaanse troepen een gevaarlijk tekort aan voorraden. Washington plant een verrassingsaanval ‘s nachts op de Britten, in de hoop op hulp van de Fransen. Washington benoemt Charles Lee tot tweede man, maar Lee blijkt niet in staat een leger te leiden. Wanneer Lee Washington bekritiseert, daagt Laurens Lee uit tot een duel, hoewel Washington dat verboden heeft. In het duel schiet Laurens Lee in de zij, zodat Lee zich gewonnen geeft. Washington is boos op Hamilton, die optrad als Laurens’ tweede man. Als Hamilton erop aandringt dat hij de leiding krijgt over een bataljon, is Washington het daar niet mee eens en zegt dat het te riskant is en dat hij Hamilton in leven moet houden, waarop hij hem naar huis stuurt.
Als Hamilton thuiskomt, vertelt Eliza hem dat ze zwanger is en dat ze Washington een brief heeft geschreven waarin ze hem vraagt Hamilton naar huis te sturen. Ondertussen zorgt Lafayette voor hulp uit Frankrijk, zodat de kolonisten de Britten bij Yorktown kunnen verslaan. Washington nodigt Hamilton uit terug te komen en biedt hem een positie als bevelhebber aan.
1781-De Slag bij Yorktown. Hamilton, bezorgd over de mogelijkheid van een verdwaald, toevallig geweerschot, beveelt zijn mannen de kogels uit hun geweren te verwijderen als ze een verrassingsaanval uitvoeren. Na een week van vechten, geven de Britten zich over. Koning George keert terug op het toneel om zijn waarschuwingen te herhalen, en daagt Amerika uit: “Wat komt hierna?” Hij vertelt hen dat ze niet weten hoe ze moeten leiden of onafhankelijk moeten zijn.
Aaron Burr, die is getrouwd met de vrouw met wie hij een affaire had na de dood van haar man, ontmoet zijn eerste en enige kind, een dochter genaamd Theodosia. Tegelijkertijd ontmoet Hamilton zijn zoon, Philip. De twee nieuwe ouders hebben dezelfde hoop dat ze een land kunnen opbouwen waar hun respectievelijke kinderen “volwassen mee kunnen worden”. Beiden keren terug naar New York om rechten te studeren, maar Hamilton gaat veel verder en sneller vooruit dan Burr. Hij wordt advocaat en werkt aan de allereerste moordzaak in onafhankelijk Amerika. Gezien zijn talenten wordt Hamilton uitgekozen om deel te nemen aan de Constitutionele Conventie, een groep die tot taak heeft het juridische kader voor de nieuwe natie te vormen. Hij verschijnt midden in de nacht bij het huis van Burr met de vraag of hij wil helpen de nieuwe grondwet te verdedigen, waarbij hij toegeeft dat Burr een betere advocaat is dan hij. Als Burr weigert te helpen bij het schrijven van de Federalist Papers, scheldt Alexander hem uit voor het feit dat hij nooit een mening heeft en altijd aan de kant staat. Later rekruteert Hamilton John Jay en James Madison om de papers te helpen schrijven. Washington vraagt Hamilton om het ministerie van Financiën te leiden. Angelica vertelt Alexander dat ze met een rijke man is getrouwd, en een tijdje met hem in Londen verblijft.
Act II
We ontmoeten Thomas Jefferson, die ambassadeur in Frankrijk is geweest, in het buitenland voor de duur van de oorlog. Hij keert terug naar zijn huis in Monticello, een plantage in Virginia. Washington heeft hem gevraagd minister van Buitenlandse Zaken te worden, en hij is al door de Senaat goedgekeurd als hij terugkeert. Hij gaat naar New York City, waar James Madison hem vraagt te helpen Hamilton’s financiële plan tegen te houden, dat volgens hem te veel overheidscontrole mogelijk zou maken. Hamilton wil dat de federale regering “staatsschulden overneemt en een nationale bank opricht.” Jefferson en Hamilton debatteren over het plan. Jefferson vindt dat sommige staten, zoals Virginia, hun oorlogsschulden al betaald hebben en dat ze dus niet ook nog eens voor de schulden van andere staten hoeven te betalen. Hij wijst er ook op dat aangezien Amerika net ontsnapt is aan een regering met teveel belastingen, het niet logisch is dat ze in Amerika federale belastingen zouden willen invoeren. Hamilton antwoordt dat het overnemen van de schulden Amerika op de lange termijn rijker zou maken, en veroordeelt Jefferson vervolgens voor zijn steun aan slavenarbeid in het Zuiden. Washington vertelt Hamilton dat hij een compromis moet vinden en meer goedkeuring van het Congres moet krijgen, anders zal hem waarschijnlijk gevraagd worden het kabinet van Washington te verlaten.
Eliza smeekt Hamilton om een pauze te nemen van zijn werk. Zij en Angelica gaan van de zomer naar het noorden en willen dat hij met hen meegaat, maar Hamilton staat erop dat hij niet met hen op vakantie kan omdat hij zijn plan door het Congres moet krijgen.
Wanneer Eliza en Angelica van de zomer weg zijn, ontmoet Hamilton Maria Reynolds, die Hamilton om hulp vraagt, omdat ze mishandeld zou worden door haar man, James Reynolds. Alexander leent haar wat geld en brengt haar thuis. Als ze zich aan Hamilton aanbiedt, beginnen de twee een affaire die een maand duurt. Kort daarna ontvangt Hamilton een brief van Maria’s echtgenoot waarin hij hem chanteert. Hamilton betaalt James Reynolds om niemand (vooral Eliza) over de affaire te vertellen.
