Alle äußeren Oberflächen des menschlichen Körpers sind mit Erregern bedeckt, die normalerweise keinen Schaden anrichten und sogar nützlich sein können. Diese kommensalen Organismen auf der Haut helfen, absterbende Hautzellen abzubauen oder Ablagerungen zu zerstören, die von den vielen winzigen Drüsen und Poren der Haut abgesondert werden. Viele der Organismen im Darmtrakt zerlegen komplexe Abfallprodukte in einfache Substanzen, und andere helfen bei der Herstellung chemischer Verbindungen, die für den Menschen lebensnotwendig sind.
Der Magen-Darm-Trakt wird in diesem Zusammenhang als eine dieser “äußeren” Oberflächen betrachtet, da er durch die Einstülpung oder Einstülpung des Ektoderms oder der äußeren Oberfläche des Körpers gebildet wird. Der Mund, die Nase und die Nasennebenhöhlen (Räume innerhalb der Gesichtsknochen) werden ebenfalls als äußere Strukturen betrachtet, da sie in direktem Kontakt mit der äußeren Umgebung stehen. Sowohl der Magen-Darm-Trakt als auch Mund, Nase und Nasennebenhöhlen sind stark mit Mikroorganismen bevölkert, von denen einige echte Kommensalen sind – sie leben im Menschen und ernähren sich von den Oberflächenzellen des Körpers, ohne Schaden anzurichten – und andere, die von Krankheitskeimen nicht zu unterscheiden sind. Letztere können wie echte Kommensalen in einem bestimmten Trakt des Menschen leben und nie eine Krankheit verursachen, obwohl sie dazu in der Lage wären. Wenn jedoch die Umgebung verändert wird, sind sie in der Lage, bei ihrem Wirt eine schwere Krankheit auszulösen, oder sie können, ohne ihrem Wirt zu schaden, eine andere Person mit einer schweren Krankheit infizieren.
Es ist nicht bekannt, warum zum Beispiel das hämolytische Streptokokken-Bakterium monatelang im Rachen leben kann, ohne Schaden anzurichten, und dann plötzlich einen akuten Anfall von Mandelentzündung verursacht, oder wie ein scheinbar harmloser Pneumokokkus eine Lungenentzündung hervorruft. Ebenso ist nicht geklärt, wie ein Mensch das Bakterium Haemophilus influenzae Typ B harmlos im Rachen tragen kann und dann erkrankt, wenn der Organismus in den Körper eindringt und eine der schwersten Formen der Hirnhautentzündung verursacht. Es kann sein, dass äußere Einflüsse wie Temperatur- oder Feuchtigkeitsschwankungen ausreichen, um das Gleichgewicht zwischen Wirt und Parasit zu stören, oder dass ein neuer mikrobieller Eindringling eindringt und den ursprünglichen Parasiten durch die Konkurrenz um ein Element in der Umgebung zu einer heftigeren Reaktion mit seinem Wirt zwingt. Der Begriff “verminderte Resistenz”, der häufig verwendet wird, um die Bedingungen zu Beginn einer Infektionskrankheit zu beschreiben, ist nicht spezifisch und impliziert einfach jede Veränderung im Immunsystem des Wirts.
Die Umgebung eines Mikroorganismus kann natürlich radikal verändert werden. Wenn Antibiotika verabreicht werden, können die körpereigenen Kommensalen abgetötet werden, und andere, weniger harmlose Organismen können an ihre Stelle treten. Im Mund- und Rachenraum kann Penicillin Pneumokokken, Streptokokken und andere Bakterien, die empfindlich auf das Medikament reagieren, abtöten, während sich unempfindliche Mikroorganismen wie Candida albicans vermehren und Soor (eine entzündliche Erkrankung im Mund- und Rachenraum) verursachen können. Im Verdauungstrakt kann ein Antibiotikum die meisten der normalerweise vorhandenen bakteriellen Mikroorganismen abtöten und es gefährlichen Bakterien wie Pseudomonas aeruginosa ermöglichen, sich zu vermehren und möglicherweise in die Blutbahn und das Gewebe des Körpers einzudringen. Wenn ein infektiöser Erreger – zum Beispiel Salmonellen – den Darmtrakt erreicht, kann die Behandlung mit einem Antibiotikum eine andere Wirkung haben, als beabsichtigt war. Anstatt die Salmonellen anzugreifen und zu zerstören, kann es die normalen Darmbewohner abtöten und es den Salmonellen ermöglichen, zu gedeihen und zu überleben, da es keine Konkurrenz durch andere bakterielle Mikroorganismen gibt.