Die Liste der Markierungen und Standorte wurde von einem Gremium aus Blueswissenschaftlern und Historikern erstellt. Der Pfad wurde schrittweise umgesetzt, je nachdem, welche Mittel verfügbar wurden. Das National Endowment for the Arts, das National Endowment for the Humanities und das Mississippi Department of Transportation haben Zuschüsse für die Finanzierung der verschiedenen Markierungen bereitgestellt, die mit Mitteln der lokalen Gemeinden finanziert werden. Die Texte der Wegweiser wurden von den ehemaligen Redakteuren der Zeitschrift Living Blues, Jim O’Neal und Scott Barretta, in Zusammenarbeit mit einem Redaktions- und Gestaltungsteam recherchiert und geschrieben, zu dem Wanda Clark, Chrissy Wilson, Allan Hammons und Sylvester Oliver gehörten.
Vor der Gründung des Mississippi Blues Trail wurden zwei vorläufige Markierungen in Indianola, Mississippi, an einer Ecke, an der B.B. King als junger Mann spielte, und im Club Ebony aufgestellt.
Die ersten drei Mississippi Blues Trail Markierungen wurden am 11. Dezember 2006 eingeweiht. Der erste, in Holly Ridge, ist dem Pionier des Delta-Blues, Charley Patton, gewidmet.
Der zweite Marker befindet sich vor dem Southern Whispers Restaurant in der Nelson Street in Greenville. Die Nelson Street, in der sich im Laufe der Jahre zahlreiche Nachtclubs, Cafés und Juke Joints befanden, war einst das wichtigste Zentrum des afroamerikanischen Geschäfts-, Unterhaltungs- und Gesellschaftslebens im Delta. Viele Jahrzehnte lang zog dieser historische Straßenzug Menschenmassen in die blühende Clubszene, um Delta Blues, Big Band, Jump Blues, Rhythm & Blues und Jazz zu hören.
Die dritte Zeremonie fand am ursprünglichen Standort des Radiosenders WGRM in Greenwood statt, wo B.B. King als Gospelsänger erstmals auftrat.
Bis Ende 2016 hatte der Mississippi Blues Trail fast 200 Marker aufgestellt, nicht nur zu Ehren einzelner Künstler, Clubs, Plattenfirmen, Radiosender und historischer Ereignisse, sondern auch zu Ehren von Plantagen, Straßen, Städten und Bezirken, die Zentren der Blues-Aktivität waren. Das Mississippi State Penitentiary in Parchman wurde ebenfalls gewürdigt, da Folkloristen wie Alan Lomax bei mehreren Gelegenheiten, die bis in die 1930er Jahre zurückreichen, Blues von Insassen (vor allem von Bukka White) aufgenommen haben.