Later hebben Hamilton, Jefferson en Washington een besloten bijeenkomst om Hamiltons financiële plan te bespreken. Jefferson en Washington stemmen in met het plan, op voorwaarde dat de nationale hoofdstad, die toen in New York City lag, verder naar het zuiden wordt verplaatst (net ten noorden van Virginia, naar het huidige Washington D.C.). Aaron Burr betreurt het dat hij niet in de kamer was toen de deal werd gesloten. James Madison, die met Jefferson samenwerkte, krijgt de stemmen die Hamilton nodig heeft om zijn deal door het Congres te drukken.
Aaron Burr verslaat Eliza’s vader, Philip Schuyler, in een Senaatsrace, waarbij hij overstapt naar de Democratisch Republikeinse Partij om te kunnen winnen. Hamilton beschouwt de verkiezing van Burr tegen Schuyler als een persoonlijke aanval, maar Burr houdt vol dat hij alleen de kans greep om zijn carrière vooruit te helpen.
Het Congres debatteert over het al dan niet helpen van Franse burgers in hun Revolutionaire Oorlog. Jefferson betoogt dat Frankrijk tijdens de Amerikaanse Revolutie hulp heeft verleend en dat Amerika beloofd heeft Frankrijk te helpen. Hij zet zijn argument kracht bij door te zeggen dat Frankrijk niet om land vroeg, alleen om hulp bij hun revolutie. Hamilton stelt daar tegenover dat Frankrijk een te grote puinhoop is na hun eigen revolutie, dus betrokkenheid zou Amerika schade kunnen berokkenen. Hij betoogt ook dat Amerika hulp kreeg van en een verdrag tekende met de koning, die nu dood is. Washington is het met Hamilton eens dat het Franse volk niet weet wie het na de revolutie zal leiden, waardoor de situatie te gevaarlijk wordt. Jefferson beschuldigt Hamilton ervan Lafayette te hebben verraden. Burr, Jefferson en Madison zijn boos dat Hamilton “Washington in zijn zak heeft.” De drie zijn het er over eens dat ze zullen proberen Hamilton te ontmaskeren door het geld van en naar de schatkist te volgen om te zien waar het heen gaat.
Washington vertelt Hamilton dat Jefferson ontslag heeft genomen uit het kabinet om zich kandidaat te stellen voor het presidentschap, en dat Washington terugtreedt. Maar John Adams wint het presidentschap, en ontslaat Hamilton onmiddellijk. Hamilton publiceert een reactie, waarin hij Adams bekritiseert. Ondertussen ontdekken Burr, Jefferson en Madison de betalingen van Hamilton aan James Reynolds, die volgens hen wijzen op een illegale politieke deal. Hamilton bewijst de mannen dat hij het geld van de schatkist niet heeft uitgegeven en dat hij betaalde om een seksschandaal te verdoezelen. Bezorgd over wat zijn tegenstanders met deze informatie zouden kunnen doen, publiceert hij “The Reynolds Pamphlet”, waarin hij publiekelijk de affaire toegeeft. Angelica confronteert Alexander met het pamflet en zegt hem dat ze achter Eliza staat. Als ze erachter komt, verbrandt Eliza de brieven die ze aan Hamilton schreef, om haar privacy te bewaren en zichzelf uit het historische “verhaal” te schrijven.
Later verdedigt Philip, Hamiltons zoon, zijn vader tegen de kritiek van een andere jongeman, George Eacker. Philip daagt Eacker uit voor een duel, en Hamilton adviseert zijn zoon om zijn geweer in de lucht te schieten als het zover is. Bij het duel begint Philip te doen wat zijn vader heeft gezegd, maar Eacker vuurt voor de tel van tien, en raakt Philip recht boven de heup. Eliza en Alexander staan beiden aan Philips zijde als hij in het ziekenhuis sterft. Na de tragedie verzoenen de twee zich.
De verkiezing van 1800. Amerikanen zijn teleurgesteld in Adams’ presidentschap. Jefferson en Burr nemen het tegen hem op. Omdat het duidelijk is dat Adams geen president zal worden, gaat de race tussen Jefferson en Burr. Madison stelt voor dat Jefferson moet proberen een steunbetuiging van Hamilton te krijgen. Burr voert openlijk campagne tegen Jefferson, iets wat in die tijd ongehoord was. Als het zover is, kijkt de Federalistische Partij naar Hamilton om te zien hoe ze moeten stemmen. Hamilton steunt Jefferson met de woorden: “Jefferson heeft overtuigingen, Burr heeft er geen.” Ontstemd daagt Burr Hamilton uit voor een duel.
Tijdens het duel is Burr paranoïde dat Hamilton erop uit is hem te doden. Hij merkt op dat Hamilton “methodisch aan de trekker frunnikte,” en zijn bril droeg “om dodelijk te kunnen mikken.” Hoewel Hamilton zijn pistool op de lucht richt, zoals hij zijn zoon had opgedragen, schiet Burr hem neer. In een soliloquy overdenkt Hamilton de erfenis die hij achterlaat en zijn naderende dood. Burr betreurt het dat hij Hamilton heeft gedood en zegt: “De wereld was breed genoeg voor zowel Hamilton als mij.” Zowel Eliza als Angelica staan aan Hamiltons zijde als hij sterft.
De musical eindigt met Eliza die het verhaal vertelt van de Founding Fathers. Ze vertelt hoe ze 50 jaar langer leeft dan Hamilton en zich inzet om zijn nalatenschap hoog te houden. Ze opent een weeshuis in zijn naam en zingt het lied, “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story.”