Všechny vnější povrchy lidského těla jsou pokryty činiteli, kteří za normálních okolností neškodí a ve skutečnosti mohou být prospěšní. Tyto komenzální organismy na kůži pomáhají rozkládat odumírající kožní buňky nebo ničit nečistoty vylučované mnoha drobnými žlázkami a póry, které se na kůži otevírají. Mnoho organismů ve střevním traktu rozkládá složité odpadní produkty na jednoduché látky a jiné pomáhají při výrobě chemických sloučenin, které jsou pro život člověka nezbytné.
Žaludeční a střevní trakt je v tomto ohledu považován za jeden z těchto “vnějších” povrchů, protože vzniká intuicí neboli invaginací ektodermu neboli vnějšího povrchu těla. Ústa, nos a dutiny (prostory uvnitř kostí obličeje) jsou rovněž považovány za vnější struktury, protože jsou v přímém kontaktu s vnějším prostředím. Jak trávicí trakt, tak ústa, nos a dutiny jsou hojně osídleny mikroorganismy, z nichž některé jsou skutečnými komenzály – žijí v člověku a získávají potravu z povrchových buněk těla, aniž by mu škodily – a jiné jsou k nerozeznání od choroboplodných zárodků. Ty druhé mohou žít jako praví komenzálové v určitém lidském traktu a nikdy nezpůsobí onemocnění, přestože k tomu mají potenciál. Při změně prostředí jsou však schopny vyvolat u svého hostitele závažné onemocnění nebo, aniž by svému hostiteli ublížily, mohou nakazit jiného člověka závažnou chorobou.
Není známo, proč například bakterie hemolytického streptokoka může žít měsíce v krku, aniž by škodila, a pak náhle vyvolat akutní záchvat angíny nebo jak zdánlivě neškodný pneumokok vyvolá zápal plic. Stejně tak není jasné, jak může člověk neškodně nosit v krku Haemophilus influenzae typu B, ale pak onemocnět, když tento organismus napadne tělo a způsobí jednu z nejtěžších forem meningitidy. Je možné, že k narušení rovnováhy mezi hostitelem a parazitem stačí vnější vlivy, jako jsou změny teploty nebo vlhkosti, nebo že se do prostředí dostane nový mikrobiální vetřelec a tím, že soutěží o nějaký prvek v prostředí, donutí původního parazita k prudší reakci s hostitelem. Termín snížená rezistence, který se často používá k popisu podmínek na počátku infekčního onemocnění, není specifický a jednoduše znamená jakoukoli změnu v imunitním systému hostitele.
Prostředí mikroorganismu se samozřejmě může radikálně změnit. Pokud jsou podávána antibiotika, mohou být komenzální organismy v těle usmrceny a na jejich místo mohou nastoupit jiné, méně škodlivé organismy. V ústech a krku může penicilin zlikvidovat pneumokoky, streptokoky a další bakterie, které jsou na lék citlivé, zatímco mikroorganismy, které citlivé nejsou, například Candida albicans, se pak mohou rozmnožit a způsobit afty (zánětlivé onemocnění úst a krku). Ve střevním traktu může antibiotikum zahubit většinu normálně přítomných bakteriálních mikroorganismů a umožnit nebezpečným bakteriím, jako je Pseudomonas aeruginosa, aby se rozmnožily a možná pronikly do krevního oběhu a tkání těla. Pokud se infekční agens – například salmonela – dostane do střevního traktu, může mít léčba antibiotikem jiný než zamýšlený účinek. Místo toho, aby napadlo a zničilo salmonelu, může zabít normální obyvatele střeva a umožnit salmonele prosperovat a přetrvávat bez konkurence jiných bakteriálních mikroorganismů.
.