Alle menneskekroppens ydre overflader er dækket af agenser, der normalt ikke gør nogen skade og faktisk kan være gavnlige. Disse kommensale organismer på huden hjælper med at nedbryde døende hudceller eller med at ødelægge affaldsstoffer, der udskilles af de mange små kirtler og porer, der åbner sig på huden. Mange af organismerne i tarmkanalen nedbryder komplekse affaldsprodukter til simple stoffer, og andre hjælper med at fremstille kemiske forbindelser, der er vigtige for menneskets liv.
Mage-tarmkanalen betragtes i denne henseende som en af disse “ydre” overflader, da den er dannet ved intucking eller invagination af kroppens ektoderm eller ydre overflade. Mund, næse og bihuler (rum inde i ansigtets knogler) anses også for at være ydre strukturer, fordi de er i direkte kontakt med det ydre miljø. Både mave-tarmkanalen og mund, næse og bihuler er tæt befolket med mikroorganismer, hvoraf nogle er ægte kommensaler – de lever i mennesket og får deres næring fra kroppens overfladeceller uden at gøre nogen skade – og andre ikke kan skelnes fra sygdomsbakterier. Sidstnævnte kan leve som sande kommensaler i en bestemt tarmkanal i et menneske og aldrig forårsage sygdom, på trods af at de har potentiale til at gøre det. Når miljøet ændres, er de imidlertid i stand til at forårsage alvorlig sygdom hos deres vært, eller de kan, uden at skade deres vært, smitte en anden person med en alvorlig sygdom.
Det vides ikke, hvorfor f.eks. den hæmolytiske streptokokbakterie kan leve i månedsvis i halsen uden at gøre skade og så pludselig forårsage et akut anfald af halsbetændelse, eller hvordan en tilsyneladende harmløs pneumokokker giver anledning til lungebetændelse. På samme måde forstår man ikke, hvordan en person ufarligt kan bære Haemophilus influenzae type B i halsen, men derefter blive syg, når organismen invaderer kroppen og forårsager en af de alvorligste former for meningitis. Det kan være, at ydre påvirkninger, som f.eks. ændringer i temperatur eller fugtighed, er nok til at forstyrre balancen mellem vært og parasit, eller at en ny mikrobiel invaderer kommer ind og ved at konkurrere om et element i miljøet tvinger den oprindelige parasit til at reagere mere voldsomt over for sin vært. Udtrykket nedsat resistens, der ofte bruges til at beskrive forholdene i begyndelsen af en infektionssygdom, er ikke specifikt og indebærer simpelthen enhver ændring i værtens immunsystem.
En mikroorganismes miljø kan naturligvis ændres radikalt. Hvis der gives antibiotika, kan kroppens kommensale organismer blive dræbt, og andre, mindre uskadelige organismer kan træde i stedet for dem. I mund og svælg kan penicillin udrydde pneumokokker, streptokokker og andre bakterier, der er følsomme over for stoffet, mens ufølsomme mikroorganismer som Candida albicans kan formere sig og forårsage trøske (en betændelsestilstand i mund og svælg). I tarmkanalen kan et antibiotikum dræbe de fleste af de bakterielle mikroorganismer, der normalt er til stede, og give farlige bakterier som f.eks. Pseudomonas aeruginosa mulighed for at formere sig og måske invadere blodbanen og kroppens væv. Hvis et infektiøst agens – f.eks. salmonella – når frem til tarmkanalen, kan behandling med et antibiotikum have en anden virkning end den tilsigtede. I stedet for at angribe og ødelægge salmonellaen kan det dræbe tarmens normale beboere og give salmonellaen mulighed for at blomstre og overleve i mangel af konkurrence fra andre bakterielle mikroorganismer.