La plesiomorfia y la simplesiomorfia se corresponden con la apomorfia y la sinapomorfia, que son un rasgo derivado (“novedad evolutiva”) y un rasgo derivado compartido.

Todos estos términos son, por definición, relativos en el sentido de que un rasgo puede ser una plesiomorfia en un contexto y una apomorfia en otro (véase el ejemplo de la figura 2).

Los caracteres apomórficos y sinapomórficos transmiten mucha información sobre los clados evolutivos y pueden utilizarse para definir los taxones. Sin embargo, los caracteres plesiomórficos y sinplesiomórficos no pueden. Las especies no deben agruparse únicamente por su similitud morfológica o genética. Dado que un carácter plesiomórfico heredado de un ancestro común puede aparecer en cualquier lugar de un árbol filogenético, su presencia no revela nada sobre las relaciones dentro del árbol. Por lo tanto, la agrupación de especies requiere distinguir los estados de los caracteres ancestrales de los derivados.

Un ejemplo para ilustrar esto es la respiración por medio de branquias en los peces óseos y los peces cartilaginosos. Lo comparten porque estaba presente en su ancestro común. Pero los peces óseos que respiran a través de la piel o los pulmones evolucionaron hasta convertirse en vertebrados vivos, y están más estrechamente relacionados con los vertebrados terrestres que con los tiburones y otros peces cartilaginosos.

Otro ejemplo es la termorregulación en los reptilia y las aves. Los reptiles son ectotérmicos (de sangre fría) y las aves son endotérmicas (de sangre caliente). Esto es plesiomórfico para las aves y plesiomórfico para los reptiles. Ser de sangre fría es simplesiomorfo para los lagartos, las tortugas y los cocodrilos, pero no forman un clado sin las aves, ya que los cocodrilos están más relacionados con las aves que con los lagartos y las tortugas.