Toutes les surfaces extérieures du corps humain sont recouvertes d’agents qui ne font normalement aucun mal et peuvent, en fait, être bénéfiques. Les organismes commensaux présents sur la peau aident à décomposer les cellules cutanées mourantes ou à détruire les débris sécrétés par les nombreuses glandes et pores minuscules qui s’ouvrent sur la peau. De nombreux organismes du tractus intestinal décomposent les déchets complexes en substances simples, et d’autres aident à la fabrication de composés chimiques essentiels à la vie humaine.
Le tractus gastro-intestinal est considéré à cet égard comme l’une de ces surfaces “externes” puisqu’il est formé par l’intucking, ou invagination, de l’ectoderme, ou surface externe, du corps. La bouche, le nez et les sinus (espaces à l’intérieur des os du visage) sont également considérés comme des structures externes en raison de leur contact direct avec l’environnement extérieur. Le tractus gastro-intestinal ainsi que la bouche, le nez et les sinus sont fortement peuplés de micro-organismes, dont certains sont de véritables commensaux – ils vivent chez l’homme et tirent leur subsistance des cellules de surface du corps sans lui faire de mal – et d’autres ne se distinguent pas des germes pathogènes. Ces derniers peuvent vivre comme de véritables commensaux dans un tractus particulier chez l’homme et ne jamais causer de maladie, malgré leur potentiel. Cependant, lorsque l’environnement est modifié, ils sont capables de provoquer une maladie grave chez leur hôte, ou, sans nuire à leur hôte, ils peuvent infecter une autre personne avec une maladie grave.
On ne sait pas pourquoi, par exemple, la bactérie streptocoque hémolytique peut vivre pendant des mois dans la gorge sans causer de dommages, puis provoquer soudainement une attaque aiguë d’amygdalite ou comment un pneumocoque apparemment inoffensif donne naissance à une pneumonie. De même, on ne comprend pas comment une personne peut être porteuse inoffensive de l’Haemophilus influenzae de type B dans la gorge, puis tomber malade lorsque cet organisme envahit le corps et provoque l’une des formes les plus graves de méningite. Il se peut que des influences extérieures, telles que des changements de température ou d’humidité, suffisent à rompre l’équilibre entre l’hôte et le parasite ou qu’un nouvel envahisseur microbien entre en jeu et, en se disputant un élément de l’environnement, oblige le parasite d’origine à réagir plus violemment avec son hôte. Le terme de résistance abaissée, souvent utilisé pour décrire les conditions au début d’une maladie infectieuse, n’est pas spécifique et implique simplement toute modification du système immunitaire de l’hôte.
L’environnement d’un micro-organisme peut être modifié radicalement, bien sûr. Si des antibiotiques sont administrés, les organismes commensaux du corps peuvent être tués, et d’autres organismes moins inoffensifs peuvent prendre leur place. Dans la bouche et la gorge, la pénicilline peut éradiquer les pneumocoques, les streptocoques et d’autres bactéries sensibles au médicament, tandis que les micro-organismes insensibles, comme le Candida albicans, peuvent alors proliférer et provoquer le muguet (une affection inflammatoire de la bouche et de la gorge). Dans le tractus intestinal, un antibiotique peut tuer la plupart des micro-organismes bactériens normalement présents et permettre à des bactéries dangereuses, telles que Pseudomonas aeruginosa, de se multiplier et peut-être d’envahir la circulation sanguine et les tissus de l’organisme. Si un agent infectieux, par exemple la salmonelle, atteint le tractus intestinal, le traitement par un antibiotique peut avoir un effet différent de celui qui était prévu. Au lieu d’attaquer et de détruire la salmonelle, il peut tuer les habitants normaux de l’intestin et permettre à la salmonelle de prospérer et de persister en l’absence de concurrence d’autres micro-organismes bactériens.