Az emberi test minden külső felületét olyan kórokozók borítják, amelyek általában nem ártanak, sőt, akár hasznosak is lehetnek. Ezek a bőrön lévő komensális organizmusok segítenek a haldokló bőrsejtek lebontásában vagy a bőrön nyíló sok apró mirigy és pórus által kiválasztott törmelék megsemmisítésében. A bélrendszerben élő szervezetek közül sokan bonyolult salakanyagokat bontanak le egyszerű anyagokká, mások pedig az emberi élethez nélkülözhetetlen kémiai vegyületek előállításában segítenek.
A gyomor-bélrendszer ebben a tekintetben az egyik ilyen “külső” felületnek tekinthető, mivel a test ektoderma, vagyis külső felszínének intakciójából, vagyis beidegződéséből alakul ki. A száj, az orr és az arcüregek (az arc csontjain belüli terek) szintén külső struktúráknak tekinthetők, mivel közvetlenül érintkeznek a külső környezettel. Mind a gyomor-bélrendszer, mind a száj, az orr és az orrmelléküregek erősen benépesülnek mikroorganizmusokkal, amelyek közül egyesek valódi komensálisak – az emberben élnek, és a test felszíni sejtjeiből nyerik táplálékukat anélkül, hogy kárt okoznának -, mások pedig megkülönböztethetetlenek a betegségcsíráktól. Az utóbbiak valódi komensálisként élhetnek az ember egy adott traktusában, és soha nem okoznak betegséget, annak ellenére, hogy erre képesek. Ha azonban megváltozik a környezetük, képesek súlyos betegséget okozni a gazdaszervezetükben, vagy anélkül, hogy kárt okoznának a gazdaszervezetüknek, súlyos betegséggel fertőzhetnek meg egy másik embert.
Nem tudni, hogy például a hemolitikus streptococcus baktérium miért élhet hónapokig a torokban anélkül, hogy kárt okozna, majd hirtelen akut mandulagyulladásos rohamot okozhat, vagy hogy egy látszólag ártalmatlan pneumococcus hogyan okozhat tüdőgyulladást. Hasonlóképpen nem érthető, hogyan lehet az, hogy valaki ártalmatlanul hordozhatja a Haemophilus influenzae B-típusú baktériumot a torkában, de aztán megbetegszik, amikor a szervezet behatol a szervezetbe, és az agyhártyagyulladás egyik legsúlyosabb formáját okozza. Lehet, hogy külső hatások, például a hőmérséklet vagy a páratartalom változása elég ahhoz, hogy felboruljon a gazdatest és a parazita közötti egyensúly, vagy hogy egy új mikrobiális betolakodó kerül a szervezetbe, és a környezet valamely eleméért versengve arra kényszeríti az eredeti parazitát, hogy hevesebb reakcióba lépjen a gazdatesttel. A csökkent rezisztencia kifejezés, amelyet gyakran használnak a fertőző betegségek kialakulásának körülményeire, nem specifikus, és egyszerűen a gazdaszervezet immunrendszerében bekövetkező bármilyen változást jelent.
A mikroorganizmus környezetét természetesen radikálisan meg lehet változtatni. Ha antibiotikumokat adunk, a szervezet komensális organizmusai elpusztulhatnak, és más, kevésbé ártalmatlan organizmusok vehetik át a helyüket. A szájban és a torokban a penicillin kiirthatja a pneumococcusokat, a streptococcusokat és más, a gyógyszerre érzékeny baktériumokat, míg az erre nem érzékeny mikroorganizmusok, például a Candida albicans, ezután elszaporodhatnak, és szájpenészt okozhatnak (a száj és a torok gyulladásos állapota). A bélrendszerben az antibiotikum elpusztíthatja a normálisan jelen lévő bakteriális mikroorganizmusok többségét, és lehetővé teheti, hogy a veszélyes baktériumok, például a Pseudomonas aeruginosa elszaporodjanak, és esetleg behatoljanak a véráramba és a test szöveteibe. Ha egy fertőző ágens – például a szalmonella – eléri a bélrendszert, az antibiotikummal történő kezelésnek a tervezettől eltérő hatása lehet. Ahelyett, hogy megtámadná és elpusztítaná a szalmonellát, megölheti a bél normál lakóit, és lehetővé teheti a szalmonella számára, hogy más bakteriális mikroorganizmusok konkurenciájának hiányában virágozzék és fennmaradjon.