Tutte le superfici esterne del corpo umano sono coperte da agenti che normalmente non fanno male e possono, infatti, essere benefici. Gli organismi commensali sulla pelle aiutano a scomporre le cellule della pelle morenti o a distruggere i detriti secreti dalle numerose ghiandole e pori minuscoli che si aprono sulla pelle. Molti degli organismi del tratto intestinale scompongono prodotti di scarto complessi in sostanze semplici, e altri aiutano nella produzione di composti chimici che sono essenziali per la vita umana.
Il tratto gastrointestinale è considerato a questo proposito come una di queste superfici “esterne” poiché è formato dall’intucking, o invaginazione, dell’ectoderma, o superficie esterna, del corpo. Anche la bocca, il naso e i seni (spazi all’interno delle ossa del viso) sono considerati strutture esterne a causa del loro contatto diretto con l’ambiente esterno. Sia il tratto gastrointestinale che la bocca, il naso e i seni sono pesantemente popolati da microrganismi, alcuni dei quali sono veri commensali – che vivono negli esseri umani e traggono il loro sostentamento dalle cellule di superficie del corpo senza fare alcun danno – e altri che sono indistinguibili dai germi delle malattie. Questi ultimi possono vivere come veri commensali in un tratto particolare di un uomo e non causare mai malattie, nonostante il loro potenziale per farlo. Quando l’ambiente è alterato, tuttavia, sono in grado di causare gravi malattie nel loro ospite, o, senza danneggiare il loro ospite, possono infettare un’altra persona con una grave malattia.
Non si sa perché, per esempio, il batterio streptococco emolitico può vivere per mesi nella gola senza causare danni e poi improvvisamente causare un attacco acuto di tonsillite o come uno pneumococco apparentemente innocuo dà origine alla polmonite. Allo stesso modo, non si capisce come una persona possa portare innocuamente Haemophilus influenzae di tipo B nella gola ma poi ammalarsi quando l’organismo invade il corpo e causa una delle forme più gravi di meningite. Può essere che influenze esterne, come cambiamenti di temperatura o umidità, siano sufficienti a sconvolgere l’equilibrio tra ospite e parassita o che un nuovo invasore microbico entri e, competendo per qualche elemento nell’ambiente, costringa il parassita originale a reagire più violentemente con il suo ospite. Il termine resistenza abbassata, spesso usato per descrivere le condizioni all’inizio della malattia infettiva, non è specifico e implica semplicemente qualsiasi cambiamento nel sistema immunitario dell’ospite.
L’ambiente di un microrganismo può essere cambiato radicalmente, naturalmente. Se vengono somministrati antibiotici, gli organismi commensali del corpo possono essere uccisi, e altri organismi meno innocui possono prendere il loro posto. Nella bocca e nella gola, la penicillina può sradicare pneumococchi, streptococchi e altri batteri sensibili al farmaco, mentre i microrganismi insensibili, come la Candida albicans, possono proliferare e causare mughetto (una condizione infiammatoria della bocca e della gola). Nel tratto intestinale, un antibiotico può uccidere la maggior parte dei microrganismi batterici normalmente presenti e permettere a batteri pericolosi, come lo Pseudomonas aeruginosa, di moltiplicarsi e forse di invadere il flusso sanguigno e i tessuti del corpo. Se un agente infettivo – per esempio la Salmonella – raggiunge il tratto intestinale, il trattamento con un antibiotico può avere un effetto diverso da quello previsto. Invece di attaccare e distruggere la salmonella, può uccidere i normali abitanti dell’intestino e permettere alla salmonella di prosperare e persistere in assenza di concorrenza di altri microrganismi batterici.